신축주택 5년 후 양도 시 양도소득세 감면 산정방법

요지

거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하고 감면대상 양도소득금액을 산정할 때 양도당시 기준시가가 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가보다 작은 경우 해당 주택의 양도소득금액 전체가 감면소득금액이 되는 것임

회신

1. 귀 질의1의 경우에는 기존해석사례(서면인터넷방문상담4팀-2314, 2005.11.23.)를 참고하시기 바랍니다.
2. 질의2의 경우에는 기존해석사례(부동산거래관리과-525, 2010.04.07.)를 참고하시기 바랍니다.
3. 질의3의 경우, ⁠「농어촌특별세법」제5조제3항 및 같은 법 시행령 제5조제2항의 규정에 따른 계산방법에 따라 계산한 금액(비과세소득 및 소득공제액을 과세표준에 산입하여 계산한 세액 - 비과세소득ㆍ소득공제액을 과세표준에서 제외하고 계산한 세액)을 감면을 받는 세액으로 보아 같은 법 제5조제1항제1호를 적용하는 것입니다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 200?.00. 甲, 서울 양천구 신정동 소재 A아파트 취득

- 2002.01. 乙(甲의 배우자), 서울 동작구 상도동 소재 상도제00구역 주택재개발조합의 일반분양분 B아파트(전용면적 84.96㎡)를 분양받음(243백만원)

- 2004.12. B아파트 준공

- 2005.01. 乙, B아파트 잔금청산 및 소유권이전등기

- 2014.04. 현재 B아파트 시가 580백만원

- B아파트 기준시가 변동내용 ⁠(백만원)

○ 질의내용

(질의1) B아파트는 ⁠「조세특례제한법」제99조의3제1항에 따른 감면대상 신축주택에 해당하는지

(질의2) 양도일 현재의 기준시가가 취득일(2005.1월)부터 5년이 되는 시점(2010.1월)의 기준시가보다 작은 경우 감면해당여부

(질의3) 농어촌특별세는 산출세액의 20%인지 또는 전체 양도차익의 20%인지

2. 질의내용에 대한 자료

○ 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서“대통령령으로 정하는 지역”이란 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조에 따라 택지개발지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. ⁠「주택법」에 의한 주택조합 또는 ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 ⁠“주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ⁠“잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 ⁠“신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 조합원”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 ⁠“당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 ⁠“양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / ⁠(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

○ 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】

① 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

② 제1항에도 불구하고 ⁠「조세특례제한법」에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감하는 방식으로 규정하는 경우에는 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면한다.

○ 농어촌특별세법 제2조 【정의】

① 이 법에서 ⁠“감면”이란 ⁠「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 ⁠「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

(이하 생략)

○ 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

② 생략

③ 비과세 및 소득공제를 받는 경우에는 대통령령으로 정하는 계산방법에 의하여 계산한 금액을 감면을 받는 세액으로 보아 제1항 제1호를 적용한다.

(이하 생략)

○ 농어촌특별세법 시행령 제5조 【과세표준의 계산】

① 생략

② 법 제5조 제3항에서 ⁠“대통령령으로 정하는 계산방법에 의하여 계산한 금액”이란 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(비과세소득 및 소득공제액을 과세표준에 산입하여 계산한 세액) - ⁠(비과세소득ㆍ소득공제액을 과세표준에서 제외하고 계산한 세액)

(이하 생략)

○ 서면인터넷방문상담4팀-2314, 2005.11.23.

거주자(주택건설사업자를 제외)로서 「조세특례제한법」 제99조의 3의 규정에 의하여 2001.5.23 부터 2003.6.30. 까지의 기간(서울특별시, 과천시 및 ⁠「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 · 고시된 분당 · 일산 · 평촌 · 산본 · 중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 2001. 5.23.부터 2002 .12.31. 까지)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 당해 기간 중 같은 법 시행령 제99조의 3 제4항의 규정의 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외)을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면(단, 감면세액의 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것임)하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생하는 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것이나 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가(급)주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하는 것입니다.

(이하 생략)

○ 부동산거래관리과-525, 2010.04.07.

귀 질의의 경우, 거주자가 「조세특례제한법」 제99조의3제1항제1호에 따른 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택을 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하고 같은 법 시행령 제40조에 따라 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가는 취득당시 기준시가보다 크고 양도당시 기준시가는 취득당시 기준시가보다 작은 경우에는 해당 주택의 양도소득금액 전체가 감면소득금액이 되는 것입니다.

○ 부동산거래관리과-136, 2012.03.06.

거주자가 「조세특례제한법」 제99조의3제1항이 적용되는 신축주택을 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하고 같은 법 시행령 제99조의3제2항 및 제40조제1항에 따라 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가’가 ⁠‘신축주택 취득당시의 기준시가’보다 낮아 분자가 부수인 경우 감면소득금액은 0원으로 계산하는 것입니다.

출처 : 국세청 2014. 06. 10. 부동산납세과-412 | 국세법령정보시스템