송도 국제업무단지 미착공 토지의 비사업용 토지 해당 여부

요지

대규모 도시개발사업에 대한 실시계획을 지방자치단체로부터 승인받아 해당 계획에 따라 순차진행하던 중 효율적인 개발 및 가속진행을 위해 미착공된 일부 토지를 해당 지방자치단체가 승인하는 내국법인에 양도하는 경우 순차적 개발에 따라 불가피하게 개발대기 중인 기간은 비사업용으로 보는 기간에서 제외되는 것임

답변내용

송도 국제업무단지에 대해 인천광역시와 공동 개발사업시행자로 지정된 내국법인이「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 의해 승인된 개발계획과 실시계획에 따라 순차적으로 도시개발사업을 진행하고 있었으나,
세계금융위기의 여파로 부동산시장이 냉각되고 상업용 건물의 수요가 급감하는 등의 경제여건 변화로 개발이 지연되는 상황에서 이에 대한 감사원의 지적과 대책요구에 따라
인천광역시로부터 실시계획을 변경승인받고 개발가속화 및 안정적 사업추진에 대한 계약을 체결한 후, 개발대기 중이던 일부 미착공 토지를 인천광역시가 승인하는 내국법인에 양도하는 경우
순차적 개발에 따라 불가피하게 개발대기 중인 기간은 ⁠「법인세법 시행규칙」제46조의2제1항13호에 따른 정당한 사유에 해당하므로 비사업용으로 보는 기간에서 제외되는 것임

1. 질의내용

○송도 국제업무단지에 대해 인천광역시와 공동 개발사업시행자로 지정된 내국법인이 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따른 개발계획과 실시계획에 따라 순차적 개발 대상에 해당되던 일부 부지를

 - 감사원의 사업시행 지연에 대한 지적에 의해, 개발사업 가속화를 위한 공동개발 당사자 간 협의에 따라 공동 개발사업시행자겸 개발사업 실시계획의 승인권자인 인천시가 승인하는 내국법인에 양도하는 경우

 - 해당 부지가 ｢법인세법｣ 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】제1항 제3호에 따른 비사업용 토지에 해당되는지 여부

2. 사실관계

가. 사업시행자 지정과 개발 경과

○ 갑법인은 인천광역시(이하 ⁠“인천시”라 함)와 함께 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣(이하 ⁠“경자법”이라 함)에 따라

 -인천경제자유구역 송도 국제업무단지(이하 ⁠“국제업무단지”)의 공동 개발사업시행자로 지정되었음

○ 한편, 인천시는 경자법 제9조에 따른 개발사업 실시계획의 승인권자에 해당함

○ 국제업무단지는 인천 송도 연안 매립지 중 1, 3공구 일원 5.77㎢(173만평, 여의도 약 2배)를 동북아시아 국제업무 중심지로 조성하는 초대형 도시개발 사업(이하 ⁠“송도개발사업”이라 함)으로,

 - 부지 매입 후 단기간에 일괄 개발하는 일반 개발사업과는 달리

 -공유수면 매립, 도로 등 기반시설 설치, 주거·학교·공원·병원 등 정주환경 조성, 기업유치를 통한 상업업무시설 개발 등 장기간에 걸쳐 단계적으로 개발하는 장기 프로젝트임

○ 국제업무단지 부지 중 1공구는 2004.5.10., 3공구는 2006.11.17. 각각 매립준공인가를 받아,

 - 경자법에 따라 2005.11.25. 최초 실시계획 승인을 받은 후 도로 등 기반시설 공사 착수하였고,

 - 1공구는 2009. 10월, 3공구는 2012. 5월 각각 기반시설 설치를 완료

○ 이와 동시에 갑법인은 국제학교, 컨벤션센터, 골프장, 아트센터 등을 건설하여 기부채납 완료 또는 예정임

 - 2005.3월 착공한 컨벤션센터(송도컨벤시아)를 2009.7월 완공하여 인천시에게 기부채납하였을 뿐만 아니라,

 -2007.1월 착공한 중앙공원(송도 센트럴 공원)을 2009.8월 기부채납하고, 2009.6월 착공한 아트센터는 현재 공사 진행중으로 2016년 3월에 완공하여 기부채납할 예정

 -위와 같은 컨벤션센터, 중앙공원, 아트센터는 본건 사업부지의 랜드마크가 되는 대단위 건축물로 인천경제청 홈페이지를 통해서 확인할 수 있으며,

 - 랜드마크가 되는 건축물 외에도 사업부지 내의 도로, 쓰레기집하시설 등의 기반시설도 기부채납 완료하였고,

 - 그 외에 사업부지 곳곳에 녹지를 조성하여 기부채납하였거나, 기부채납예정임

○ 핵심시설인 국제업무시설(오피스)은 여의도 63빌딩 30여개에 상당하는 초고층 오피스들을 개발하는 사업으로 국내외 대기업, 유수기업들의 투자유치가 관건이며,

 - 오피스 부지가 모두 개발 완료되기까지는 최소 30년 이상 소요될 것으로 예상됨

○한편, 갑법인은 분기별로 본건 사업의 감독청인 인천경제청에 개발사업 추진실적보고서를 제출하고 있으며,

 -해당 보고서에 따르면, 토지면적 기준으로 준공비율 54% 및 착공비율 14%로 전체 사업부지의 68%가 공사 완료되었거나 진행되어, 전체 사업이 사업계획에 따라 순차적으로 계속 진행 중임을 알 수 있음

나. 사업부지 매입

○ 갑법인은 2002.3.20. 인천시와 국제업무단지 부지를 매입하기로 하는 ⁠‘토지공급계약’을 체결하였고,

 -위 토지공급계약에 따라 2003.10월부터 2010.12월까지 ××블럭(이하 ⁠“쟁점부지”라 함)을 포함한 국제업무단지 조성용 사업부지를 인천시로부터 공급받았으며, 그 중 쟁점부지는 2007.12.28. 매입하였음

○ 갑법인은 본건 개발사업이 기반시설을 포함하여 15년 이상 장기간에 거쳐 단계적으로 개발하는 사업의 특성 상 전체 사업부지를 바로 개발할 수 없음에도 불구하고,

 -부지의 차질없는 매립 진행과 이를 위한 재원이 충분하지 않은 인천시의 사정 등을 고려하여 부지가 매립되는 즉시 일괄 매입하였던 것임

다. 개발 대기 및 개발일정 변경

○ 갑법인은 위와 같이 공급 받은 토지를 경자법에 따라 승인된 개발계획과 실시계획에서 정한 용도 및 처분계획 대로만 사용하거나 매각할 수 있으며,

 - 갑법인과 인천시 간에 2005.8.29. 체결된 개발 합의서는 갑법인에게 주거시설과 상업·업무시설을 1:1 수준으로 연동개발^*하도록 하는 의무를 부여하고 있음

   *주거시설과 상업·업무 시설이 당사자간 미리 정한 비율에 맞춰서 개발되도록 인천시가 주거 및 상업·업무시설 개발에 대한 인허가를 통제하는 방식으로 이뤄짐

○위 연동개발 의무에 근거하여 미리 정해진 일정에 따라 각 필지별로 순차적으로 개발이 진행됨에 따라,

 -쟁점부지 등 일부 토지는 취득 이후에도 다른 부지의 개발이 진행되는 일정기간(최소 6월～최대 5년)동안 ⁠‘개발 대기 중’인 상황이었음

○ 한편, 개발 진행과정에서 부동산 경기침체 등으로 인한 상업시설 수요가 급감하여 기존 인천시와 갑법인 간의 2005.8.29.자 개발 합의에 따른 1:1 연동개발 조건 충족이 불가능해짐에 따라,

 - 2008년 중반부터 연동개발 조건 완화 및 일부부지의 인천시 반환 등을 협의하기 시작하였고,

 - 이에 따라 쟁점부지 등 일부 사업부지에 대한 개발 착수가 당초 개발일정보다도 추가적으로 유보되었음

○이와 같이, 최초 개발합의 과정에서 예측하지 못한 불가피한 상황으로 인해 당초 계획에 따른 개발사업의 진행이 어렵게 되고, 감사원의 사업시행 지연에 대한 지적에 의해,

 -갑법인과 인천시는 2009.4.3. ⁠‘개발 가속화 및 안정적 사업추진에 관한 양해각서’(이하 ⁠“개발가속화 양해각서”라 함) 및 2010.4.30. ⁠‘개발가속화 및 안정적 사업추진에 관한 본 계약’(이하 ⁠“개발가속화 본 계약”이라 하고, 두 계약을 포괄하여 ⁠“개발가속화 계약”이라 함)을 체결함

○ 위 개발가속화 계약을 근거로, 갑법인과 인천시는 2011.5.30. ⁠‘송도국제업무단지 개발가속화 및 안정적 사업추진과 NEATT 및 BOAT 개발사업 정상화를 위한 합의서’(이하 ⁠“개발가속화 합의서”라 함)를 통하여

 - 주거시설과 상업시설의 연동개발의무 비율을 기존 1:1에서 80:20으로 완화하기로 합의하였고,

 -쟁점부지의 개발일정은 인천시 및 경제청과의 협의, 실시계획의 변경 승인 및 고시에 따라 당초 실시계획보다 착공예정일이 연기됨

라. 쟁점부지의 매각

○ 갑법인은 이미 인천시와 개발가속화 계약상 합의사항을 이행하기 위하여

 -인천시와 사업부지 중 일부 토지에 대한 매매계약을 체결하고,

 -인천시의 자금사정으로 잔금청산일이 2차례 연기되었다가 2013.1.31. 매각이 이행 완료되었음

○ 위의 인천시에 사업부지 재매각과 마찬가지로, 갑법인은 인천시와의 개발가속화 계약을 근거로,

 -인천시의 승인 하에 인천시가 아닌 일반사업자 을법인에 쟁점부지를 매각하고자

 - 을법인과 2011.11.29. 및 2012.11.28. 2회에 걸쳐 쟁점부지를 양도하는 계약(이하 ⁠“쟁점매매계약”이라 함)을 체결하였고

 - 2014.4.23. 인천경제청(인천시 산하 기관)으로부터 쟁점매매계약을 승인받음

3. 관련 법령

○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 ⁠“토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 ② 제1항 제3호에서 ⁠“비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

   다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

 ③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

  나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○법인세법 시행령 제92조의8 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

 ① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  3. ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

 13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

    (시행규칙에 위임규정 없음)

○ 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

  1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

  2. 토지를 취득한 후 ⁠「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

  3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

  1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

  2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정 고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정 고시일부터 5년 이전인 토지

  3. 법 제55조의2제2항제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

  4. ⁠「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

  5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

 ① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

  1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

  2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

 13.당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

출처 : 국세청 2014. 07. 24. 법규법인2014-177 | 국세법령정보시스템