* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.
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「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 가축분뇨수집・운반 및 처리업을 하는 경우「부가가치세법 시행령」제35조제10호에 따른 의료보건용역의 범위에 해당되어 부가가치세가 면제되는 것이고,「비료관리법」에 따라 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨를 이용하여 비료를 생산하는 경우 이는 부가가치세가 과세됨.
가.「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가 또는 신고를 하고 가축분뇨수집·운반 및 처리업을 하는 경우 「부가가치세법 시행령」제35조제10호에 따른 의료보건용역의 범위에 해당되어 부가가치세가 면제되는 것이고,「비료관리법」에 따라 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨를 이용하여 비료를 생산하는 경우 이는 부가가치세가 과세되는 재화에 해당되어, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 해당되는 것이며, 사업자가 가축분뇨처리를 위한 자원화시설을 설치하고 세금계산서를 발급받은 경우, 해당 설치와 관련하여 부담한 매입세액은 「부가가치세법」제40조에 따라 안분계산 하여야 하는 것입니다.
나.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」 제39조에서 정하는 경우를 제외하고는 매입세액 공제를 받을 수 있는 것입니다.
[관련 참고자료]
1. 사실관계
가. 질의자(축협)는「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」제27조 제1항 및「같은법 시행규칙」제26조에 따라 신고하여 가축분뇨재활용증명서를 교부받아 일일 95톤의 가축분뇨를 재활용할 목적으로 처리하고자 지방자치단체 A군청으로부터 허가를 받음
나. 질의자는 가축분뇨 공동자원화시설을 투자, 설치를 완료하여 축산농가로부터 축산분뇨를 수거하여 액비생산 후 경종농가를 대상으로 액비를 무상 살포하고 있음
다. 정부(지자체)는 시장․군수가 참여하는 액비유통협의체에 참여하고 있는 전문유통주체(질의자)에게 액비 살포 면적 및 액비품질등급에 따라 살포지원비(보조금)를 지급하고 있으며 질의자는「비료관리법」에 따라 비료생산업등록(액비)함
2. 질의내용
가.질의자는 A군에서 가축분뇨재활용신고를 완료하고 동사업을 시행하고 있는 바, 부가가치세가 면세되는 용역해당 여부
나.가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률에서 말하는 가축분뇨재활용의 면제 범위
* 가축분뇨수거 → 가축분뇨저장소 투입 → 가축분뇨 고액분리 → 액비생산(액비화) → 초지 및 농경지로 액비살포
다.가축분뇨 공동자원화사업의 설치와 관련된 사업비용은 환급 가능하지 여부
라 질의자가 액비를 직접 살포하지 않고 위탁업체를 통해 살포수수료를 지급하고 살포하는 경우(경종농가를 대상으로 액비를 무상살포) 위탁살포업체로 지급한 수수료에 대한 부가세 환급 가능 여부
3. 관련된 법령 및 기존 해석사례
○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액
○ 부가가치세법 시행령 제35조 【면세하는 의료보건 용역의 범위】
법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.
10. 「하수도법」 제45조에 따른 분뇨수집ㆍ운반업의 허가를 받은 사업자와 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」 제28조에 따른 가축분뇨수집ㆍ운반업 또는 가축분뇨처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 용역
○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】
사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
○ 부가가치세법 기본통칙 12-29-1 【 면세하지 아니하는 기타 의료보건위생용역 】
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 면세하는 그 밖의 의료보건위생용역에 해당하지 아니한다.
1.「폐기물관리법」,「하수도법」및「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가를 얻은 사업자가 수거한 폐기물, 분뇨 등으로 과세되는 재화를 제조하여 공급하는 경우
○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(영)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다
5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와 「농업협동조합법」, 「엽연초생산협동조합법」 또는 「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
가. 「비료관리법」에 따른 비료로서 대통령령으로 정하는 것
○ 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조 【영세율 적용대상 농·축산·임·어업용기자재의 범위】
① 법 제105조제1항제5호 가목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「비료관리법」에 따른 비료(비료와 육묘용 흙이 혼합된 것을 포함한다)를 말한다.
○ 가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 제28조【가축분뇨관련영업】
① 가축분뇨의 수집·운반·처리 또는 처리시설의 관리를 대행하는 업(이하 "가축분뇨관련영업"이라 한다)을 영위하려는 자는 대통령령으로 정하는 기준에 따른 시설·장비 및 기술능력을 갖추어 다음 각 호의 구분에 따른 업종별로 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 때에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 변경허가를 받거나 변경신고를 하여야 한다.
1. 가축분뇨수집·운반업: 가축분뇨를 수집하여 운반하는 영업
2. 가축분뇨처리업: 자원화시설(퇴비·액비를 만드는 시설은 제외한다) 또는 정화시설을 갖추어 가축분뇨를 최종적으로 안전하게 처리하는 영업
3. 가축분뇨시설관리업: 처리시설의 관리·운영을 대행하는 영업
○ 부가가치세과-781, 2012.07.13
「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따라 허가 또는 신고를 하고 가축분뇨수집·운반 및 처리업을 하는 경우 「부가가치세법」 시행령 제29조제9호에 따른 의료보건용역의 범위에 해당되어 부가가치세가 면제되는 것이고, 「비료관리법」에 따라 비료생산업으로 등록하고 수집한 가축분뇨를 이용하여 비료를 생산하는 경우 이는 부가가치세가 과세되는 재화에 해당되어, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 해당되는 것임
사업자가 가축분뇨처리를 위한 자원화시설을 설치하고 세금계산서를 발급받은 경우, 해당 설치와 관련하여 부담한 매입세액은 「부가가치세법」 시행령 제61조에 따라 안분계산 하여야 하는 것임
