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행정대집행에 따른 폐기물처리 공사비의 매입자발행세금계산서 발급 가능 여부

법규부가2014-58  ·  2014. 03. 04.
질의 및 요약

Q질의내용

  • 지방자치단체가 행정대집행을 실시하고 제3자인 용역업체가 지방자치단체에만 세금계산서를 발급한 경우, 실제 비용을 부담한 신청인이 매입자발행세금계산서를 발급하여 매입세액 공제를 받을 수 있는지요?

S요약

지방자치단체가 행정대집행법에 따라 제3자에게 폐기물처리용역을 시행하고, 용역업체가 지방자치단체에 세금계산서를 발급하였으나 실질 비용 부담자인 신청인에게 세금계산서가 발급되지 않은 경우, 조세특례제한법에 의거하여 신청인은 매입자발행세금계산서 특례를 적용받아 매입세액 공제가 가능함이 인정됩니다.
#행정대집행 #매입자발행세금계산서 #실수요자 #폐기물처리 #부가가치세 #세금계산서 발급
핵심 정리

R회신 내용 법규부가2014-58  ·  2014. 03. 04.

  • 국세청 법규부가2014-58(2014.03.04) 회신에 따르면 본 사안은 행정대집행법 및 부가가치세법, 조세특례제한법 등 관련 규정에 의해 해석하였습니다.
  • 지방자치단체가 행정대집행법에 따라 신청인을 대신해 폐기물처리용역을 시행하고, 용역업체는 지방자치단체에 세금계산서를 발급하였으나 지방자치단체가 신청인에게 세금계산서를 발급하지 않은 경우가 해당됩니다.
  • 조세특례제한법 제126조의4 및 시행령 제121조의4에 근거하여, 실수요자인 신청인은 매입자발행세금계산서 특례를 적용받을 수 있음이 인정됩니다.
  • 관할세무서장의 확인 하에 매입자발행세금계산서를 발급하면, 관련 매입세액을 공제받는 것이 가능함이 회신되었습니다.
  • 매입자발행세금계산서 제도의 주요 취지는 실제 비용 부담자(실수요자)가 명의상 세금계산서를 수취하지 못했을 때 권리를 구제받도록 한 것임을 국세청 유권해석에서 밝히고 있습니다.

L관련 법령 해석

  • 부가가치세법 제16조: 용역의 공급시기는 역무 제공이 완료되는 때로 함
  • 부가가치세법 시행령 제69조: 위탁매입, 행정대집행 등 특수 관계 시 세금계산서 발급 규정
  • 조세특례제한법 제126조의4: 매입자발행세금계산서 특례를 통한 매입세액 공제 요건
  • 조세특례제한법 시행령 제121조의4: 매입자발행세금계산서 발급대상자 및 절차, 거래 요건 등 상세 규정
  • 행정대집행법 제2조 및 제6조: 행정대집행 및 비용징수 절차와 비용 우선순위 규정
사례 Q&A
1. 행정대집행으로 폐기물처리 비용을 부담한 자가 매입자발행세금계산서를 받을 수 있나요?
답변
실제 비용을 부담한 자는 매입자발행세금계산서 발급 특례 적용이 가능합니다.
근거
국세청 회신과 조세특례제한법 제126조의4에 따라, 실수요자의 권익 보호를 위해 허용된 제도입니다.
2. 공사업체가 지자체에만 세금계산서를 발급했다면 매입세액 공제가 가능한가요?
답변
관할세무서장 확인을 거쳐 매입자발행세금계산서를 발급하면 매입세액 공제가 가능합니다.
근거
조세특례제한법 시행령 제121조의4에 따른 신청·확인 절차를 따르면 공제받을 수 있음을 규정하고 있습니다.
3. 행정대집행으로 인해 세금계산서 수취자를 실수요자로 변경 가능한가요?
답변
세금계산서를 수취하지 못한 실수요자는 매입자발행세금계산서로 대체 발급이 가능합니다.
근거
매입자발행세금계산서 특례제도의 목적은 실수요자의 세액공제 권리 보장에 있음을 국세청 유권해석이 확인하였습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

매입자발행세금계산서 발급특례 규정은 공동매입의 실수요자가 수탁자 등 명의상 세금계산서 수취자를 대상으로 발급신청이 가능한 것임

답변내용

지방자치단체가 ⁠「행정대집행법」 제2조에 따라 신청인을 대신하여 화재로 전소된 창고에 대한 잔재물 및 폐기물처리용역을 제3자에게 이행하게 하게 하고 그 비용을 신청인으로부터 징수함에 있어 제3자가 그 공급시기에 지방자치단체에 세금계산서를 발급하였으나 지방자치단체가 ⁠「부가가치세법시행령」 제69조에 따라 세금계산서를 발급하지 아니한 경우, 신청인은 ⁠「조세특례제한법」 제126조의4에 따른 매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례를 적용받을 수 있는 것임

 ○ 신청인은 창고업을 영위하는 법인으로 2013.5.3. 화재로 인해 창고 및 물품이 전소되었고 안성시로부터 환경과 안전문제로 잔재물 철거 및 폐기물처리를 명하였음

 ○ 당사는 건물에 대한 화재보험에 가입하였으나 보관중인 화주의 물품 보상액 등이 보험금수령액에 미치지 못하여 자력으로 전소된 건물의 잔재물 철거 및 폐기물처리가 불가하였음

 ○ 이에 00시는 당사에 행정대집행 영장을 발부하여 관련법에 따라 2013.9월 공사업체와 직접 공사계약을 체결하여 2013.12월에 잔재물 철거 및 폐기물처리 작업이 완료됨

  - 00시는 화재보험금을 압류하고 선순위(행정대집행에 따라 우선순위 확보)로 보험금을 수령하여 공사업체에 지급하게 됨

    ※ 00시는 「행정대집행법」 제6조제2항에 따라 국세에 다음 가는 선취득권을 가짐

  - 공사업체는 00시에 관련 공사와 관련된 세금계산서를 발급하였으나 안성시는 신청인에게 세금계산서를 발급하지 않고 있음

2. 질의내용

 ○ 00시와 공사업체가 체결한 잔재물 철거 및 폐기물처리용역의 공급시기가 언제인지

 ○ 공사업체가 00시에 위 공사관련 세금계산서 발급이 이루어진 경우 공사비를 실지 부담하는 신청인이 00시를 상대로 매입자발행세금계산서 발급이 가능한지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】

 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다

부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

  1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

  2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

  3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

  4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

 ④ 제2항에도 불구하고 「전기사업법」 제2조제2호에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.

 ⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

 ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 ② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

 ⑤ 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개의 경우에는 제1항과 제2항을 준용한다.

 ⑥ ⁠「조달사업에 관한 법률」에 따라 물자가 공급되는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자 또는 세관장이 해당 실수요자에게 직접 세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 물자를 조달할 때에 그 물자의 실수요자를 알 수 없는 경우에는 조달청장에게 세금계산서를 발급하고, 조달청장이 실제로 실수요자에게 그 물자를 인도할 때에는 그 실수요자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

 ⑦ ⁠「한국가스공사법」에 따른 한국가스공사가 기획재정부령으로 정하는 가스도입판매사업자를 위하여 천연가스(액화한 것을 포함한다)를 직접 수입하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 세관장이 해당 가스도입판매사업자에게 직접 세금계산서를 발급할 수 있다.

 ⑪ ⁠「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자가 다른 전기통신사업자의 이용자(「전기통신사업법」 제2조제1항제9호에 따른 이용자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 전기통신역무를 제공하고 그 대가의 징수를 다른 전기통신사업자에게 대행하게 하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 해당 전기통신역무를 제공한 사업자가 다른 전기통신사업자에게 세금계산서를 발급하고, 다른 전기통신사업자가 이용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

 ⑫ ⁠「전기사업법」에 따른 발전사업자가 전력시장을 통하여 같은 법에 따른 전기판매사업자 또는 전기사용자에게 전력을 공급하고 그 대가를 같은 법에 따른 한국전력거래소를 통하여 받는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 그 발전사업자가 한국전력거래소에 세금계산서를 발급하고 한국전력거래소가 그 전기판매사업자 또는 전기사용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

 ⑬ 「방송법 시행령」 제1조의2제4호 및 제5호에 따른 위성이동멀티미디어방송사업자 및 일반위성방송사업자가 ⁠「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 이용자에게 각각 위성이동멀티미디어방송용역 또는 일반위성방송용역을 제공하고 그 대가의 징수를 전기통신사업자에게 대행하게 하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 위성이동멀티미디어방송사업자 및 일반위성방송사업자는 전기통신사업자에게 세금계산서를 발급하고, 전기통신사업자가 이용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

 ⑭ ⁠「전기사업법」에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

 ⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 ⁠「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 ⁠「도시가스사업법」에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.

조세특례제한법 제126조의4 【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】

 ① 「부가가치세법」 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

 ③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

조세특례제한법 시행령 제121조 의4 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

 ① 법 제126조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(「부가가치세법」 제61조제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 「부가가치세법 시행령」 제73조제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

 ② 법 제126조의4제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

 ③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

 ④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

 ⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

  1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

  2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴ㆍ폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

 ⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

 ⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

 ⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

  1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

  2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

 ⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

 ⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.

 ⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 「부가가치세법」 제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」 제45조의2제1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 ⁠「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

행정대집행법 제2조【대집행과 그 비용징수】

  법률(법률의 위임에 의한 명령, 지방자치단체의 조례를 포함한다. 이하 같다)에 의하여 직접명령되었거나 또는 법률에 의거한 행정청의 명령에 의한 행위로서 타인이 대신하여 행할 수 있는 행위를 의무자가 이행하지 아니하는 경우 다른 수단으로써 그 이행을 확보하기 곤란하고 또한 그 불이행을 방치함이 심히 공익을 해할 것으로 인정될 때에는 당해 행정청은 스스로 의무자가 하여야 할 행위를 하거나 또는 제삼자로 하여금 이를 하게 하여 그 비용을 의무자로부터 징수할 수 있다.

행정대집행법 제6조【비용징수】

 ① 대집행에 요한 비용은 국세징수법의 예에 의하여 징수할 수 있다.

 ② 대집행에 요한 비용에 대하여서는 행정청은 사무비의 소속에 따라 국세에 다음가는 순위의 선취득권을 가진다.

 ③ 대집행에 요한 비용을 징수하였을 때에는 그 징수금은 사무비의 소속에 따라 국고 또는 지방자치단체의 수입으로 한다.

출처 : 국세청 2014. 03. 04. 법규부가2014-58 | 국세법령정보시스템