요지

현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 압축기장충당금으로 손금에 산입한 법인이 현물출자일로부터 3년이 경과한 후 피출자법인을 최초로 적격합병 하는 경우 기존의 압축기장충당금 잔액은 출자법인이 합병 시 승계하는 자산 중 최초 현물출자한 자산의 일시상각충당금(감가상각자산이 아닌 경우 압축기장충당금)으로 대체하는 것임

회신

｢법인세법｣ 제47조의2제1항에 따라 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 압축기장충당금으로 손금에 산입한 법인이 현물출자일로부터 3년이 경과한 후 피출자법인을 최초로 적격합병 하는 경우 기존의 압축기장충당금 잔액은 같은 법 시행령(2017.02.03. 대통령령 제27828호로 개정된 것) 제84조의2제6항제1호 단서에 따라 출자법인이 합병 시 승계하는 자산 중 최초 현물출자한 자산의 일시상각충당금(감가상각자산이 아닌 경우 압축기장충당금)으로 대체하는 것임

1. 사실관계

 ○A법인은 자회사의 지분을 보유한 지주회사로 자회사 등에 대한 지원 및 관리를 주요사업으로 영위하는 법인임

 ○A법인은 자체적으로 등록한 도메인 및 상표권(이하 ⁠‘상표권’)을 ’12년 자회사에 000억원의 가액으로 적격현물출자하면서 자회사의 주식을 추가로 취득하였으며

  -현물출자 전 해당 상표권은 자가창설 무형자산(장부가액 0원)이므로 현물출자 가액인 000억원 전액을 회계상 처분이익으로 계상한 후 취득한 자회사 주식에 대해 압축기장충당금을 설정하여 양도차익 전액을 과세이연함

  -이후 A법인은 현재까지 몇 차례에 걸쳐 자회사의 주식 일부를 매각하였고, 사후관리 규정에 따라 압축기장충당금 중 주식처분 비율에 상당하는 00억원을 환입하여 익금으로 계상함

 ○상기 상황에서 A법인이 자회사를 적격흡수합병^*(’17.2.3.이후)하면서 이미 보유하고 있는 자회사 지분에 대해 신주를 발행하지 않고, 자회사 지분가치의 00%에 대해서만 신주를 발행할 예정임

   * 적격현물출자이후 3년이 경과한 후의 적격합병임

2. 질의요지

 ○ 자회사에 자산을 적격현물출자하고 자회사의 주식에 대해 압축기장충당금을 설정한 후 3년이 경과한 후 자회사를 적격합병함에 따라 당초 현물출자한 자산을 승계하는 경우

  - 자회사의 주식에 계상한 압축기장충당금 잔액에 대한 세무처리 방법

3. 관련 법령

 ○법인세법 제47조의2【현물출자 시 과세특례】

 ① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우 그 현물출자로 취득한 현물출자를 받은 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다.

  1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것

  2. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것

  3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 특수관계인이 아닐 것

  4. 출자법인 및 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자(이하 이 조에서 "출자법인등"이라 한다)가 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

  5. 삭제

 ② 출자법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 다만, 피출자법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 출자법인이 피출자법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

  2.피출자법인이 출자법인등으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 피출자법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 출자법인에 알려야 한다.

 ③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 출자법인은 현물출자일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

  1.피출자법인이 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 폐지하는 경우

  2. 출자법인등이 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손금산입 대상 양도차익의 계산, 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 현물출자 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제84조의2【현물출자로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】(2017.02.03. 대통령령 제27828호로 개정된 것)

 ① 법 제47조의2제1항에 따라 출자법인이 손금에 산입하는 금액은 피출자법인으로부터 취득한 주식등(이하 이 조에서 "피출자법인주식등"이라 한다)의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다.

 ② 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 피출자법인주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 ③ 법 제47조의2제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1호와 제2호를 더한 비율에서 제1호와 제2호를 곱한 비율을 뺀 비율을 직전 사업연도 종료일(현물출자일이 속하는 사업연도의 경우에는 현물출자일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 현재 피출자법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 곱한 금액을 말한다.

  1. 출자법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조의2제1항에 따라 취득한 피출자법인의 주식등의 장부가액에서 해당 사업연도에 같은 조 제2항제1호에 따라 처분한 피출자법인의 주식등의 장부가액이 차지하는 비율

  2. 피출자법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조의2제1항에 따라 출자법인등으로부터 승계받은 제4항에 해당하는 자산(이하 이 조에서 "승계자산"이라 한다)의 양도차익(현물출자일 현재 승계자산의 시가에서 현물출자일 전날 출자법인등이 보유한 승계자산의 장부가액을 차감한 금액을 말한다)에서 해당 사업연도에 처분한 승계자산의 양도차익이 차지하는 비율

 ④ 법 제47조의2제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 감가상각자산(제24조제3항제1호의 자산을 포함한다), 토지 및 주식등을 말한다.

 ⑤ 법 제47조의2제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "피출자법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 출자법인 또는 피출자법인이 최초로 적격구조조정에 따라 주식을 처분하거나 승계받은 사업을 폐지하는 경우를 말한다.

 ⑥ 출자법인이 제5항에 따라 법 제47조의2제2항 단서를 적용받는 경우 해당 출자법인이 보유한 피출자법인주식등의 압축기장충당금은 다음 각 호의 방법으로 대체한다.

  1.피출자법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 제3항제2호의 비율[비율을 산정할 때 처분한 승계자산은 적격구조조정으로 피출자법인으로부터 피출자법인의 자산을 승계하는 법인(이하 이 조에서 "자산승계법인"이라 한다)에 처분한 승계자산에 해당하는 것을 말한다]을 곱한 금액을 출자법인 또는 피출자법인이 새로 취득하는 자산승계법인의 주식등(이하 이 조에서 "자산승계법인주식등"이라 한다)의 압축기장충당금으로 할 것. 다만, 자산승계법인이 출자법인인 경우에는 피출자법인주식등의 압축기장충당금 잔액을 출자법인이 승계하는 자산 중 최초 현물출자 당시 양도차익이 발생한 자산의 양도차익에 비례하여 안분계산한 후 그 금액을 해당 자산이 감가상각자산인 경우 그 자산의 일시상각충당금으로, 해당 자산이 감가상각자산이 아닌 경우 그 자산의 압축기장충당금으로 한다.

  2.피출자법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 제3항제1호의 비율[비율을 산정할 때 처분한 주식은 적격구조조정으로 출자법인으로부터 피출자법인주식등을 승계하는 법인(이하 이 조에서 "주식승계법인"이라 한다)에 처분한 피출자법인주식등에 해당하는 것을 말한다]을 곱한 금액을 주식승계법인이 승계한 피출자법인주식등의 압축기장충당금으로 할 것

 ⑦ ∼⑩ ⁠(생략)

 ⑪ 법 제47조의2제1항 각 호 외의 부분 단서 및 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제47조의2제1항제4호 또는 제3항제2호와 관련된 경우: 출자법인등이 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  2. 법 제47조의2제1항제2호 또는 제3항제1호와 관련된 경우: 피출자법인이 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ⑫ 법 제47조의2제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제84조의2【현물출자로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】(2017.02.03. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)

 ① ∼ ④ ⁠(생략)

 ⑤ 법 제47조의2제2항 단서에서 "피출자법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  1. 피출자법인이 최초로 적격분할(분할합병을 제외한다)하는 경우

  2.피출자법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 최초로 출자법인에 적격합병되는 경우

  가. 피출자법인은 출자법인의 단독 출자에 따라 설립된 완전자회사일 것

  나.피출자법인이 출자법인으로부터 승계받은 사업을 계속하였고, 출자받은 자산의 80퍼센트 이상을 보유하고 있을 것

  다.현물출자 이후 출자법인이 피출자법인으로부터 받은 주식등을 처분한 사실이 없을 것

  라. 출자법인이 피출자법인에 현물출자한 날로부터 3년 이내일 것

  (이하생략)

출처 : 국세청 2020. 05. 28. 서면-2020-법령해석법인-1245[법령해석과-1598] | 국세법령정보시스템