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도시 및 주거환경정비법 제48조에 따라 인가받은 사업시행자가 관할 구청으로부터 도시환경정비사업 시행인가를 받으면서 그 인가 조건에 따라 지하공공보도시설을 설치 완료한 후 해당 구청에 기부채납하는 경우 시설물 공사와 관련한 매입세액 중 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 것임
도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 의하여 인가받은 관리처분계획에 따라 건축물을 건설하여 공급하는자(이하“사업시행자”라 함)가 관할 구청으로부터 도시환경정비사업 시행인가를 받으면서 그 인가 조건에 따라 사업시행자의 부담으로 지하공공보도시설(이하“해당 시설물”이라 함)을 설치 완료한 후 해당 구청에 기부채납하는 경우 해당 시설물 공사와 관련한 매입세액 중 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제39조제1항에 따라 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임
1. 사실관계
○ 갑사(이하 “신청인”이라 함)는 서울시 소재 부지 상에서 시행하고 있는 도시환경정비사업 시행을 위해 201×년 ××월 26일에 설립된 프로젝트금융투자회사로
- ××동 일대에 업무시설(오피스텔)을 신축하여 분양 매각 예정임
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××지구 도시환경정비사업 시행인가 내용 - 사업명칭 : ××구역 ××지구 도시환경정비사업 - 사업위치 : ××동 일대 - 시행면적 : ×,×××㎡ - 사업시행자 : 갑사 - 사업시행인가일 : 201×.×.11. - 건축계획 : 업무시설 |
○ 신청인은 20××년 12월 건축시설 및 정비기반시설(도로, 공원, 지하도로) 설치에 관한 사업시행인가신청을 하였으며, 20××년 2월 15일 ××구청으로부터 인가를 받음
○ ××구청은 상기 사업시행인가조건으로 준공인가 전까지 ××구역에 대한 공공시설(공원, 지하도로)을 인접 사업시행지구들과 공동분담하여 설치할 것을 명시하였고
- 상기 지하공공보도시설은 20××년 ××월 13일 서울시에서 고시한 ‘××구역 도시환경 정비사업’에 고시된 것임
○ 이에 따라 신청인은 20××년 8월 인접 5개 지구와 ××구역 도시환경정비사업 지하공간개발협의체를 구성, 지하공공보도 사업시행인가를 신청하여 20××년 ××월 27일 ××구청으로부터 ‘××역 지하공공보도 및 지구간 지하보행로’ 인가를 득하였고
- 지하보도사업시행인가에 기재된 시행면적에는 건축물 연결부분이 포함되어 있지 않으며
- 시공 예정인 건축물과 지하공공보도와의 연결부분은 건축물의 일부로 기부채납하지 아니함
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××구역 정비기반시설 사업시행인가 조건 주요 내용 - 사업 자금조달은 공사비 및 관련 업무 증액분을 포함하여 사업시행자 전액 부담(2호) - 각 지구의 분담비율에 따라 시설물 완공시까지 정산해야 할 것이며, 지구별 준공인가 신청 전까지 사업비(부가가치세 포함)를 ××구청에 전액 현금 예치(제3,4호) - 인접지구가 사업시행주관사로써 선 시행 가능(제5호) - 지하공공보도 설치완료 후 시설물 일체를 ××구에 무상귀속 및 일체 사용수익행위 금지(제11호) |
○ 상기 사업시행인가 ‘××구역 정비기반시설 사업시행인가 조건’ 제5호에 조속한 사업준공을 위하여 인접부지(××지구)에서 사업을 선 시행 할 수 있도록 하였으며, 이 조항을 근거로 20××년 ××월 21일 신청인은 사업주관사로서 ××구청으로부터 선 시행에 대한 허가를 득하고
-지하공공보도시설 사업시행주관사로써 ××주식회사와 20××년 ××월 공사도급계약을 체결함
○ 지하공공보도시설은 ××역에서부터 ××까지 지하보도를 개설하는 것이며 해당 시설물로부터 각 지구별 건축물로 지하진입연결통로가 개설될 예정임
- 지하공공보도 설치완료 후 시설물 일체를 ××구청에 무상귀속 시키는 조건으로
- 지하공공보도시설과 관련하여 지급한 비용에 대하여는 신축할 업무시설의 취득가액에 포함 예정임(재고자산으로 회계 처리)
2. 신청내용
○ 도시환경정비사업 시행인가 조건에 따라 사업시행자가 사업시행자의 부담으로 지하공공보도시설을 설치 완료한 후
- 관할 구청에 기부채납하는 경우 해당 시설공사와 관련한 매입세액이 매출세액에서 공제하는 매입세액에 해당하는지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】
① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】
① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
3. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】
법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액