요지

2001.12.31.이전 주거지역으로 편입된 도농복합형태 시의 읍 소재 ⁠‘대지’ 위에 ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서의 신설·시행 이후 비로소 농지로 자경을 시작한 경우 동 단서가 적용되는 것임

답변내용

귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계의 경우, ⁠「기획재정부 조세법령운용과-937, 2021.11.02.」를 참고하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 조세법령운용과-937, 2021.11.02.
【질의】「조세특례제한법」제69조제1항 단서 시행일 전인 2001.12.31.이전 주거지역으로 편입된 도농복합형태 시의 읍 소재 ⁠‘대지’ 위에 ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서의 신설·시행 이후 비로소 농지로 자경을 시작한 경우, ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서 적용 여부
(제1안) ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서규정 시행 당시 농지가 아니더라도 종전규정* 적용됨
(제2안) ⁠「조세특례제한법」제69조제1항 단서규정 시행 당시 농지인 경우에만 종전규정* 적용됨
* 조세특례제한법§69, 법률제6538호로 개정되기 전의 것(현행 조세특례제한법§69①본문)
【회신】귀 질의의 경우 2안이 타당합니다.

1. 사실관계

○ ⁠‘95.2월 파주군 파주읍 소재 질의자의 모 소유의 토지(대지 1,313㎡)가 ⁠(구)도시계획법에 따라 주거지역으로 편입됨

  - 96.3월 파주군은 행정구역상 도농복합형태의 파주시로 변경됨

○ ⁠‘03.4월 질의자는 모로부터 모 소유의 토지를 상속받음

 ○ ⁠‘08.6월 모 소유의 토지는 각 660㎡와 653㎡(이하 ”쟁점 토지“)로 분할되어 그 중 660㎡는 수용됨

 ○ 08.8월부터 질의자는 쟁점 토지를 농지로 8년 이상 자경함

  - 인근지역 문산읍 임진나루길 93-11에 거주

○ ⁠‘20.7월 쟁점 토지 양도

2. 질의내용

○ 조특법§69①단서 시행일 전인 2001.12.31.이전 주거지역으로 편입된 도농복합형태 시의 읍 소재 ⁠‘대지’ 위에 ⁠「조특법」§69①단서의 신설·시행 이후 비로소 농지로 자경을 시작한 경우, ⁠「조특법」§69①의 단서 적용 여부

3. 관련법령 및 관련사례

□ 조세특례제한법(현행, 2020.6.9, 법률 제17460호 개정된 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 ⁠「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.  

□ 조세특례제한법 시행령 제66조(현행, 2020.10.07,대통령령 제31086호로 개정된 것)【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 ⁠「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

     가.~나. ⁠(생략)

⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 ⁠「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

□ 조세특례제한법 시행규칙(현행, 2020.6.15., 부령 제795호 개정된 것) 제27조 【농지의 범위등】

① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

□ 조세특례제한법(2001.12.29, 법률 제6538호로 개정된 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

□ 조세특례제한법(2001.12.29., 법률 제6538호로 개정되기 이전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(非課稅·減免 및 少額不徵收의 대상이 되는 土地를 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.  

 1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자

 2. 농업생산을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인 또는 영농조합법인

□ 조세특례제한법 시행령(2001.9.29, 대통령령 제17367호로 개정된 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

 1. 양도일 현재 특별시・광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도・농복합형태의 시의 읍・면지역을 제외한다)에 있는 농지중 도시계획법에 의한 주거지역・상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역・상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

    가. ~ 나. ⁠(생략)

□ 지방자치법(2018.12.24,법률제16057호로 개정된 것) 제3조 【지방자치단체의 법인격과 관할】

④ 제7조제2항에 따라 설치된 시에는 도시의 형태를 갖춘 지역에는 동을, 그 밖의 지역에는 읍ㆍ면을 두되, 자치구가 아닌 구를 둘 경우에는 그 구에 읍ㆍ면ㆍ동을 둘 수 있다.

□경기도파주시등5개도농복합형태의시설치등에관한법률(시행 1996.12.06.,법률 제4994호로 제정된 것) 제1조【목적】 이 법은 경기도 파주군등 5개의 군을 개편하여 지방자치법 제7조제2항의 규정에 의한 경기도 파주시등 5개의 도농복합형태의 시를 설치함으로써 그 지역에 있어서 주민생활의 편의를 증진하고 그 지역의 발전을 도모함을 목적으로 한다.

□경기도파주시등5개도농복합형태의시설치등에관한법률(시행 1996.12.06.,법률 제4994호로 제정된 것) 제2조【경기도 파주시등의 설치】

 ① 경기도의 파주군·리천군 및 용인군을 각각 폐지한다.

 ② 경기도에 파주시·리천시 및 룡인시를 각각 다음과 같이 설치한다.

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     | 시의 명칭 | 관 할 구 역 |

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     | 파 주 시 | 제1항의 규정에 의하여 폐지되는 경기도 파주군 일원 |

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     | 이 천 시 | 제1항의 규정에 의하여 폐지되는 경기도 리천군 일원 |

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     | 룡 인 시 | 제1항의 규정에 의하여 폐지되는 경기도 용인군 일원 |

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출처 : 국세청 2021. 11. 11. 사전-2020-법령해석재산-0837[법령해석과-3942] | 국세법령정보시스템