요지

「농림수산업자신용보증법」에 따른 농림수산업자신용보증기금을 관리ㆍ운용하는 XX이 상호금융사업의 일환으로서 여유자금으로 창투조합 등을 통하여 벤처기업에 출자한 경우, 조특법 제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세)를 적용받아야 함

회신

귀 법인이 상호금융사업의 일환으로서 여유자금으로 창투조합 등을 통하여 벤처기업에 출자한 경우, 이는 조특법 제13조(중소기업 창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세)를 적용받아야 합니다.

1. 사실관계

○XX(이하 ⁠“질의법인”이라 함)은 수익사업과 비수익사업에 속하는 자산·부채 및 손익을 구분경리하고 있고, 자산·부채 및 손익을 일반회계와 특별회계로 구분하여 사업부문별 독립 채산제를 실시함

○질의법인에 농림수산업자 신용보증기금(이하 ⁠“기금”이라 함)이 설치되어 있고 질의법인의 회계와 기금의 회계는 구분하여 회계처리하고 있음

  - 질의법인과 기금은 각각 재무제표를 작성하여 각각 독립적으로 회계감사를 받고, 법인세 신고·납부도 각각 독립적으로 함

  - 질의법인에서는 상호금융사업의 일환으로서 여유자금으로 창투조합 등을 통하여 벤처 기업에 출자함

2. 질의내용

○질의법인이 창투조합 등을 통하여 벤처기업에 출자할 경우 조특법 제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세)와 조특법 제13조의 2(내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례) 중, 어떤 법조항을 적용해야 하는지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도 차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

4. 기금을 관리ㆍ운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인(이하 이 조에서 "기금운용법인등"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 법인이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

○ 조세특례제한법 시행령 제12조【주식양도차익 및 배당소득의 계산 등】

② 법 제13조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 법률에 따라 설립된 기금을 관리ㆍ운용하거나 법률에 따라 공제사업을 영위하는 법인으로서 기획재정부령으로 정하는 법인을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제8조의 2【기금운용법인 등의 범위】

 영 제12조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 법인"이란 「법인세법 시행규칙」 제56조의2제1항 및 제2항 각 호의 법인을 말한다.

○ 법인세법 시행규칙【기금운용법인 등】

1.「공무원연금법」에 따른 공무원연금관리공단

2.「사립학교교직원 연금법」에 따른 사립학교교직원연금관리공단

3.「국민체육진흥법」에 따른 서울올림픽기념국민체육진흥공단

4.「신용보증기금법」에 따른 신용보증기금

5.「기술신용보증기금법」에 따른 기술신용보증기금

6.「수출보험법」에 따른 한국수출보험공사

7.「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업중앙회

8.「농림수산업자신용보증법」에 따른 농림수산업자신용보증기금을 관리ㆍ운용하는 농업협동조합중앙회

9.「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사

10.「문화예술진흥법」에 따른 한국문화예술위원회

○ 조세특례제한법 제13조의2 【내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 대통령령으로 정하는 내국법인이 2022년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 주식 또는 출자지분 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다.

1. 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제249조의23에 따른 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구(이하 "창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구"라 한다) 또는 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

○ 조세특례제한법 시행령 제12조의2【내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제13조의2제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 내국법인"이란 다음 각 호의 자를 제외한 내국법인을 말한다.

1. 법 제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사

2. 법 제13조제1항제2호에 따른 신기술사업금융업자

3. 법 제13조제1항제3호 각 목 외의 부분에 따른 벤처기업출자유한회사

4. 법 제13조제1항제4호에 따른 기금운용법인등

○ 농림수산업자 신용보증법 제4조【농림수산업자 신용보증기금】

① 농림수산업자등의 신용을 보증하기 위하여 농업협동조합중앙회에 농림수산업자 신용보증기금(이하 "기금"이라 한다)을 설치한다.

○ 농림수산업자 신용보증법 제5조【관리기관】

① 기금의 운용에 관한 업무나 그 밖에 이 법에 따른 신용보증에 관한 업무는 농업협동조합중앙회에서 취급한다.

② 제1항에 따라 보증업무를 취급하는 기관(이하 "관리기관"이라 한다)은 기금의 회계와 그 기관의 다른 회계를 구분하여 회계처리하여야 한다.

○ 농업협동조합법 제134조【사업】

① 중앙회는 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다. 다만, 제2호 및 제3호의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업은 농협경제지주회사 및 그 자회사가 수행하고, 제4호의2의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 금융사업과 관련된 사업은 농협금융지주회사 및 그 자회사가 수행한다.

4. 상호금융사업

가. 대통령령으로 정하는 바에 따른 회원의 상환준비금과 여유자금의 운용·관리

나. 회원의 신용사업 지도

다. 회원의 예금·적금의 수납·운용

라. 회원에 대한 자금 대출 등

○ 농업협동조합법 시행령 제15조【회원의 여유자금의 운용ㆍ관리】

① 중앙회가 법 제134조제1항제4호가목에 따른 회원의 여유자금을 운용ㆍ관리할 때에는 다음 각 호의 방법으로 하여야 한다.

1. 회원에 대한 대출

2. 한국은행 또는 금융기관(제9조제1항 각 호에 따른 금융기관을 말한다. 이하 같다)에의 예치

3. 금융기관에 대한 대출 등

4. 관련예규

○ 법인, 서이46012-11580, 2003.09.01.

창업자 또는 벤처기업 등에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 법인 및 개인에 대하여는 법인세 및 소득세가 부과되지 아니하는 것이며, 일반법인은 법인세가 과세되는 것임

○ 조특, 서면-2017-법인-3469[법인세과-941], 2019.04.22.

「조세특례제한법」제13조의2에 따른 과세특례는 중소기업창업투자조합 등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업, 신기술창업전문회사에 ’17.1.1 이후 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다.

출처 : 국세청 2020. 09. 24. 서면-2018-법인-2074[법인세과-3394] | 국세법령정보시스템