요지

｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 농어촌주택 취득에는 농어촌주택 부수토지를 먼저 취득하여 보유한 상태에서 농어촌주택을 매입하여 취득하는 경우를 포함하는 것임

답변내용

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 1세대가 A주택(종전주택), B주택(｢조세특례제한법｣ 제99조의4에 따른 농어촌주택), C주택(신규주택)을 순차적으로 취득하여 3주택이 된 상태에서 A주택을 양도하는 경우, 해당 1세대가 보유한 B주택은 ｢조세특례제한법｣ 제99조의4제1항에 따라 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보는 것이며, 여기서 농어촌주택의 취득에는 농어촌주택 부수토지를 먼저 취득하여 보유한 상태에서 농어촌주택을 매입하여 취득하는 경우를 포함하는 것입니다.
따라서, A주택과 B주택 모두 취득당시 비조정대상지역에 소재한 경우로서 A주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 C주택을 취득하고 C주택을 취득한 날부터 3년 이내에 A주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 ｢소득세법 시행령｣ 제154조제1항을 적용하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○1997.**.**. 신청인 갑의 배우자 을은 ⁠‘□□북도 △△시 ☆☆면 ◎◎리 **-*’ 소재 농어촌주택 부수토지 증여받음

 ○2009.**.**. 갑은 ⁠‘□□남도 ◇◇시 ▽▽동 ****, 103동 ****호’(이하 ⁠“A주택”) 매입(비조정대상지역)

 ○ 2012.**.**. 을은 ⁠‘□□북도 △△시 ☆☆면 ◎◎리 **-*’ 소재 농어촌주택^* 건물(이하 ⁠“B주택”) 매입

 ○ 2021.**.**. 갑은 ⁠‘□□남도 ◇◇시 ○○로 **, 103동 ***호’(이하 ⁠“C주택”) 매입(비조정대상지역)

 ○ 2021.08.**. 갑은 A주택 양도

 ○ 상기 이외 갑과 을이 포함된 1세대가 취득․보유한 주택은 없음

  * B주택은 조특법§99의4에 따른 농어촌주택의 다른 요건은 모두 충족함을 전제로 함

2. 질의내용

 ○농어촌주택 부수토지를 먼저 보유한 상태에서 종전주택(A주택)을 취득한 후 순차로 농어촌주택(B주택)과 신규주택(C주택)을 취득한 1세대가 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우, 1세대1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 ⁠“1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 ⁠“농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 ⁠“일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호를 적용한다.

  1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“농어촌주택”이라 한다)

   가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 ｢지방자치법｣ 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍․면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

    1) 수도권지역. 다만, ｢접경지역 지원 특별법｣ 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

    2) ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제6조에 따른 도시지역

    3) ｢주택법｣ 제63조의2에 따른 조정대상지역

    4) ｢부동산 거래신고 등에 관한 법률｣ 제10조에 따른 허가구역

    5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

   나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

  2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 ⁠“고향주택”이라 한다)

   가.～다. ⁠(생략)

 ②～⑦ ⁠(생략)

 ⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

 ① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대”란 ｢소득세법｣ 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다.

 ②～⑩ ⁠(생략)

 ⑪ 법 제99조의4제1항제1호나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다.

 ⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다.

 ⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다.

  1. 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

  2. 농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

  3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.

○ 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

  3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

   가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

   나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. ⁠(후단생략)

  1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

  2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

  가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 ｢주민등록법｣ 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

  나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

○ 조세특례제한법 집행기준 99의4-99의4-4

1주택을 보유한 1세대가 새로이 1주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 상태에서 농어촌주택을 취득하고 새로운 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 판정시 해당 농어촌주택은 1세대의 소유 주택으로 보지 아니한다.

출처 : 국세청 2021. 09. 30. 사전-2021-법령해석재산-1347[법령해석과-3405] | 국세법령정보시스템