요지

직전 사업연도 법인세 기준으로 중간예납하는 경우 사실과 다른 회계처리에 대한 경정세액 공제를 적용할 수 없는 것임

회신

｢법인세법｣ 제63조의2 제1항 제1호에 따라 직전 사업연도 산출세액을 기준으로 중간예납하는 경우에는 같은 법 제58조의 3의 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액 공제를 적용할 수 없는 것입니다.

1. 질의내용

○직전 사업연도 법인세 기준으로 중간예납하는 경우 사실과 다른 회계처리에 대한 경정세액이 공제 가능한지 여부

2. 사실관계

○질의법인은 2010∼2015년 귀속분 법인세 및 2012∼2014년 귀속분 농어촌특별세에 대해 경정청구하였고,

  - 2010년 귀속분 법인세를 제외한 나머지 경정청구가 사실과 다른 회계처리로 인한 경정으로 인용되었음

  - ｢법인세법｣ 제58의3에 따라 과다납부한 세액을 환급하지 아니하고 이후 사업연도 법인세액에서 공제하고 있음

 ○질의법인은 법인세 중간예납 신고시 직전 사업연도 법인세 기준으로 신고하고자 하나

  -법인세 중간예납 신고납부계산서에는 자기계산기준으로 신고할 경우에만 사실과 다른 회계처리 경정세액을 기재할 수 있음

3. 관련법령

○ 법인세법 제58조의3 【사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제】

 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 사실과 다른 회계처리를 하여 과세표준 및 세액을 과다하게 계상함으로써 ⁠「국세기본법」 제45조의2에 따라 경정을 청구하여 경정을 받은 경우에는 과다 납부한 세액을 환급하지 아니하고 그 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도의 법인세액에서 과다 납부한 세액을 공제한다. 이 경우 각 사업연도별로 공제하는 금액은 과다 납부한 세액의 100분의 20을 한도로 하고, 공제 후 남아 있는 과다 납부한 세액은 이후 사업연도에 이월하여 공제한다.

  1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제159조에 따른 사업보고서 및 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제23조에 따른 감사보고서를 제출할 때 수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상할 것

  2. 내국법인, 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받을 것

 ② 제1항을 적용할 때 내국법인이 해당 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 ⁠「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항에 따른 과다 납부한 세액을 과다 납부한 세액의 100분의 20을 한도로 먼저 공제하여야 한다.

 ③ 제1항 및 제2항에 따라 과다 납부한 세액을 공제받은 내국법인으로서 과다 납부한 세액이 남아있는 내국법인이 해산하는 경우에는 다음 각 호에 따른다.

  1. 합병 또는 분할에 따라 해산하는 경우: 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방 법인을 포함한다)이 남아 있는 과다 납부한 세액을 승계하여 제1항에 따라 세액공제한다.

  2. 제1호 외의 방법에 따라 해산하는 경우: 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 남아 있는 과다 납부한 세액에서 제77조에 따른 청산소득에 대한 법인세 납부세액을 빼고 남은 금액을 즉시 환급하여야 한다.

 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 세액공제와 관련한 구체적인 방법, 절차 및 공제 후 남아 있는 과다 납부한 세액의 이월공제 방법 등은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제95조의3【사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제】

 ② 법 제58조의3을 적용할 때 동일한 사업연도에 같은 조 제1항 본문에 따른 경정청구의 사유 외에 다른 경정청구의 사유가 있는 경우에는 다음의 산식에 따라 계산한 금액을 그 공제세액으로 한다.

　 과다납부한 세액 × ⁠(법 제58조의3제1항에 따른 사실과 다른 회계처리로 인하여 과다계상한 과세표준 ÷ 과다계상한 과세표준의 합계액)

○ 법인세법 제63조 【중간예납의무】

 ① 사업연도의 기간이 6개월을 초과하는 내국법인은 각 사업연도(합병이나 분할에 의하지 아니하고 새로 설립된 법인의 최초 사업연도는 제외한다) 중 중간예납기간(中間豫納期間)에 대한 법인세액(이하 "중간예납세액"이라 한다)을 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인은 중간예납세액을 납부할 의무가 없다.

  1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

   가. 「고등교육법」 제3조에 따른 사립학교를 경영하는 학교법인

   나. ⁠「국립대학법인 서울대학교 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 서울대학교

   다. ⁠「국립대학법인 인천대학교 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 인천대학교

   라. ⁠「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

  2. 직전 사업연도의 중소기업으로서 제63조의2제1항제1호의 계산식에 따라 계산한 금액이 30만원 미만인 내국법인

 ② 제1항의 중간예납기간은 해당 사업연도의 개시일부터 6개월이 되는 날까지로 한다.

 ③ 내국법인은 중간예납기간이 지난 날부터 2개월 이내에 중간예납세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행(그 대리점을 포함한다) 또는 체신관서(이하 "납세지 관할 세무서등"이라 한다)에 납부하여야 한다.

○ 법인세법 제63조의2 【중간예납세액의 계산】

 ① 중간예납세액은 다음 각 호의 어느 하나의 방법을 선택하여 계산한다.

  1. 직전 사업연도의 산출세액을 기준으로 하는 방법

     중간예납세액 = ⁠(A-B-C-D) × 6 / E

   A:해당 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세로서 확정된 산출세액(가산세를 포함하고, 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 ｢조세특례제한법｣ 제100조의32에 따른 투자･상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다.)

   B:해당 사업연도의 직전 사업연도에 감면된 법인세액(소득에서 공제되는 금액은 제외한다)

   C:해당 사업연도의 직전 사업연도에 법인세로서 납부한 원천징수세액

   D:해당 사업연도의 직전 사업연도에 법인세로서 납부한 수시부과세액

   E:직전 사업연도 개월 수, 이 경우 개월 수는 역에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다.

  2. 해당 중간예납기간의 법인세액을 기준으로 하는 방법

    중간예납세액 = ⁠(A-B-C-D)

   A:해당 중간예납기간을 1사업연도로 보고 제2장제1절에 따라 계산한 과세표준에 제55조를 적용하여 산출한 법인세액

   B:해당 중간예납기간에 감면된 법인세액(소득에서 공제되는 금액은 제외한다)

   C:해당 중간예납기간에 법인세로서 납부한 원천징수세액

   D:해당 중간예납기간에 법인세로서 부과한 수시부과세액

○ 법인세법 시행령 제100조 【중간예납】

 ① 법 제63조의2제1항제1호에 따른 중간예납세액을 납부하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 법인세 중간예납신고납부계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ② 법 제63조의2제1항제2호에 따른 중간예납세액을 납부하는 때에는 기획재정부령으로 정하는 법인세 중간예납신고납부계산서에 법 제60조제2항 각 호의 서류(이익잉여금처분계산서 또는 결손금처리계산서는 제외한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 납부에 있어서는 제101조제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

○ 법인세법 기본통칙 63의2-0…2【 감면세액의 범위 】

  법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 ⁠‘감면된 법인세액’에는 다음 각 호의 감면세액을 포함하는 것으로 한다.

  1. 외국납부세액 공제액

  2. 세법 이외의 법률의 규정에 의한 감면세액

4. 관련사례

○ 부가22601-1436, 1992.09.18.

부가가치세 신고서는 부가가치세법 시행규칙 제20조의 규정에 의하여 제정된 서식이므로 부가가치세신고는 당해 서식에 의하여야만 합니다.

○ 법인세과-214, 2010.03.11.

 고유목적사업준비금을 설정 할 수 없는 법인으로 보는 단체가 법인세법 제62조제1항에서 정한 이자소득만 있는 경우 같은 법 시행규칙 제82조제1항 각 호에서 정한 서식에 의하여 법인세 과세표준 신고를 할 수 있는 것임

○ 법인22601-128, 1988.01.19.

 중간예납기간의 납부세액을 계산함에 있어 공제감면세액을 계산하는 경우 감면세액 상당액에는 재해손실에 대한 세액공제액을 포함하는 것임

○ 법인22601-2049, 1987.07.30.

 조세감면규제법 제72조의 규정에 의한 임시투자세액공제액이 동법 제88조 제3항의 규정에 의한 한도액을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 상당하는 금액을 조세감면규제법 제89조의 규정에 의하여 당해 사업년도의 다음 사업년도의 개시일로부터 4년 이내에 종료하는 사업년도에 이월하여 공제하며, 법인세법 제30조 제4항의 규정에 의한 중간예납시에도 공제할 수 있는 것임.

출처 : 국세청 2020. 11. 17. 서면-2020-법인-3548[법인세과-4106] | 국세법령정보시스템