부동산 매매계약의 매수인 지위이전 시 부가가치세 공급가액 산정

요지

사업자가 부동산 매매계약의 매수인의 지위를 이전하는 경우로서 건축물이 철거중인 상태에서 지위이전계약 시 지위이전대가의 토지와 건물등의 가액이 불분명한 경우 지위이전대가에 대한 부가가치세 공급가액은 부가령§64①에 따라 안분계산하는 것임(이때 부가령 §64①(1)의 ⁠“공급계약일”은 지위이전계약일이 되는 것임)

답변내용

사업자(이하 ⁠“매수인”)가 토지와 건물(이하 ⁠“쟁점부동산”)을 다른 사업자로부터 매수하기로 계약한 후 부동산사모투자회사와 쟁점부동산의 매수인 지위 이전계약(이하 ⁠“지위이전계약”)을 체결(체결 당시 건물은 철거중)하여 매수인 지위를 이전하는 경우에, 지위이전계약에 따른 매수인 지위 이전대가에 토지를 취득할 수 있는 권리가 포함되어 있는 경우 해당 토지를 취득할 수 있는 권리의 양도는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이고, 매수인 지위 이전대가 중 토지와 건물 상당액의 구분이 불분명한 경우에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조제1항에 따라 안분계산한 금액으로 하는 것이며 이때 같은 법 시행령 제64조제1항제1호에서 규정하고 있는 ⁠“공급계약일”은 지위이전계약일로 보는 것입니다.

 질의요지

 ○ 사업자가 매도인과 부동산(토지, 건물)매매계약 체결 후 부동산사모투자회사에게 매수인의 지위를 이전하는 경우로서 지위이전계약 시 건축물이 철거중으로

  - 지위이전대가를 토지감정평가액에서 부동산매매대금을 차감한 가액으로 계약한 경우 해당 지위이전대가에 대한 부가가치세 공급가액 계산방법

 사실관계

○ 신청법인(또는 ⁠“매수인”)은 건설서비스 및 부동산개발사업을 영위하는 법인으로

  -’20.12월 주식회사 ◎◎◎(이하 ⁠“◎◎◎” 또는 ⁠“매도인”)와 △△시에 소재한

  - 토지(이하 ⁠“쟁점토지”)와 지상건물(이하 ⁠“쟁점건물”)을 총 990억원에 매입하는 부동산매매계약^*(이하 ⁠“쟁점부동산계약”)을 체결

  * 토지 923.3억원(93.26%), 건물 66.7억원(6.74%)(부가령 §64에 따라 기준시가로 안분), 계약금(10%), 잔금(90%) 지급조건이며 계약 시 99억원 지급

  - ’21.7월 쟁점부동산계약의 매매대금 지급조건을 계약금(10%), 중도금(40%), 잔금(50%)으로 변경하고 ’21.9월 중도금 396억원 지급

 ○ 신청법인은 신규 물류센터 건립을 자체적으로 진행하고자 하였으나 외부자금조달 등을 위해 별도의 펀드를 세워 사업을 진행하기로 하고

  -□□□자산운용㈜(이하 ⁠“□□□”)와 ◈◈◈부동산사모투자회사(이하 ⁠“지위승계인” 또는 ⁠“◈◈◈펀드^*”)를 ’21.12월 설립

   * 신청법인 지분 50%, 해외투자자 지분 50%

 ○ ’22.1.24. 신청법인은 지위승계인과 ⁠‘계약상 지위이전 계약’(이하 ⁠“지위이전계약”)을 체결하여 신청법인이 매도인과 체결하였던

  - 쟁점부동산계약의 매수인 지위와 쟁점토지 인허가 관련 용역계약 상 용역을 공급받는 자의 지위^*를 지위승계인에게 이전하기로 약정

  * 용역 관련 지위이전 금액은 계약 상 33.4억원이었으나 ’22.2.24. 47억원으로 정산

 ○ 지위이전계약일 현재 쟁점토지 지상에 설립된 쟁점건물은 철거 중으로

  - 지위승계인은 쟁점토지에 대한 감정평가 결과를 근거로 쟁점건물이 철거된 토지의 가치를 1,322.9억원으로 판단하여 아래 표와 같이 지위이전대가(이하 ⁠“쟁점대가”)를 산정함

 ○ 지위승계인은 신청법인에게 지급해야 할 쟁점대가를 자금조달 일정(약 33개월)에 따라 지급할 예정이고

  - 신청법인과 지위승계인은 쟁점대가에 대한 부가가치세를 별도 산정^*하여 계약상 최종 양수도 대금 869.1억원^**에 포함하였으며

  * 쟁점대가에 대한 부가가치세 과세여부에 대해 이견이 있어 각각 50%씩 부담하기로 결정하였으며 쟁점부동산계약시점(’20.12.18.)의 토지·건물 기준시가로 안분

 **1차 및 2차 양수도대금(827.9억원)+ 용역 관련 지위이전 금액(33.4억원)+ 관련 VAT(7.8억원)

  - ’22.2.24. 지위이전대가를 제외한 쟁점부동산계약상 잔금 등은 지급완료되었고 쟁점토지 및 쟁점건물은 지위승계인에게 소유권이전등기됨

 관련 법령

○ 부가가치세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

  ② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

  ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

   14. 토지

  ② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

  ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

   1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

   2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

 ① 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

   1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 ⁠“건물등”이라 한다)에 대한 ｢소득세법｣ 제99조에 따른 기준시가(이하 이조에서 ⁠“기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다.

   2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액: 다만, 감정평가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

   3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

 ② 법 제29조제9항제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.

   1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우

   2. 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우

출처 : 국세청 2022. 03. 28. 사전-2022-법규부가-0336[법규과-973] | 국세법령정보시스템