요지

관광숙박시설 임대업을 영위하고자 하는 사업자가 다른 사업자(이하 ⁠“기존매수자”)로부터 매수자 지위 이전계약에 따라 부동산을 취득하는 경우 기존매수자는 양도에 따른 대가관계 있는 금액에 대하여 사업자에게 세금계산서를 발급하는 것이며, 매도자는 사업자에게 잔금에 대한 세금계산서를 교부하는 것임

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 사업자(이하 ⁠“매도자”)가 신축 중인 건물과 토지를 다른 사업자(이하 ⁠“기존매수자”)에게 매도하기로 계약한 후 계약금과 중도금을 지급받고 세금계산서를 발급한 상태에서 기존매수자가 관광숙박시설을 임대하는 사업을 영위하고자 하는 사업자(이하 ⁠“매수자”)에게 매수자 지위를 이전함에 따라 매수자가 매도자에게 잔금을, 기존매수자에게 매수자 지위 이전대가를 지급하는 경우
매도자는 변경된 계약내용에 따라 매수자에게 잔금에 대한 세금계산서를 발급하는 것이며, 기존매수자는 매수자에게 매수자 지위 이전에 따른 대가관계 있는 금액(계약금, 중도금, 매수자 지위 이전대가)에 대하여 세금계산서를 발급하는 것입니다.
이때 매수자 지위 이전대가에 토지를 취득할 수 있는 권리가 포함되어 있는 경우 해당 토지를 취득할 수 있는 권리의 양도는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이며, 매수자 지위 이전대가 중 토지와 건물 상당액의 구분이 불분명한 경우에는 ⁠「부가가치세법 시행령」 제64조제1항에 따라 안분계산한 금액으로 하는 것입니다.
한편, 매수자가 매수자 지위 이전과 관련하여 부담한 매입세액은 같은 법 제39조에 따른 공제하지 아니하는 매입세액을 제외하고는 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

 질의요지

 ○ 매도자가 건물과 토지를 매도하기로 계약한 후, 계약금과 중도금을 지급받고 세금계산서를 발급한 상태에서 매수자의 지위가 이전되는 경우

  - ①세금계산서 발급방법, ②매수자 지위 이전대가의 공급가액 계산 및 ③매수자 지위 이전과 관련 부담한 매입세액의 공제 여부

 사실관계

 ○ 신청법인(이하 ⁠“매수자”)는 ｢부동산투자회사법｣에 따라 설립된 부동산투자회사로

  - 전남 **시 **지구 관광휴양단지 관광숙박시설(이하 ⁠“본건 부동산”)을 매입하여 임대사업을 진행할 예정임

 ○ 위탁자(이하 ⁠“매도자”)는 ○○○○신탁(주)(이하 ⁠“수탁자”)와 2017.*월 본건 부동산 개발사업에 관한 관리형토지신탁계약을 체결하고 수탁자 명의로 개발사업을 진행하였으며

  - △△△△(이하 ⁠“기존매수자”)는 2018.*월 위탁자와 본건 부동산매매계약(이하 ⁠“기존계약”^*)을 체결하면서 위탁자에게 계약금 및 중도금으로 000억원을 지급하고, 세금계산서를 발급받았음

  - 2020.*월 기존매수자는 위탁자, 수탁자와 부동산매매계약(이하 ⁠“기존계약의 변경”)중 일부 금액을 증액하면서 매매대금은 000억원으로 최종적으로 계약을 변경함

 ○ 신청법인은 2020.*월 위탁자, 수탁자, 기존매수자와 부동산매매계약^*(매수자변경계약, 매수자와 매수자 지위 이전계약 포함)을 체결하면서 2020.*월에 거래완결하기로 하고

  - 위탁자에게 잔금(000억원)을 지급하고, 기존매수자에게 기존매수자가 위탁자에게 기 지급한 계약금과 중도금 000억원 및 매수자지위 이전의 대가로 000억원을 지급할 예정임

  - 신청법인은 기존매수자, 위탁자, 수탁자간에 본건 부동산을 호텔로 운영하기 위한 임대차계약을 거래완결일에 승계할 예정임

   * 기존계약 및 부동산매매계약은 사업의 포괄양수도에 해당하지 아니함을 전제로 질의

 ○ 위탁자는 기존매수자로부터 계약금 등을 지급받으면서 감정평가서에 따라 토지(10.**%), 건물(89.**%)의 비율로 공급가액을 안분^*하여 계산서 및 세금계산서를 각각 발급하였으며

   * 본건 부동산매매계약서상 토지 및 건물의 실지거래가액의 구분이 불분명함

  - 이후 신청법인이 본건 부동산을 취득하기 위하여 의뢰한 2020.*월 기준 감정평가서 상의 토지, 건물의 가액비율은 각각 35%, 65%임

 관련법령

○ 부가가치세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

    1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

   ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

   ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조【재화공급의 특례】

   ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

    2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것.

○ 부가가치세법 제15조 【재화의 공급시기】

   ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

    1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

    2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

    3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

○ 부가가치세법 제17조 【재화 및 용역의 공급시기의 특례】

   ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

   ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

    14. 토지

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

   ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

   ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

    1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가.

   ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

    1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

  법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

    1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

   ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

    1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

    2. 공급받는 자의 등록번호.

    3. 공급가액과 부가가치세액

    4. 작성 연월일

    5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

   ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

    1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

   ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

    7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

  법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

    1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

    3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 민법 제98조 【물건의 정의】

  본법에서 물건이라 함은 유체물 및 전기 기타 관리할 수 있는 자연력을 말한다.

출처 : 국세청 2020. 10. 11. 사전-2020-법령해석부가-0673[법령해석과-3251] | 국세법령정보시스템