요지

「조세특례제한법」제99조의2 제1항의 규정에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 같은 법 시행령 제99조의2 제11항의 방법에 따라 감면대상주택임을 확인받아 같은 법 시행령 제99조의2 제8항에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우만 해당 과세특례를 적용받을 수 있는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, ⁠「조세특례제한법」제99조의2 제1항의 규정에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 같은 법 시행령 제99조의2 제11항의 방법에 따라 감면대상주택임을 확인받아 같은 법 시행령 제99조의2 제8항에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우만 해당 과세특례를 적용받을 수 있는 것입니다.

1. 사실관계

○ ⁠‘13.11월 주택건설사업자와 부산시 부산진구 소재 A다세대주택건물(25세대,이하 ⁠“쟁점주택”)을 매매계약 체결

  - 조특령§99의2의 지방자치단체장으로부터 매매계약서 위에 ⁠“감면대상주택 확인 날인”을 받지 않았음

○ ⁠‘14.3월 쟁점주택 취득함

   ※ 질의자는 부동산매매업자가 아닌 자로 전제함

2. 질의내용

○ 14.2.21. 조특령§99의2①(3)가 개정됨에 따라 개정 조특령에 의해 비로소 감면대상이 된 신축주택[조특법§99의2①(3), 주택건설사업자가 공급한 30호미만의 주택]에 대하여 ⁠“감면대상주택 확인 절차(감면대상주택 확인 날인)”을 하지 않은 경우에 조특법§99의2 감면특례 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

᥵조세특례제한법(현행, 2014.1.1, 법률 제17460호로 개정된 것) 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

 ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

 ③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다.

 ④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.

 ⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

᥵조세특례제한법 시행령(2014.02.21,대통령령 25211호로 개정된 것) 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다.

  3. 주택건설사업자(30호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(「주택법」에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다)

 ⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑨ 사업주체등은 기획재정부령으로 정하는 신축주택등 현황(2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니한 것으로 한정한다)을 2013년 6월 30일까지 시장(특별자치시장과 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제17조제2항에 따른 행정시장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)・군수・구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다. 다만, 제1항제2호・제3호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)・제4호・제5호(2013년 4월 1일 이후 대물변제 받은 것으로 한정한다)・제6호・제7호 및 제9호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)에 해당하는 신축주택등 현황의 경우에는 사업주체등과 최초로 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 체결한 날이 속하는 달의 말일부터 1개월 이내에 제출하여야 한다.

 ⑩ 시장・군수・구청장은 제9항에 따라 제출받은 신축주택등 현황을 관리하여야 하며, 그 현황을 제출일이 속하는 분기의 말일부터 1개월 이내에 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑪ 사업주체등은 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장・군수・구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

 ⑫ 감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에 시장・군수・구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

 ⑬ 국토교통부장관은 감면대상기존주택임을 확인할 수 있는 자료를 전산망 등을 통하여 시장・군수・구청장에게 제공하여야 한다.

 ⑭ 제11항에 따라 매매계약서에 신축주택등임을 확인하는 날인을 요청받은 시장・군수・구청장은 제10항에 따른 신축주택등 현황 및 「주택법」 제16조에 따른 사업계획승인신청서류 등에 따라 신축주택등임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

 ⑮ 제12항에 따라 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장・군수・구청장은 제13항에 따라 국토교통부장관이 제공하는 자료(제3항에서 규정하는 1세대 1주택자 여부에 대한 판정 자료를 말한다), 매매계약서 및 ⁠「주민등록법」에 따른 주민등록표(주민등록전산정보자료를 포함한다)를 통하여 감면대상기존주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다.

 ⑯ 시장・군수・구청장과 사업주체등은 각각 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장 및 감면대상기존주택 확인대장을 2014년 4월 30일까지 정보처리장치・전산테이프 또는 디스켓・디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 ⑰ 제16항에 따른 전자매체 자료를 제출받은 주택 소재지 관할세무서장은 해당 자료를 기록・보관하여야 한다.

 ⑱ 신축주택등 및 감면대상기존주택의 확인 절차 등 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

᥵조세특례제한법 시행령(2014.02.21,대통령령 25211호로 개정되기 이전의 것) 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다.

  3. 주택건설사업자(20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(「주택법」에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다)

 ⑫ 감면대상기존주택 양도자는 감면대상기존주택의 매매계약을 체결한 날부터 30일 이내에 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

 ⑯ 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 사업주체등은 각각 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장 및 감면대상기존주택 확인대장을 2014년 3월 31일까지 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓ㆍ디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

출처 : 국세청 2020. 11. 20. 서면-2019-법령해석재산-2267[법령해석과-3791] | 국세법령정보시스템