요지

조세특례제한법 제97조의4에 따른 장기임대주택의 임대기간 계산은 소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자등록을 한 후 임대하는 날부터 계산하는 것임

회신

귀 서면질의 신청의 경우 우리 청의 기존 회신사례(부동산거래관리과-371, 2012.07.16.)를 참고하시기 바랍니다.
○ 부동산거래관리과-371, 2012.07.16.
 ⁠「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택의 임대기간 계산은  ⁠「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용하는 것입니다, 이 경우 해당 주택에 대해 ⁠「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보는 것입니다.

※ 관련참고자료

1. 사실관계

  - 1995.10.29. 甲의 父는 본인 소유의 서울 강남구 역삼동 A대지(460.2㎡)를 기타토지임대업으로 세무서에 사업자등록

  - 1999.11.17. A대지의 사업자등록 주업종 정정(서비스 주차장)

  - 2003.05.22. 甲의 父는 배우자인 乙과 자녀인 甲에게 A대지를 각각 50% 증여

  - 2004.01.01. A대지에 대한 사업자등록의 대표자를 甲과 乙의 공동사업자(지분율 각각 50%)로 변경

  - 2009.04.29. A대지의 사업자등록 주업종 정정(부동산 건물신축판매)

  - 2009.05.12. A대지의 사업자등록 주업종 정정(부동산 임대_과세)

  - 2010.04.30. 甲과 乙은 A대지에 B건물(甲 50%, 乙 50%)

준공

 - 2010.05.27. 甲과 乙은 B건물을 관할구청에 주택임대사업자등록

               (세무서 사업자 면세업종 추가하지 않음)

  - 甲과 乙은 관할구청에 주택임대사업자 등록 후 A대지에 대한 사업자등록번호를 사용하여 B건물의 상가 및 주택임대 수입에 대하여 과세‧면세 구분하여 현재까지 부가가치세 신고

2. 질의내용

○ ⁠「부가가치세법」제8조에 따라 사업자등록을 한 경우라도 주택임대업 업종을 추가하지 않은 경우 ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 보아「조세특례제한법」제97조의4 적용가능 여부

3. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

  ① 거주자 또는 비거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택, 「공공주택 특별법」 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

    (표생략)

 ② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다.

 ③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 생략

 ② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

 ③ 생략

○ 소득세법 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

 ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

 ② ⁠「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

 ③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는「부가가치세법」 제8조를 준용한다.

 ⑤ 사업장 소재지나 법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체의 소재지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 고유번호를 매길 수 있다.

   1. 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자

   2.「비영리민간단체 지원법」에 따라 등록된 단체 등 과세자료의 효율적 처리 및 소득공제 사후 검증 등을 위하여 필요하다고 인정되는 자

○ 부가가치세법 제8조【사업자등록】

  ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

   (이하생략)

○ 부가가치세법 시행령 제14조【사업자등록 사항의 변경】

 ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.

    1. 상호를 변경하는 경우

    2. 법인 또는 「국세기본법」 제13조제1항 및 제2항에 따라 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 기획재정부령으로 정하는 단체가 대표자를 변경하는 경우

    3. 기획재정부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우

(이하 생략)

○ 부가가치세법 시행규칙 제13조【사업 종류의 변동기준】

  영 제14조제1항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우"란 다음 각 호의 사유가 발생한 경우를 말한다.

   1. 사업의 종류를 완전히 다른 종류로 변경한 경우

   2. 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류 중 일부를 폐지한 경우

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-371, 2012.07.16.

[요 지]

 다주택 중과 배제 대상인 장기임대주택의 임대기간은 해당 주택에 대해 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 봄

[답 변]

 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택의 임대기간 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용하는 것입니다, 이 경우 해당 주택에 대해 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 ⁠「임대주택법」 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보는 것입니다.

○ 부가가치세과-119, 2014.02.17.

[ 요 지 ]

 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 「부가가치세법 시행령」 제14조제1항의 규정을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출한 때에는 같은 법 제8조에 따른 사업자등록을 한 것으로 보는 것이며, 면세사업에 해당하는 업종은 당해 면세규정을 계속 적용 받을 수 있는 것임

[답 변]

 「소득세법」 제168조에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 「부가가치세법 시행령」 제14조제1항의 규정을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출한 때에는 같은 법 제8조 및 같은 법 시행령 제11조 제1항에 따른 사업자등록을 한 것으로 보는 것으로서, 귀 질의의 경우 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 되는 것이며, 면세사업에 해당하는 업종은 당해 면세규정을 계속 적용 받을 수 있는 것입니다.

○ 서일46011-11497, 2003.10.22.

 [답 변]

부동산임대업을 영위하는 사업자가 의료업을 추가로 영위하는 경우에는 사업자등록을 정정하여야 하며, 부가가치세 과세․면세사업 겸업자가 면세분에 대한 수입금액을 부가가치세신고서에 기재하여 신고를 하는 경우에는 수입금액검토표를 제출하여야 합니다.

출처 : 국세청 2019. 04. 09. 서면-2019-부동산-1090[부동산납세과-362] | 국세법령정보시스템