요지

주거지역에 편입된 토지를 상속받은 후 양도하는 경우 ⁠「조세특례제한법」 제69조에 따른 감면대상 소득금액이 없는 것임

답변내용

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 주거지역에 편입된 토지를 상속받은 후 해당 토지가 공익사업에 협의매수되고, 그 보상가액이 주거지역 편입 이전에 고시된 기준시가를 기준으로 산정된 경우로서 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제7항에 따른 계산식의 분모와 분자가 모두 음수가 되는 경우에는 같은 법 제69조에 따른 감면대상 소득금액이 없는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 부친으로부터 2014.5.6. 상속받은 토지가 공익사업으로 인해 LH에 공공용지 협의취득 원인으로 2018.9.3. 소유권 이전됨

 ○ 해당 공익사업은 2006.6. 주민공람공고가 있었고, 2008.4.30. 사업인정고시가 있었으며, 2009.12. 해당 지역이 개발제한구역에서 주거지역 등으로 용도변경 되었음

 ○ 보상가액은 주민공람공고가 있기 전인 2006.1.1. 기준의 공시지가를 기준으로 산정되었음

 ○ 주거지역 편입일까지의 양도소득금액 계산을 위해 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제7항의 계산식 적용 시 계산식 분모･분자 모두 음수로 계산됨

2. 질의내용

 ○ 공익사업에 따른 사업인정고시 및 주거지역 편입이 순차로 이루어진 토지를 상속받은 다음, 해당 토지가 공익사업에 협의매수된 경우로서

  - ｢조세특례제한법｣ 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면소득금액을 같은 법 시행령 제66조 제7항의 계산식에 의하여 계산 시 계산식 분모와 분자가 모두 음수인 경우 감면소득금액 산정방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2017.12.26. 법률 제15309호로 개정된 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

①법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 ⁠「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

 1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

 3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

 다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

 2.「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 ⁠「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

 1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

 2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

 1.「택지개발촉진법」 제3조에 따라 지정된 택지개발지구

 2.「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조ㆍ제7조ㆍ제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지

 3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역

○조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위등】

③ 영 제66조제4항제1호가목 및 제67조제8항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 한다. 다만, ⁠「택지개발촉진법」에 따른 택지개발사업 또는 ⁠「주택법」에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

④ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 ⁠「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 ⁠「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

⑥ 영 제66조제7항 단서 및 제67조제7항 단서에 따른 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가는 보상금 산정 당시 해당 토지의 개별공시지가로 한다.

⑦ 영 제66조제12항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.

 1. 「공공주택 특별법」 제6조에 따라 지정된 공공주택지구

 2. 「도시 및 주거환경정비법」 제16조에 따라 지정·고시된 정비구역

 3. 「신항만건설 촉진법」 제5조에 따라 지정된 신항만건설 예정지역

 4. 「도시개발법」 제3조 및 제9조에 따라 지정·고시된 도시개발구역

 5. ⁠「철도건설법」제9조에 따라 철도건설사업실시계획 승인을 받은 지역

 6. 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 다른 법률에 따라 예정지구 또는 실시계획 승인을 받은 지역 등 해당 공익사업으로 인하여 해당 주민이 직접적인 행위제한(건축물의 건축, 토지의 형질변경·분할 등)을 받는 지역

○조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위등】(2009.04.07. 기획재정부령 제70호로 개정된 것)

⑥ 영 제66조제12항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.

 1.「국민임대주택건설 등에 관한 특별조치법」제5조에 따라 지정된 국민임대주택단지예정지구

 2.「도시 및 주거환경정비법」제4조에 따라 지정된 정비구역

 3.「신항만건설촉진법」제5조에 따라 지정된 신항만건설예정지역

 4.「도시개발법」제9조에 따라 지정된 도시개발구역

 5.「철도건설법」제9조에 따라 철도건설사업실시계획 승인을 받은 지역

 6. 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 다른 법률에 따라 예정지구 또는 실시계획 승인을 받은 지역 등 해당 공익사업으로 인해 해당 주민이 직접적인 행위제한(건축물의 건축, 토지의 형질변경ㆍ분할 등)을 받는 지역

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 6. "가격시점"이란 제67조제1항에 따른 보상액 산정(算定)의 기준이 되는 시점을 말한다.

 7. "사업인정"이란 공익사업을 토지등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제67조【보상액의 가격시점 등】

① 보상액의 산정은 협의에 의한 경우에는 협의 성립 당시의 가격을, 재결에 의한 경우에는 수용 또는 사용의 재결 당시의 가격을 기준으로 한다.

② 보상액을 산정할 경우에 해당 공익사업으로 인하여 토지등의 가격이 변동되었을 때에는 이를 고려하지 아니한다.

○공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제70조【취득하는 토지의 보상】

① 협의나 재결에 의하여 취득하는 토지에 대하여는 ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 공시지가를 기준으로 하여 보상하되, 그 공시기준일부터 가격시점까지의 관계 법령에 따른 그 토지의 이용계획, 해당 공익사업으로 인한 지가의 영향을 받지 아니하는 지역의 대통령령으로 정하는 지가변동률, 생산자물가상승률(「한국은행법」 제86조에 따라 한국은행이 조사ㆍ발표하는 생산자물가지수에 따라 산정된 비율을 말한다)과 그 밖에 그 토지의 위치ㆍ형상ㆍ환경ㆍ이용상황 등을 고려하여 평가한 적정가격으로 보상하여야 한다.

② 토지에 대한 보상액은 가격시점에서의 현실적인 이용상황과 일반적인 이용방법에 의한 객관적 상황을 고려하여 산정하되, 일시적인 이용상황과 토지소유자나 관계인이 갖는 주관적 가치 및 특별한 용도에 사용할 것을 전제로 한 경우 등은 고려하지 아니한다.

③ 사업인정 전 협의에 의한 취득의 경우에 제1항에 따른 공시지가는 해당 토지의 가격시점 당시 공시된 공시지가 중 가격시점과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가로 한다.

④ 사업인정 후의 취득의 경우에 제1항에 따른 공시지가는 사업인정고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서, 해당 토지에 관한 협의의 성립 또는 재결 당시 공시된 공시지가 중 그 사업인정고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가로 한다.

⑤ 제3항 및 제4항에도 불구하고 공익사업의 계획 또는 시행이 공고되거나 고시됨으로 인하여 취득하여야 할 토지의 가격이 변동되었다고 인정되는 경우에는 제1항에 따른 공시지가는 해당 공고일 또는 고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서 그 토지의 가격시점 당시 공시된 공시지가 중 그 공익사업의 공고일 또는 고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가로 한다.

출처 : 국세청 2019. 05. 08. 사전-2018-법령해석재산-0721[법령해석과-1151] | 국세법령정보시스템