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국가기술개발 연구과제 정부출연금 부가가치세 과세 여부

법규부가2012-468  ·  2014. 06. 20.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 건설업을 영위하는 사업자가 국가기술개발 연구과제를 수행하며 정부 출연금을 받는 경우, 이를 연구용역의 공급으로 보아 세금계산서 또는 계산서를 발급해야 하며, 해당 과제 수행에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 궁금합니다.

S요약

국가 또는 그 위임을 받은 자로부터 연구개발사업 및 기술개발사업 수행 기관에 지급되는 출연금국고보조금에 해당하며, 재화 또는 용역 공급과 직접 관련이 없는 경우 부가가치세 과세표준에 포함되지 않습니다. 또한, 연구용역 수행 시 매입세액 공제 여부는 용역 공급의 성격과 출연금 사용 목적에 따라 달라질 수 있습니다.
#국가연구과제 #정부출연금 #국고보조금 #부가가치세 #세금계산서 #매입세액공제
핵심 정리

R회신 내용 법규부가2012-468  ·  2014. 06. 20.

  • 국세청 법규부가2012-468(2014.6.20) 회신에 따름.
  • 연구개발사업 또는 기술개발사업을 수행하는 기관이 국가 또는 그 위임을 받은 자로부터 지급받는 출연금은 부가가치세법 제29조제5항제4호의 국고보조금에 해당합니다.
  • 따라서 해당 출연금이 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 경우에는 과세표준에 포함되지 않으므로 세금계산서 또는 계산서 발급 의무도 발생하지 않습니다.
  • 출연금 상대 연구수행 중 기술료 등 기타 수입의 과세여부는 실시권의 대가 등 구체적 성격 및 지급기관에 따라 별도 판단이 필요합니다.
  • 과제 수행 시 부담한 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용된 재화·용역인 경우에 한해 부가가치세법 제17조에 따라 매출세액에서 공제가 가능합니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제7조(용역의 공급): 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의해 역무를 제공하거나 재화·시설물·권리를 사용하게 하는 행위 정의.
  • 부가가치세법 제13조 제2항 제4호: 국고보조금과 공공보조금 등은 과세표준에 포함하지 않음.
  • 부가가치세법 시행령 제48조 제10항: 재화·용역의 공급과 직접 관련 없는 국고보조금·공공보조금은 과세표준 제외.
  • 부가가치세법 제17조: 사업자가 사업에 사용된 재화·용역의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는 기준 명시.
사례 Q&A
1. 국가기술개발 연구과제 정부출연금에 부가가치세가 붙나요?
답변
국가가 연구개발사업 수행기관에 지급하는 출연금은 국고보조금에 해당하여, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련이 없으면 부가가치세가 과세되지 않습니다.
근거
부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 시행령 제48조 제10항에 따라 국고보조금은 과세표준에 포함하지 않습니다.
2. 출연금으로 수행한 연구과제의 매입세액 공제는 가능합니까?
답변
연구과제 수행을 위해 사용한 재화나 용역이 사업에 제공된 경우, 부가가치세법 제17조에 따라 매입세액 공제가 가능합니다.
근거
부가가치세법 제17조는 자기의 사업을 위해 사용된 경우 매입세액 공제를 인정합니다.
3. 연구과제 참여기업이 기술료를 납부할 때 세금계산서 발급이 필요합니까?
답변
기술료의 과세 여부는 실시권의 대가 여부, 지급 기관 등 구체적 성격에 따라 달라지며, 실시권 대가로 볼 경우 과세 대상이 될 수 있습니다.
근거
기획재정부 부가가치세제과-426(2014.6.17.) 해석에 따라 기술료의 성격에 따라 과세여부를 개별적으로 판단합니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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요지

연구개발사업 및 기술개발사업을 수행하는 기관에 국가 또는 그 위임을 받은 자로부터 지급되는 출연금은 국고보조금에 해당함

답변내용

귀 사전답변 신청의 경우, 기획재정부의 해석(기획재정부 부가가치세제과-426, 2014.6.17.)을 참조하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 부가가치세제과-426, 2014.6.17.
「과학기술기본법」제11조제1항 및「산업기술혁신촉진법」제11조제1항에 따른 연구개발사업 및 기술개발사업을 수행하는 기관에 국가 또는 그 위임을 받은 자로부터 지급되는 출연금은「부가가치세법」제29조제5항제4호의 국고보조금에 해당하고,「과학기술기본법」제11조의4제1항 및「산업기술혁신촉진법」제12조제1항에 따라 지급하는 기술료의 부가가치세 과세여부는 실시권의 대가인지 여부, 지급받는 기관 등 기술료의 구체적인 성격에 따르는 것입니다.

 ○ ★★★★(이하 ⁠“신청인”이라 함)는 건설업(주종목:토목)을 영위하는 법인으로서 정부가 특정한 국가기술개발 연구과제를 수행하기로 하고 정부로부터 정부출연금 명목으로 사업비의 일부를 받음

 ○ 신청인은 환경부에서 특정한 연구과제와 국토해양부에서 특정한 연구과제를 수행하였으며, 주요내용은 다음과 같음

⦁연구개발과제명 : 토양침식 모니터링 및 저감기술 개발

⦁전문기관 : ◇◇◇기술원

⦁총괄주관기관 : 신청인

⦁세부주관기관 : ★★대학교 산학협력단

⦁연구성과의 귀속 : ①지식재산권, 유형적 발생품, 시작품 및 보고서 판권 등 유‧무형 발생품은 총괄주관기관 및 세부주관기관(이하 ⁠“ 주관연구기관” 이라 한다) 각각의 소유로 하며, 주관연구기관이 기업인 경우 지식재산권 연구보고서의 판권 등 무형적 결과물의 정부출연금 지분에 상당하는 부분은 전문기관의 소유로 할 수 있음

  ②운영지침 등에서 정한 바에 따라 참여기업이 주관연구기관과 기술실시계약을 체결하고 기술실시계약에 의해 기술료를 납부한 시점부터 지식재산권 등 무형의 발생품에 대한 실시권은 참여기업이 소유함

⦁연구개발과제명 : 지하수 공공관정 시설 현황조사 및 개량기술 개발

⦁전문기관 : ◎◎평가원

⦁주관기관 : □□협회

⦁참여기관 : 신청인

⦁연구성과의 귀속 : ①연구결과물 중 유형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만, 참여기관이 소유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설‧장비는 주관기관과의 협약에 따라 참여기관의 소유로 할 수 있음

  ②지식재산권, 연구보고서 등 무형적 결과물은 주관기관의 소유로 한다. 다만, 국토해양부소관 연구개발사업 운영규정 제44조제2항 단서조항에 해당하는 경우 주관기관과 참여기관의 협약에 따라 정할 수 있음

⦁운영규정 제44조제2항 단서조항 : ①협약으로 정하는 바에 따라 참여기관이 단독으로 소유할 수 있음(참여기관이 자체 개발하거나 주도적으로 개발한 무형적 결과물, 주관기관이 결과물을 소유할 의사가 없는 경우) ②주관기관과 참여기관이 공동으로 소유할 수 있음(장관이 연구개발물의 활용을 위하여 더 효과적이라고 판단하는 경우)

2. 질의내용

○ 건설업(토목)을 영위하는 사업자가 국가기술개발 연구과제를 수행하면서 정부로부터 정부출연금을 지급받는 경우 연구용역의 공급으로 보아 세금계산서 또는 계산서를 발급해야 하는지 여부와

 - 연구과제를 수행하면서 부담한 매입세액을 매출세액에서 공제 가능한지 여부

3. 관련법령

 (부가가치세법 : 2013.6.7., 시행령 : 2013.6.28. 개정이전의 것)

부가가치세법 제7조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

부가가치세법 제13조 【과세표준】

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

 4. 국고보조금과 공공보조금

부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】

⑩ 법 제13조제2항제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

출처 : 국세청 2014. 06. 20. 법규부가2012-468 | 국세법령정보시스템