산업단지조성용 토지 양도시 법인세 추가납부 여부 판단

요지

토지를 취득한 법인이 산업단지개발 실시계획승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 준공인가 받은 후 양도하는 경우 토지 취득일 기준으로「법인세법」부칙 제4조의 "토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례"여부를 판단하는 것임

답변내용

내국법인이 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 기간 중 비사업용 토지를 양도하는 경우에는「법인세법」제55조의2(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제1항제3호에 따라 토지 등 양도소득에 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것임
내국법인이 토지를 취득하여「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따라 지방자치단체장으로부터 산업단지개발 실시계획승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 같은 법 제37조에 따라 준공인가를 받은 후 양도하는 경우, 최초 토지 취득일 기준으로「법인세법」(2009.5.21. 법률 제9673호로 개정된 것) 부칙 제4조의 "토지 등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례"여부를 판단하는 것임

1. 사실관계

 ○ ⁠(주)000(이하 "회사")는 산업단지 개발사업을 진행하던 ⁠(주)000로부터 울산시 남구 일원의 임야 등 토지를 매입하는 계약을 2007.11.14. 체결하고 2008.8.12. 잔금을 지급하였으며

  - 회사는 해당 토지에 대하여 산업단지 개발사업을 위한 공장부지 조성공사를 완료하고 2010.6.24. 관할 기관인 울산시로부터 공장부지 조성공사 준공인가 필증을 교부 받음

 ○ 회사는 조선업의 장기불황에 따라 2012.12.3. 조성된 공장부지의 양도계약을 체결하고 2013.1.11. 잔금을 수령함

2. 질의내용

 ○공장부지로 활용할 토지를 매입하여 산업단지개발사업을 시행하는 법인이 관할관청으로부터 산업단지개발사업 준공인가를 받은 후 양도하는 경우

  - 준공인가일을 자산취득일로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하지 않아도 되는 것인지 여부

   *2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 부동산을 양도하는 경우 양도시기에 관계없이 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부하지 않아도 됨

3. 관련 법령

○ 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】(2014.1.1. 개정전)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

 가. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

 나. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

 다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

 2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

 가. ｢지방세법｣이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

 나. ｢지방세법｣ 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

 1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할·통합으로 인하여 발생하는 소득

 3. ｢도시 및 주거환경정비법｣이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

⑤ 제1항 및 제4항에서 "미등기 토지등"이란 토지등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지등을 말한다. 다만, 장기할부 조건으로 취득한 토지등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지등의 취득등기가 불가능한 토지등이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 토지등은 제외한다.

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.

⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

○ 법인세법 부칙(2009.5.21, 법률 제9673호로 개정된 것)

   제4조(토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례) 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】

   법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

 나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

 2. 토지를 취득한 후 ｢문화재보호법｣에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

 3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

② 법 제55조의2제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 제92조의3의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

 1. ｢민사집행법｣에 따른 경매에 따라 양도된 토지 : 최초의 경매기일

 2. ｢국세징수법｣에 따른 공매에 따라 양도된 토지 : 공매일

 3. 그 밖에 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 날

③ 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

 1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

 2. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지

 3. 법 제55조의2제2항제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

 4. ｢사립학교법｣에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

 5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

 5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

○ 지방세법 제106조【과세대상의 구분 등】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

 3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

 다. 제13조제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

 라. ｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣ 제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

 마. 가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지

○ 지방세법 시행령 제102조【분리과세대상 토지의 범위】

⑤ 법 제106조제1항제3호마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만, 제1호 및 제37호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.

18. ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣ 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지

출처 : 국세청 2014. 04. 08. 법규법인2014-48 | 국세법령정보시스템