요지
재단법인인 종교단체와 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지나 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세가 과세되는 것이며 매수자가 개인, 법인 또는 종교단체를 불구하고 양도소득세가 과세되며 감면 등은 적용되지 않는 것임
회신
1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지나 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세가 과세되는 것이며 (같은 뜻, 서면인터넷방문상담5팀-849, 2008.04.22)
2. 귀 질의의 경우 매수자가 개인, 법인 또는 종교단체를 불구하고 양도소득세가 과세되며 감면 등은 적용되지 않는 것입니다.
【관련 참고자료】
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
-과천시 부림동에 교회로 사용하던 교회명의 부동산을 양도할 예정
○ 질의내용
교회소유 부동산을 개인 또는 법인이나 종교단체에 매각시 양도소득세 납세의무와 감면대상여부
2. 질의내용에 대한 자료
○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】
① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.
② 「도시개발법」 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】
① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22. 개정)
3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정)
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정)
⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (1994. 12. 22. 개정)
⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)
○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】
① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)
1. 단체의 명칭 (1994. 12. 31. 개정)
2. 주사무소의 소재지 (1994. 12. 31. 개정)
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (1994. 12. 31. 개정)
4. 고유사업 (1994. 12. 31. 개정)
5. 재산상황 (1994. 12. 31. 개정)
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (1994. 12. 31. 개정)
7. 기타 필요한 사항 (1994. 12. 31. 개정)
② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)
③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조 제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」 제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 5. 31. 개정)
④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정)
○ 서면4팀-1170, 2007.04.10
【질의】
(내용)
- 서울시 ○○구 ○○ 소재의 교회 건물을 신도가 경매로 낙찰(경매가 7천여만원) 받은 후 교회에 현물로 증여를 하여 ○○교회 명의로 등기이전을 하였고, 토지 소유주가 당해 교회부지를 매도하려고 해서 교회건물도 같이 양도할 예정임.
- 교회건물은 등기이전후 1년 경과 하였음.
(질의)
- 상기와 같을 경우 교회에게 양도소득세 납세의무가 발생하는지 여부
- 건물을 경매받은 금액의 취득가액 인정여부 및 양도차익 계산방법
- 종교단체의 경우 양도소득세 비과세 요건은 무엇인지
【회신】
1.공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임.
2. 2007.1.1. 이후 양도하는 자산의 양도가액은 소득세법 제96조 제1항 규정에 의하여 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의하여 신고하는 것이며, 이 경우 증여를 원인으로 취득하는 부동산의 취득가액은 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액(시가)을 취득당시의 실지거래가액으로 보는 것임.
○ 서면5팀-2251, 2007.08.04
【질의】
(사실관계)
- 서울 ○○구에 소재하는 ○○교회는 예배용 토지와 건물(시가 80억원)을 소유하고 있는바, 문화관광부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙과 민법 제31조 및 제77조에 따라 개교회의 명의로 등기하고 종교목적에 사용한 위 부동산 전부를 기독교 ○○○유지재단(종교법인)에 증여 등기를 함.
- 위 부동산을 증여등기 후 만 2년 경과하여 양도하고 양도대금은 3년 내에 종교용부동산을 취득할 것임.
(질의내용)
문1) 기독교 ○○○유지재단에 지방세가 과세되는지.
문2) 만인 개교회(○○교회)가 ○○○유지재단에 증여등기하지 아니하고 양도하였다면 어떤 세금이 과세되는지.
문3) 담임목사의 명의로 등기 한다면 증여세 또는 부동산실명제과징금이 부과되는지.
【회신】
1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임.
2. 소득세법상 양도소득세가 과세되는 자산의 양도라 함은 「소득세법」 제88조의 규정에 따라 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것으로, 수용 또는 협의 매수를 원인으로 국가에 이전되는 경우를 포함하는 것임.
3. 귀 질의의 교회가 개인(거주자)에 해당하는지는 교회의 조직구조, 운영형태 등을 종합하여 사실판단 할 사항이며, 지방세에 관한 사항은 관할지방자치단체의 문의하기 바람.
출처 :
국세청 2012. 02. 09. 부동산거래관리과-85 | 국세법령정보시스템
