요지

수상운송업 중 예선업을 주업으로 하는 중소기업이 취득하는 예인선과 관련하여 ⁠「조세특례제한법」제5조제1항제1호 및 같은 법 제130조제1항 적용시 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 해당하는지 여부는 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 판단하는 것임

회신

수상운송업 중 예선업을 주업으로 하는 중소기업이 취득하는 예인선과 관련하여 ⁠「조세특례제한법」제5조제1항제1호 및 같은 법 제130조제1항 적용시 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 해당하는지 여부는 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 판단하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 1965.3월 설립되어 수상운송업 중 예선업을 영위하는 회사로서,

  - 본사는 서울에 소재하며 부산항으로 예선업을 등록 및 지정되어 부산항에서 예선업을 수행하고 있는 중소기업임

○질의법인은 2017년 1월과 2018년 2월에 각각 1척의 예인선을 신규 건조하여 취득하였으며, 2017년 취득은 대체투자(대체선박 즉시 매각)이고, 2018년 취득은 증설투자(대체선박 없이 신규 증설)에 해당함

2. 질의내용

 ○서울에 본점을 두고 수도권과밀억제권역 밖의 부산지방해양수산청에 예선업 등록을 한 중소기업이

  - 2018년에 신규 예인선을 취득한 경우 중소기업 등 투자세액공제 가능 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제5조 【중소기업 등 투자 세액공제】(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것)

 ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 항, 제2항, 제4항, 제8조의3제3항 및 제25조에서 "중견기업"이라 한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중견기업이 「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역 내에 투자하는 경우에는 100분의 1, 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 100분의 2)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 "사업용자산"이라 한다)

  2. ⁠「유통산업발전법」에 따른 판매시점 정보관리 시스템설비(이하 "판매시점 정보관리 시스템설비"라 한다)

  3. ⁠「국가정보화 기본법」 제3조제6호에 따른 정보보호시스템에 사용되는 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "정보보호 시스템설비"라 한다)

 ②~⑦ ⁠(생 략)

○ 조세특례제한법 시행령 제4조 【중소기업 등 투자 세액공제】(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것)

 ① ⁠(생략)

 ② 법 제5조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 제조업 등 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산 중 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 말한다.

 ③~⑤ ⁠(생략)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제3조 【사업용자산의 범위】

 ① 영 제4조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

   1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산(토지와 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산은 제외한다)

   2. 운수업을 주된 사업으로 하는 중소기업(영 제2조제1항에 따른 중소기업을 말한다. 이하 이 조에서 "중소기업"이라 한다)이 해당 사업에 주로 사용하는 차량 및 운반구(「개별소비세법」 제1조제2항제3호에 따른 자동차로서 자가용인 것을 제외한다)와 선박

   3. 어업을 주된 사업으로 하는 중소기업이 해당 사업에 주로 사용하는 선박

   4. 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접 사용하는 소프트웨어. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소프트웨어는 제외한다.

    가. 인사, 급여, 회계 및 재무 등 지원업무에 사용하는 소프트웨어

    나. 문서, 도표 및 발표용 자료 작성 등 일반 사무에 사용하는 소프트웨어

    다. 컴퓨터 등의 구동을 위한 기본 운영체제(Operating System) 소프트웨어

  ② 제1항에 따른 사업용자산에는 운휴중에 있는 것을 제외한다.

○ 조세특례제한법 제130조 【수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제】

 ① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년이후중소기업등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(대통령령으로 정하는 디지털방송장비 및 대통령령으로 정하는 정보통신장비는 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제5조제1항제1호ㆍ제2호, 제25조제1항제5호(라목, 바목 및 아목은 제외하며, 1990년 이후 중소기업등이 투자한 경우만 해당한다)ㆍ제6호(다목은 제외한다) 및 제25조의5를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ② 중소기업이 아닌 자가 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령으로 정하는 디지털방송장비 및 대통령령으로 정하는 정보통신장비는 제외한다)에 대해서는 제25조제1항제5호(라목, 바목 및 아목은 제외한다)ㆍ제6호(다목은 제외한다) 및 제25조의5를 적용하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제124조 【수도권과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제 등】

 ① 법 제130조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 증설투자"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 투자를 말한다.

  1. 기획재정부령으로 정하는 공장인 사업장의 경우 : 사업용고정자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 해당 공장의 연면적이 증가되는 투자

  2. 제1호의 공장 외의 사업장인 경우 : 사업용고정자산을 새로 설치함으로써 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업용고정자산의 수량 또는 해당 사업장의 연면적이 증가되는 투자

  ②~④ ⁠(생 략)

4. 관련사례

○ 대법원2004두8231, 2005.10.07.

 제130조 제1항의 입법 취지가 수도권 안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제함으로써 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고 수도권 소재 기업의 지방이전을 촉진하고자 하는 데 있음에 비추어 볼 때, 위 조항에 규정된 '수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산'의 해석에 있어서, 건설업・운수업에서 사용되는 건설기계나 자동차 등과 같은 기계류의 경우에는 당해 고정자산인 기계류 자체가 수도권 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 안에 소재하는 경우를 의미한다고 함이 상당하다.

○ 기획재정부 조세특례제도과-302, 2010.03.29.

해상화물운송업에 사용되는 선박의 경우 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 임시투자세액공제율을 적용하는 것입니다

○ 법인세과-946 , 2011.11.28.

 수도권과밀억제권역 밖의 항만에 등록한 예인선의 임시투자세액공제 가능여부에 대해서는 법규과-1542(2011.11.22.)호에 따라 다음을 참고하시기 바랍니다.

◈ 재조특-302, 2010.03.29.

해상화물운송업에 사용되는 선박의 경우 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 임시투자세액공제율을 적용하는 것입니다.

○ 조심2009서1688, 2009.06.26.

청구법인은 모든 거래에 관련한 수주활동을 ○○○에서 총괄하고 매출처의 대부분이 ○○○에 소재하고 있는 점, 선적항에서 실제 수주활동 하는 등의 거래내역이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 점을 볼 때 청구법인이 취득한 쟁점선박이 수도권 밖에 있는 부산 및 울산항, 해외에서 사용된다 하더라도 그 업무를 주관하는 사업장인 본점소재지가 수도권과밀억제권역 안에 있는 경우에는 수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제규정을 적용하는 것이 타당함

○ 서면-2018-법인-1034, 2018.5.1.

 1. 귀 질의1의 경우, 해상화물운송업을 주업으로 하는 중소기업이 취득하는 선박과 관련하여「조세특례제한법」제5조제1항1제1호 및 동법 제130조제1항 적용시 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 해당하는지 여부는 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 판단하는 것입니다.

 2. 귀 질의2의 경우, 해상화물운송업을 주업으로 하는 중소기업이 새로 구입한 선박에 대해「조세특례제한법」제5조를 적용하는 경우 그 투자를 완료한 날이라 함은 당해 자산을 그 목적에 실제로 사용한 날을 의미하는 것이고, 동조에 따른 투자금액은 ⁠「법인세법」제72조에 따른 취득가액을 말하는 것입니다.

○ 수원지방법원-2018-구합-66266, 2018.11.15.

  임시투자세액공제에 관한 예외(배제 또는 축소) 조항의 입법 취지가 수도권과밀억제권역 안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제 또는 축소함으로써 산업시설과 기업활동이 수도권과밀억제권역으로 집중되는 것을 억제하고 수도권과밀억제권역 소재 기업의 지방이전을 촉진하고자 하는 데 있음에 비추어 볼 때, 건설업에서 사용되는 건설기계의 경우에는 해당 사업용자산인 기계류 자체가 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라 그 사업용자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 경우를 의미하는 것으로 위 예외 조항을 해석하는 것이 타당하다.

출처 : 국세청 2020. 10. 23. 서면-2019-법인-2379[법인세과-3770] | 국세법령정보시스템