요지

감염병 관리기관으로 지정된 병원 등을 운영하는 사업자가 ｢감염병예방법｣제70조에 따라 받는 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는 것임

회신

귀 질의의 경우, 기획재정부의 해석(기획재정부 소득세제과-415, 2023.5.15.)을 참고하시기 바랍니다.
기획재정부 소득세제과-415, 2023.5.15.

공통비용 중 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용 = 공통비용 × ⁠[기회비용분 손실보상금 ÷ ⁠(총수입금액 + 기회비용분 손실보상금)]. 끝.

 ○ 질의인은 ⁠‘□□□□요양병원’이라는 상호로 보건업을 영위하는 사업자로서, 위 병원이 코로나19 전담병원으로 지정되어 운영됨에 따라 발생하는 사업상의 손실 등을 사유로

  -보건복지부 산하기관인 ⁠‘코로나바이러스감염증-19중앙사고수습본부’로부터 안내(“코로나19 대응 의료기관에 대한 손실보상 개산급 지급계획 등 안내”)받은 사항에 따라 매달 손실보상금을 신청하고, 국가로부터 이를 수령하고 있음

[선별진료소 쟁점손실보상금 산출]

[전담병원 쟁점손실보상금 산출]

2. 질의내용

 ○ 감염병예방법에 따른 손실보상금 중 기회비용분 손실보상금에 대응하는 비용의 필요경비 산입여부

3. 관련법령 및 관련사례

○소득세법 제19조【사업소득】

  ①사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조제1항제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

  16. 보건업 및 사회복지서비스업(대통령령으로 정하는 사회복지사업은 제외한다)에서 발생하는 소득

  21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득

○소득세법 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

 ② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

 ③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 제33조【필요경비 불산입】

 ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

  1. 소득세(제57조에 따라 세액공제를 적용하는 경우의 외국소득세액을 포함한다)와 개인지방소득세

  2. 벌금ㆍ과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 해당하는 금액을 포함한다)와 과태료

  3. ⁠「국세징수법」이나 그 밖에 조세에 관한 법률에 따른 가산금과 강제징수비

  4. 조세에 관한 법률에 따른 징수의무의 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세액을 포함한다)

  5. 대통령령으로 정하는 가사(家事)의 경비와 이에 관련되는 경비

  6. 각 과세기간에 계상한 감가상각자산의 감가상각비로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 초과하는 금액

  7. 제39조제3항 단서 및 같은 조 제4항 각 호에 따른 자산을 제외한 자산의 평가차손

  8. 반출하였으나 판매하지 아니한 제품에 대한 개별소비세 또는 주세의 미납액. 다만, 제품가액에 그 세액 상당액을 더한 경우는 제외한다.

  9. 부가가치세의 매입세액. 다만, 부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액과 부가가치세 간이과세자가 납부한 부가가치세액은 제외한다.

  10. 차입금 중 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자

  11. 대통령령으로 정하는 채권자가 불분명한 차입금의 이자

  12. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금이나 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금

  13. 각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액

  14. 선급비용(先給費用)

  15. 업무와 관련하여 고의 또는 중대한 과실로 타인의 권리를 침해한 경우에 지급되는 손해배상금

 ② 제1항제5호ㆍ제10호ㆍ제11호 및 제13호가 동시에 적용되는 경우에는 대통령령으로 정하는 순서에 따라 적용한다.

 ③ 제1항에 따른 필요경비 불산입에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○소득세법 시행령 제55조【사업소득의 필요경비의 계산】

 ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

  6. 종업원의 급여

  7. 사업용 자산에 대한 비용

   가. 사업용 자산(그 사업에 속하는 일부 유휴시설을 포함한다)의 현상유지를 위한 수선비

   나. 관리비와 유지비

   다. 사업용 자산에 대한 임차료

   라. 사업용 자산의 손해보험료

○소득세법 시행령 제78조【업무와 관련 없는 지출】

법 제33조제1항제13호에서 "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비

  2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

  3. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득하기 위하여 차입한 금액에 대한 지급이자

  4. 사업자가 사업과 관련 없이 지출한 기업업무추진비

  4의2. 사업자가 공여한 ⁠「형법」에 따른 뇌물 또는 ⁠「국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법」상 뇌물에 해당하는 금전과 금전 외의 자산 및 경제적 이익의 합계액

  4의3. 사업자가 「노동조합 및 노동관계 조정법」 제24조제2항 및 제4항을 위반하여 지급하는 급여

  5. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2 및 제4호의3에 준하는 지출금으로서 기획재정부령으로 정하는 것

○소득세법 시행령 제119조【공통손익의 계산】

법 제59조의5제1항 또는 다른 법률에 따라 감면되는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 그 밖의 사업의 공통필요경비와 공통수입금액은 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분 계산하여야 한다.

○소득세법 시행규칙 제62조【공통손익의 계산과 구분경리】

 ① 법 및 「조세특례제한법」 제3조제1항에 따른 법률에 따라 소득세가 감면되는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 그 밖의 사업의 공통수입금액과 공통필요경비는 다음 각 호의 기준에 따라 구분하여 계산한다. 다만, 공통수입금액 또는 공통필요경비를 구분계산할 때 개별필요경비가 없거나 그 밖의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 이를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 그 공통필요경비의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간, 사용시간, 사용면적 등의 기준에 따라 안분계산한다.

  1. 감면사업과 그 밖의 사업의 공통수입금액은 해당 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.

  2. 감면사업과 그 밖의 사업의 업종이 같은 경우의 공통필요경비는 해당 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.

  3. 감면사업과 그 밖의 사업의 업종이 같지 아니한 경우의 공통필요경비는 감면사업과 그 밖의 사업의 개별 필요경비에 비례하여 안분계산한다.

 ② 법 및 「조세특례제한법」 제3조제1항에 따른 법률에 따른 경리의 구분은 각각의 해당 규정에 따라 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 총수입금액과 필요경비를 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 총수입금액과 필요경비는 그러하지 아니하다.

○감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조【감염병관리기관의 지정 등】

 ① 보건복지부장관, 질병관리청장 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 「의료법」 제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정하여야 한다.

 ② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 ⁠「의료법」에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다.

 ③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 "감염병관리기관"이라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진료하는 시설(이하 "감염병관리시설"이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다.

 ④ 보건복지부장관, 질병관리청장, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병관리시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다.

○감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조【손실보상】

 ① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.

  1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

  1의2. 제39조의3에 따른 감염병의심자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

  2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실

  3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실

  4. 제47조제1호, 제4호 및 제5호, 제48조제1항, 제49조제1항제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호, 제12호의2 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실

  5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 질병관리청장, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한 「국민건강보험법」 제42조에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실

 ② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다.

 ③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다.

 ④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조【손실보상의 대상 및 범위 등】

 ① 법 제70조제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다.

 ② 법 제70조의2제1항에 따른 손실보상심의위원회(이하 "심의위원회"라 한다)는 법 제70조제1항에 따라 손실보상액을 산정하기 위하여 필요한 경우에는 관계 분야의 전문기관이나 전문가로 하여금 손실 항목에 대한 감정, 평가 또는 조사 등을 하게 할 수 있다.

 ③ 심의위원회는 법 제70조제1항제1호부터 제3호까지의 손실에 대하여 보상금을 산정하는 경우에는 해당 의료기관의 연평균수입 및 영업이익 등을 고려하여야 한다.

출처 : 국세청 2023. 05. 16. 서면-2022-법규소득-5637[법규과-1260] | 국세법령정보시스템