장기임대주택·거주주택 특례 및 조합원입주권 비과세 적용

요지

1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(5년 이상 임대)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 ⁠「소득세법 시행령」제155조제19항을 적용하는 것이나, 관리처분계획인가 후 조합원입주권을 양도하는 경우에는 동 규정이 적용되지 아니하는 것임

회신

1. 귀 질의 1․2의 경우, ⁠「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것이나, 관리처분계획인가 후 조합원입주권을 양도하는 경우에는 동 규정이 적용되지 아니하는 것입니다.
2. 질의 3의 경우, ⁠「소득세법 시행령」제154조제1항에 따른 1세대 1주택이 같은 조제10항 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 같은 영 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다.
3. 또한, 양도소득세는 양도당시의 세법이 적용됨을 알려드립니다.

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 개포동에 소재하는 ‘1’번 아파트에서 거주한 기간은 ’89.2.1.~’94.8.15.까지이며, 해당 아파트는 현재 재건축이 추진되고 있음

  ○ 질의내용

(질의 1) 1번 아파트를 관리처분계획인가 전 또는 인가 후 양도하는 경우 ⁠「소득세법 시행령」제155조제19항에 따른 거주주택 특례를 적용받을 수 있는지 여부

(질의 2) 1번 아파트를 관리처분계획인가에 따른 재건축 후에 양도하는 경우 「소득세법 시행령」제155조제19항에 따른 거주주택 특례를 적용받을 수 있는지 여부

(질의 3) 1번 아파트를 양도한 다음 2번 아파트를 ’11.10.14.부터 5년간 임대한 후 양도하는 경우 「소득세법 시행령」제154조제1항에 따른 비과세 해당 여부

2. 질의내용에 대한 자료

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

② ~ ⑧ 생략

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

1. ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있을 것

2. 해당 주택의 보유기간 중에 제155조제19항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택이 있었을 것

⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① ~

법 제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대{「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다}가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조제1항제2호가목에도 불구하고 제154조제1항에 따른 1세대1주택으로 본다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

생략

제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택사업자로 등록한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 장기임대주택을 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다.

1세대가 제20항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고·납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

1. 납부할 양도소득세 계산식

거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제19항을 적용받아 납부한 세액

2. 임대기간요건 산정특례

가. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.

나. ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제167조의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 생략

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」 제2조제3호에 따른 국민주택규모에 해당하는 ⁠「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

다.․라. 생략

3. ~ 10. 생략

③ 제1항제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 ⁠「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령(2011.10.14. 대통령령 제23218호로 개정된 것) 부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 주택부터 적용한다.

제3조(양도소득세 중과에서 제외되는 임대주택의 가액기준 변경에 관한 적용례) 제167조의3제1항제2호가목의 개정규정 중 가액기준 변경에 관한 개정부분과 같은 호 다목의 개정규정은 이 영 시행 후 ⁠「임대주택법」 제6조에 따라 임대주택으로 등록하는 주택부터 적용한다.

○ 소득세법 시행령(2011.3.31. 대통령령 제22811로 개정된 것) 부칙

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제3조(양도소득세 중과에서 제외되는 임대주택의 임대기간에 관한 경과조치)

① 이 영 시행 전에 종전의 제167조의3제1항제2호가목(이하 "종전의 규정"이라 한다)에 따라 임대기간 요건을 제외한 다른 요건(이하 "임대기간 외의 요건"이라 한다)을 모두 충족한 주택의 경우에는 제167조의3제1항제2호가목의 개정규정(이하 "개정규정"이라 한다)에도 불구하고 종전의 규정에 따른 임대기간 요건을 충족한 날과 개정규정에 따른 임대기간(이 영 시행일 이후 최초로 임대한 날부터 계산한다) 요건을 충족한 날 중 빠른 날에 임대기간 요건을 충족한 것으로 본다.

② 이 영 시행 전에 종전의 규정에 따른 임대기간 외의 요건을 충족하지 못한 주택의 경우에는 이 영 시행일 이후 개정규정에 따른 임대기간 외의 요건을 모두 충족한 후 최초로 임대한 날부터 주택의 임대기간을 계산한다.

○ 부동산거래관리과-488, 2012.09.13.

    [ 요 지 ]

    「소득세법」 제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 해당 여부는 같은 법 시행령 제155조제17항에 따라 판단하는 것이며, 장기임대주택은 소유주택 수에 포함됨

    [ 회 신 ]

    1. 「소득세법」 제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 해당 여부는 같은 법 시행령 제155조제17항에 따라 판단하는 것입니다.

    2. 생략

○ 부동산거래관리과-511, 2012.09.25.

    1. 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조제19항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 있는 것입니다.

    2. 이 경우 장기임대주택의 임대기간은 해당 주택에 대해 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보아 계산하는 것입니다.

○ 부동산거래관리과-1072, 2011.12.23.

「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 령 제19항 각 호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 령 제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다. 한편, 1세대가 거주주택 양도일 현재 해당 거주주택에서 거주하고 있지 않은 경우에도 위 특례 규정이 적용되는 것입니다

○ 서면인터넷방문상담4팀-2, 2006.01.03.

「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 입주권이라 함)는 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하며, 당해 입주권의 취득시기는 부동산을 분양 받을 수 있는 권리가 확정되는 날로 하는 것으로서 이는 주택재개발사업의 경우 관리처분계획인가일, 주택재건축사업의 경우 사업시행인가일(구 사업계획승인일 포함)이 되는 것이나, 2005. 5.31. 이후에 ⁠「도시 및 주거환경정비법」제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가를 받는 분부터는 주택재개발·재건축사업 모두 관리처분계획의 인가일(지방자치단체의 공보에 고시한 날을 말함)이 되는 것입니다.

출처 : 국세청 2014. 03. 14. 부동산납세과-144 | 국세법령정보시스템