요지

의약품 품질관리 개선시설인 냉동창고가 ⁠‘건축물 등 사업용 유형자산’ 등에 해당하는 경우 통합투자세액공제 대상에서 제외됨. 다만 건축물 등 사업용 유형자산에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임

회신

귀 서면질의의 경우, 기획재정부 해석(기획재정부 조세특례제도과-585, 2022.8.24.)을 참고하시기 바랍니다.
○기획재정부 조세특례제도과-585, 2022.8.24.
의약품 품질관리 개선시설인 냉동창고가 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 별표1의 ⁠‘건축물 등 사업용 유형자산’ 등에 해당하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제24조의 통합투자세액공제 대상에서 제외됩니다. 다만, 질의하신 냉동창고가 이에 해당하는지 여부는 투자하는 개별 자산별로 사실판단할 사항입니다. 끝.

1. 사실관계

 ○A법인은 바이오시밀러(biosimilar, 동등 생물의약품)를 개발하여 양산 후 판매하는 법인임

○A법인은 단백질 항체의약품 위탁생산공장 건설에 착공하였고, 해당 공장에 바이오의약품 변질 방지 목적으로 저온의 온도로 보관․유통하는 장소인 냉동창고를 설치할 예정임

2. 질의내용

 ○의약품 품질관리개선 시설인 냉동창고 투자가 통합투자세액공제 대상인지 여부

3. 관련법령

○조세특례제한법 제24조【통합투자세액공제】

 ①대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

  1. 공제대상 자산

   가.기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

   나.가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

○조세특례제한법 시행령 제21조【통합투자세액공제】

 ②법 제24조제1항제1호가목 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 토지와 건축물 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 말한다.

 ③법 제24조제1항제1호나목에서 "가목에 해당하지 않는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1.연구ㆍ시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전 또는 근로자복지 증진 등의 목적으로 사용되는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산

  2.운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산

○조세특례제한법 시행규칙 제12조【사업용자산의 범위 등】

 ①영 제21조제2항에서 "건축물 등 기획재정부령으로 정하는 자산"이란 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산을 말한다.

 ②영 제21조제3항제1호에서 "사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호에 해당하는 시설을 말한다.

  1.~ 5. ⁠(생략)

 ③영 제21조제3항제2호에서 "운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 구분에 따른 사업에 직접 사용하는 각 호의 시설을 말한다.

  1.~ 3. ⁠(생략)

  4.도매업ㆍ소매업ㆍ물류산업 : 별표 5에 따른 유통산업 합리화시설

  5. ~ 7. ⁠(생략)

○조세특례제한법 시행규칙 [별표 1]

○조세특례제한법 시행규칙 [별표 5]

○조세특례제한법 제25조의4【의약품 품질관리 개선시설투자에 대한 세액공제】(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것)

 ①내국인이 대통령령으로 정하는 의약품 품질관리 개선시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 6)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제25조제1항, 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

○조세특례제한법 시행령 제22조의8【의약품 품질관리 개선시설의 범위 등】(2021.2.17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것)

 ①법 제25조의4제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 의약품 품질관리 개선시설"이란 품질이 우수한 의약품을 제조 하거나 공급하기 위한 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.

○조세특례제한법 시행규칙 제13조의7【의약품 품질관리 개선시설의 범위】(2021.3.16. 기획재정부령 제831호로 개정되기 전의 것)

  영 제22조의8제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 별표 8의10에 따른 의약품 품질관리 개선시설(토지는 제외한다)로서 해당 사업에 직접 사용되는 것을 말한다.

○조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의10] ⁠(2021.3.16. 기획재정부령 제831호로 개정되기 전의 것)

○조세특례제한법 제130조【수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제】

 ①1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년이후중소기업등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제24조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우 및 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ②중소기업이 아닌 자가 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 제24조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사업용 고정자산을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○조세특례제한법 시행령 제124조【수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제 등】(2021.2.17. 대통령령 제31444호로 개정된 것) ⇒ 4호 신설

 ③법 제130조제1항 단서 및 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사업용 고정자산"이란 각각 다음 각 호의 자산을 말한다.

  1.디지털방송을 위한 프로그램의 제작ㆍ편집ㆍ송신 등에 사용하기 위하여 취득하는 방송장비

  2.｢전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정｣ 제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호부터 제3호까지 및 제5호에 따른 교환설비, 전송설비, 선로설비 및 정보처리설비

  3. 제21조제3항제1호에 해당하는 자산

  4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사업용 고정자산

○조세특례제한법 시행규칙 제54조【수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면 대상 사업용 고정자산의 범위】(2021.3.16. 기획 재정부령 제831호로 개정된 것) ⇒ 신설

  영 제124조제3항제4호에서 "그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사업용 고정자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업용 고정 자산을 말한다.

  1.제13조의10제3항 및 제4항 중 어느 하나에 해당하는 시설

  2.별표 11에 따른 의약품 품질관리 개선시설

○조세특례제한법 시행규칙 [별표 11]

출처 : 국세청 2022. 08. 29. 서면-2021-법규법인-3201[법규과-2484] | 국세법령정보시스템