요지

농협경제지주회사의 자회사가 그 고유의 목적사업으로서 회원에게 유통사업 관련 전산용역을 공급하는 경우 정부업무대행단체의 면세사업에 해당함

회신

농협경제지주회사의 자회사가 그 고유의 목적사업으로서 ｢농업협동조합법｣ 제161조의4제1항 및 같은 법 시행령 제45조의4에 따라 유통사업 관련 전산용역을 같은 법 제115조의 회원에게 공급하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제106조제1항제6호, 같은 법 시행령 제106조제7항제5호 및 같은 법 시행규칙 별표10 제5호에 따라 부가가치세가 면제되는 것임

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 농협 유통사업 활성화를 위해 농업협동조합중앙회(이하 ⁠“농협중앙회”)로부터 물적분할 설립되었다가 농협경제지주회사에 편입(농협중앙회 지분이 농협경제지주회사로 이관)되어 현재 농협경제지주회사의 100% 자회사임

 ○ 종전에는 농협중앙회가 전산시스템을 구축‧운영하며 회원에게 전산용역을 공급하였으나 최근 신청법인이 별도의 유통 전산시스템을 신규로 구축하여 이를 운영하며 중앙회 회원으로부터 이용료를 받을 예정임

 ○ 질의법인 정관상 질의법인이 수행하는 사업의 종류는 다음과 같음

2. 질의내용

 ○ 농협경제지주회사의 자회사가 회원들에게 유통사업에 필요한 전산용역을 공급하고 이용료를 받는 경우 부가가치세 면제 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

   6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

  ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

   5. ｢농업협동조합법｣에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다)

  ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

   1. 소매업‧음식점업‧숙박업‧욕탕업 및 예식장업

   2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조제2항에 규정된 사업

   3. 부동산임대업

   4. 골프장‧스키장 및 기타 운동시설 운영업

   5. 수상오락서비스업

   6. 유원지‧테마파크운영업

   7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

  ① 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표10【정부업무대행단체의 면세사업】

○ 부가가치세법 시행령 제40조【면세하는 금융‧보험 용역의 범위】

  ④ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용역은 법 제26조제1항제11호에 따른 금융‧보험 용역으로 보지 아니한다.

   1. 복권, 입장권, 상품권, 지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역. 다만, 수익증권 등 금융업자의 금융상품 판매대행용역, 유가증권의 명의개서 대행용역, 수납‧지급 대행용역 및 국가‧지방자치단체의 금고대행용역은 제외한다.

   2. 기업합병 또는 기업매수의 중개‧주선‧대리, 신용정보서비스 및 은행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매‧대여 용역

○ 농업협동조합법 제115조【회원】

  ① 중앙회는 지역조합, 품목조합 및 제138조에 따른 품목조합연합회를 회원으로 한다.

○ 농업협동조합법 제134조【사업】

  ① 중앙회는 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다. 다만, 제2호 및 제3호의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업은 농협경제지주회사 및 그 자회사가 수행하고, 제4호의2의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 금융사업과 관련된 사업은 농협금융지주회사 및 그 자회사가 수행한다.

   1. 교육·지원 사업

    라. 회원과 그 조합원의 사업 및 생활의 개선을 위한 정보망의 구축, 정보화 교육 및 보급 등을 위한 사업

    카. 제159조의2에 따른 명칭 사용의 관리 및 운영

   2. 농업경제사업

    가. 회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등의 사업

    나. 회원과 출자법인의 경제사업의 조성, 지원 및 지도

    다. 인삼 경작의 지도, 인삼류 제조 및 검사

    라. 산지 유통의 활성화 및 구조개선 사업

   3. 축산경제사업

    가. 회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등의 사업

    나. 회원과 출자법인의 경제사업의 조성, 지원 및 지도

    다. 가축의 개량·증식·방역 및 진료에 관한 사업

    라. 산지 유통의 활성화 및 구조개선 사업

   8. 제1호부터 제7호까지의 사업과 관련되는 부대사업

○ 농업협동조합법 제161조의2【농협경제지주회사】

  ① 중앙회는 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업과 같은 항 제5호부터 제9호까지의 사업 중 농업경제와 축산경제에 관련된 사업 및 그 부대사업을 분리하여 농협경제지주회사를 설립한다. 이 경우 사업의 분리는 ｢상법｣ 제530조의12에 따른 회사의 분할로 보고, 사업의 분리 절차는 같은 법 제530조의3제1항, 제2항 및 제4항, 제530조의4부터 제530조의7까지, 제530조의9부터 제530조의11까지의 규정을 준용하되, 같은 법 제530조의3에 따라 준용되는 같은 법 제434조 중 "출석한 주주의 의결권의 3분의2 이상의 수와 발행주식 총수의 3분의 1 이상의 수"는 "대의원 과반수의 출석과 출석한 대의원 3분의 2 이상의 찬성"으로 본다.

  ② 농협경제지주회사는 농업경제와 축산경제와 관련된 사업 및 그 부대사업을 전문적이고 효율적으로 수행함으로써 시장 경쟁력을 제고하고, 농업인과 조합의 경제활동을 지원함으로써 그 경제적 지위의 향상을 촉진하며, 농업인과 조합원의 이익에 기여하여야 한다.

○ 농업협동조합법 제161조의4【농협경제지주회사의 사업】

  ① 농협경제지주회사 및 그 자회사는 다음 각 호의 업무를 수행한다.

   1. 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업

   2. 제134조제1항제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업 및 그 부대사업

  ② 농협경제지주회사 및 그 자회사가 제1항제1호 및 제2호의 사업 중 대통령령으로 정하는 사업을 수행하는 경우에는 농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 본다.

○ 농업협동조합법 시행령 제45조의4【농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 의제하는 사업】

  법 제161조의4제2항에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 별표 4의 사업을 말한다.

○ 농업협동조합법 시행령 별표4【농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 의제하는 사업】

   2. 법 제134조제1항제2호 및 제3호에 따른 사업 중 다음 각 목의 사업

    하. 회원과 그 조합원의 경제사업을 위한 정보망의 구축 및 보급 사업 ⁠(2017.12.28. 신설)

출처 : 국세청 2020. 11. 02. 서면-2020-법령해석부가-3811[법령해석과-3541] | 국세법령정보시스템