요지

주무관청의 허가를 받은 비영리법인이 그 고유목적사업을 위하여 실비로 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이나, 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임

회신

귀 서면질의 신청의 경우,「민법」제32조 및 ⁠「과학기술정보통신부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 과학기술정보통신부장관으로부터 법인설립허가를 받은 단체가 공동출연연구기관의 시설운용 및 유지관리, 보안관리, 미화업무 등 용역을 제공하고 대가를 받는 경우 해당 용역이 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에 해당하는 때에는 ⁠「부가가치세법」제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.
다만, 해당 단체가 ⁠「부가가치세법 시행규칙」제34조제1항에 따른 사업을 하는 단체에 해당하는지, 실비에 해당하는지 여부는 관련 사실을 종합적으로 고려하여 판단할 사항입니다.

 질의요지

  ○ ⁠(재)△△△△관리단 등이 공동출연연구기관의 시설관리, 미화, 조리 등 용역을 공급하고 그 대가로 용역비 상당 출연금을 받는 경우 부가가치세가 면제되는지 여부

 사실관계

○ ⁠(재)△△△△**관리단, ⁠(재)△△△△**관리단, ⁠(재)○○○**관리단(이하 ⁠“질의법인들”)은 ⁠‘정부출연기관(이하 ⁠“공동출연연구기관”)의 연구원시설 운용‧유지관리, 안전‧보안관리, 미화‧시설관리, 조리업무 등을 사업내용으로 하는 법인으로서

  - ⁠「민법」제32조 및 ⁠「과학기술정보통신부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 따라 과학기술정보통신부장관(이하 ⁠“과기부장관”)으로부터 허가받은 단체이며

  - 과기부장관으로부터 법인설립허가를 받은 내용은 다음과 같음

 ○ 질의법인들은 매년 사업계획‧예산안을 이사회 승인을 받아 과학기술정보통신부에 제출하고, 매분기 공동출연연구기관으로부터 용역제공에 실제로 드는 인건비 상당 출연금을 지원받고 있으며(정관 §13)

  - 매 회계연도의 결산상 잉여금은 이사회 의결을 거쳐 기본재산에 편입하거나 다음 회계연도에 이월하여 목적사업에 사용함(정관 §14‧§15)

 ○ 상기 사실관계 외 질의법인의 정관 주요내용은 다음과 같음

 관련법령

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

  법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

  1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조【종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】

 ① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조【공익법인등의 범위】

  법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

  1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

  2. ⁠「초·중등교육법」 및 ⁠「고등교육법」에 의한 학교, ⁠「유아교육법」에 따른 유치원을 설립·경영하는 사업

  3. ⁠「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

  4. ⁠「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업

  5~7. 삭제

  8. 「법인세법」 제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업

  9. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 「소득세법 시행령」 제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

 10. 「법인세법 시행령」 제39조제1항제2호다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.

  11. 삭제

○ 법인세법 시행령 제39조 【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】

 ① 법 제24조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "공익법인등"이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정·고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.

  바. 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 "「민법」상 비영리법인"이라 한다), 비영리외국법인, 「협동조합 기본법」 제85조에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 "사회적협동조합"이라 한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조제4항제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 "공공기관"이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

○ 민법 제32조【비영리법인의 설립과 허가】

  학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

○ 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률 제34조 【준용규정】

  연구기관 및 연구회에 관하여 이 법에 규정된 것을 제외하고는 ⁠「민법」중 재단법인에 관한 규정을 준용한다. 이 경우「민법」중 "주무관청"은 "과학기술정보통신부장관"으로 본다.

○ 과학기술정보통신부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조【설립허가】

 ① 주무관청은 비영리법인 설립허가 신청의 내용이 다음 각 호의 기준에 맞는 경우에만 그 설립을 허가할 수 있다.

  1. 비영리법인의 설립목적과 사업이 실현 가능할 것

  2. 목적사업을 할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어 있거나 확립될 수 있을 것

  3. 다른 법인과 같은 명칭이 아닐 것

 ② ⁠(생략)

 ③ 주무관청은 비영리법인의 설립허가를 할 때에는 필요한 조건을 붙일 수 있다.

출처 : 국세청 2021. 06. 24. 서면-2020-법령해석부가-4208[법령해석과-2223] | 국세법령정보시스템