요지

톤세제도 및 미환류세제를 적용받는 내국법인이, 해운소득과 비해운소득을 공동재원으로 하여 투자자산을 취득한 경우, 조특칙§45의10⑦ 계산식에서 분모의 ｢해운소득｣ 부분의 의미?
➠ ⁠‘선박표준이익’으로 계산한 금액으로 해석함이 타당

답변내용

｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제45조의10 제7항의 계산식에서 분모의 ⁠“해운소득 및 비해운소득과 관련한 해당 사업연도의 전체 각 사업연도의 소득”이란, 같은 법 제104조의10 제1항 제1호에 따라 계산한 금액과 비해운소득과 관련한 ｢법인세법｣ 제14조에 따른 각 사업연도의 소득의 합계액을 의미하는 것임

1. 사실관계

 ○신청법인은 해운업을 영위하는 법인으로, 조특법§104의10에 따른 톤세제도를 적용하고 있음

 ○신청법인은, 조특법§100의32에 따른 미환류세제 적용대상이며, 투자포함방식을 선택하여 미환류세제를 적용하고 있음

2. 질의요지

 ○톤세제도 및 미환류세제를 적용받는 내국법인이, 해운소득과 비해운소득을 공동재원으로 하여 투자자산을 취득한 경우

  - 미환류소득을 산정함에 있어, 기업소득에서 공제되는 투자합계액을 규정한 조특칙§45의10⑦ 계산식에서 분모의 ｢해운소득｣의 의미

3. 관련 법령

○ 조특법 제100조의32【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】

① 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인이 제2항제1호가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여「법인세법」제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 1. 해당 사업연도[2025년 12월 31일이 속하는 사업연도까지(제6항을 적용할 때에는 2027년 12월 31일이 속하는 사업연도까지)를 말한다]의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법

  가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액

○ 조특령 제100조의32【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】

⑥ 법 제100조의32제2항제1호가목에서 "기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

 1. 국내사업장에서 사용하기 위하여 새로이 취득하는 사업용 자산(중고품 및 제3조에 따른 금융리스 외의 리스자산은 제외하며, 법 제104조의10에 따라 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례를 적용받는 내국법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 자산으로 한정한다)으로서 다음 각 목의 자산. 다만, 가목의 자산(해당 사업연도 이전에 취득한 자산을 포함한다)에 대한「법인세법 시행령」제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함하되, 같은 조 제4항ㆍ제6항에 따라 해당 사업연도에 즉시상각된 분은 제외한다.

  가. 다음의 사업용 유형고정자산

   1) 기계 및 장치, 공구, 기구 및 비품, 차량 및 운반구, 선박 및 항공기, 그 밖에 이와 유사한 사업용 유형고정자산

   2) 기획재정부령으로 정하는 신축ㆍ증축하는 업무용 건축물

○ 조특칙 제45조의10【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】

⑦ 영 제100조의32제6항제1호 각 목 외의 부분 본문에서 "기획재정부령으로 정하는 자산"이란 법 제104조의10제1항제2호에 따른 비해운소득을 재원으로 취득한 자산을 말한다. 이 경우 법 제104조의10제1항제1호에 따른 해운소득과 공동재원으로 취득한 자산의 투자합계액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

○ 조특법 제104조의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

① 내국법인 중「해운법」상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세과세표준은 2029년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

 1. 외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대해서는「법인세법」제13조부터 제54조까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

 2. 해운소득 외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대해서는 ⁠「법인세법」제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액

② 제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.

③ 제1항을 적용할 때 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 합산하지 아니하며, 해운소득에 대해서는 이 법,「국세기본법」및 조약과 제3조제1항 각 호에 규정된 법률에 따른 비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.

○ 조특령 제104조의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

② 법 제104조의10제1항제1호에서 "외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득"이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)을 말한다.

 1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한「해운법」제2조제4호에 따른 용대선(傭貸船)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

 2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동

   가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동

   나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 기획재정부령이 정하는 활동

   다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동

   라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동

   마. 선박의 매각과 관련된 활동. ⁠(단서생략)

   바. 단일운송계약에 의한 기획재정부령이 정하는 복합운송활동

   사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 기획재정부령이 정하는 활동

 3. ⁠(생략)

○ 법인세법 제13조【과세표준】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. ⁠(단서생략)

 1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

 2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

 3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

○ 법인세법 제14조【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 한다.

출처 : 국세청 2025. 07. 21. 사전-2025-법규법인-0426[법규과-1633] | 국세법령정보시스템