요지

공익법인이 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 주무관청이란 공익사업을 허가하거나 검사ㆍ감독하는 행정관청을 뜻하는 것임

회신

귀 질의1의 경우 ⁠「상속세 및 증여세법」제16조 제3항 제1호를 적용함에있어 내국법인의 주식등을 출연받는 공익법인이 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 주무관청이란 공익사업을 허가하거나 검사ㆍ감독하는 행정관청을 말하는 것입니다.
귀 질의2의 경우 ⁠「상속세 및 증여세법」제16조 제3항 제1호를 적용함에 있어 주무관청의 인정을 받았는지 여부는 주무관청의 공적인 견해가 표명된 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 것을 말하는 것으로 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

○질의법인은 장애인의 치료, 재활 및 자립을 목적으로 보건복지부의 허가를 받아 설립된 재단법인으로

- 어린이재활병원 등을 운영 중에 있고, 발달장애청년의 자립을 위한 일자리사업으로 ⁠‘◯◯◯소셜팜’ 사업*을 추진중임

○소셜팜사업과 관련하여 온실을 지을 농지가 필요한 상황이나, 농업법인이 아닌 질의법인이 농지를 직접 보유할 수가 없어

- 농지를 소유한 ⁠‘농업법인 □□□소셜팜’ ⁠(◯◯◯소셜팜과는 다른 단체임)의 지분 68%를 출연받을 예정임

2. 질의내용

○(질의1)공익법인이 내국법인의 주식을 5%를 초과하여 출연받음에 있어 ⁠‘공익법인의 목적사업의 효율적인 수행을 위해 해당 주식 취득이 필요한지 여부’를 인정하는 주무관청의 범위

○(질의2)주무관청으로부터 인정의 방법 및 그에 대한 증빙

3. 관련법령

○ 상속세및증여세법 제16조【공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】

① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

1. 주식등: 다음 각 목의 주식등

가. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

 나. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

 다. 상속인 및 그의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 비율: 100분의 5. 다만, 제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)으로서 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조에 따른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 출연하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 비율

  가. 다음의 요건을 모두 갖춘 성실공익법인등에 출연하는 경우: 100분의 20

   1) 출연받은 주식등의 의결권을 행사하지 아니할 것

   2) 자선ㆍ장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것

  나. 가목 외의 경우: 100분의 10

③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 내국법인의 발행주식총수등의 제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에도 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

 1. 제49조제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 공익법인등으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등에 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 주무관청이 공익법인등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우

 2. 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등(공익법인등이 설립된 날부터 3개월 이내에 주식등을 출연받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 성실공익법인등이 되는 경우를 포함한다)에 발행주식총수등의 제2항제2호 각 목에 따른 비율을 초과하여 출연하는 경우로서 해당 성실공익법인등이 초과보유일부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 매각(주식등의 출연자 또는 그의 특수관계인에게 매각하는 경우는 제외한다)하는 경우

3. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식등을 출연하는 경우

(이하생략)

○ 상속세및증여세법 제48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

(이하생략)

○ 정부조직법 제38조 【보건복지부】

① 보건복지부장관은 생활보호·자활지원·사회보장·아동(영·유아 보육을 포함한다)·노인·장애인·보건위생·의정(醫政) 및 약정(藥政)에 관한 사무를 관장한다.

(이하생략)

4. 관련예규

○ 재산세과-578, 2011.11.30.

「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제1호에 규정하는 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인 등에 대하여 같은 법 제48조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제38조 제2항 단서의 규정을 적용함에 있어서 주무관청은 문화체육관광부임

○ 재삼46014-1783, 1997.07.21.

상속세및제3항의 규정에서 주무부장관이라함은 공익사업을 허가하거나 감사ㆍ감독하는 주무관청을 말함.

○ 부동산거래관리과-354, 2012.07.05.

1. 거주자의 양도차익을 계산할 때 필요경비로 보는 자본적 지출 이란 자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 「소득세법 시행령」 제67조제2항을 준용하여 계산한 금액을 포함하는 것입니다.

2. 이 경우 재해 등으로 인하여 건물・기계・설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구비용 및 발코니 새시 설치비용 등으로서 객관적인 증빙서류 등에 의하여 실제로 지출된 사실이 확인되는 경우에는 자본적 지출액으로 공제받을 수 있는 것입니다

출처 : 국세청 2020. 11. 30. 서면-2020-법인-5407[법인세과-4259] | 국세법령정보시스템