요지

경전철 운행은 부가가치세 면제 거래로 협약 해지로 인한 시설운영권 반납은 재화의 공급에 해당되어 계산서 발급대상임

회신

내국법인이 주무관청과 경량전철 민간투자사업 실시협약을 체결하고「부가가치세법」제26조 제1항 제7호에 따른 면세사업 여객운송용역을 제공하던 중 실시협약 해지로 해지시 지급금을 받는 경우「법인세법」제121조에 따라 재화나 용역을 공급하는 자가 계산서를 발급하는 것입니다.

1. 사실관계

○△△△경전철 주식회사(이하 ⁠“질의법인”이라 함)는 △△△시와 민간투자사업 실시협약을 통해 △△△ 경전철 사업 시행자로 지정됨

-질의법인은 △△△ 경전철 시설을 준공(’12.7월)과 동시에 △△△시에 기부채납*하고 일정기간 시설의 무상사용 수익권을 얻음

* ’12.6월 질의법인은 △△△시에 시설물 기부채납 시 계산서 6,767억원 교부하였음

-실시협약에 따라 사업 중도 해지시 △△△시는 질의법인에게 해지시점의 시설투자비 상각잔액을 ⁠‘해지시 지급금’으로 지급해야 함

* 질의법인은 사업과 관련된 출자회사 등에게 해지시지급금 중 일부를 양도담보로 제공함

○질의법인은 경전철 개통 후 지속적인 수요 저조로 인한 경영난으로 운영 개시 5년 만에 파산 선고됨(○○○○법원 201X하합1000XX, ’17.5.26.)

-질의법인은 ○○○○법원의 허가로 △△△시에 협약 해지를 통보하였고 법원은 △△△시에게 ⁠‘해지시 지급금’ 1,720억원을 결정함

* ⁠(’17.6.29.) 실시협약 해지통보 → ⁠(’17.8.22.) 소송제기 → ⁠(’21.7.14.) 해지시지급금 결정

** ’18.3.26. △△△시는 질의법인을 △△△ 경전철 운영사업자 지정취소를 통지함

-△△△시는 ⁠‘해지시 지급금’ 중 332억원은 질의법인(파산관재인)에게 그 외 1,388억원은 양도담보권자들에게 나눠서 지급할 예정임

2. 질의내용

○주무관청과 경량전철 민간투자사업 실시협약을 체결하고 여객운송용역을 제공하던 중 실시협약 해지로 해지시지급금을 받는 경우 계산서 발급 여부 및 발급 방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성ㆍ발급 등】

① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

② 「부가가치세법」 제26조제1항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서를 발급하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제164조【계산서의 작성·교부 등】

① 「소득세법 시행령」 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다.

○ 소득세법 시행령 211조【계산서의 작성·발급】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 발급할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 발급을 요구하는 때에는 계산서를 발급하여야 한다.

1. ⁠「부가가치세법」제36조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제73조제1항 및 제2항을 적용받는 사업

2. ⁠「부가가치세법」제36조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제73조제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업

3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업

4. 토지 및 건축물을 공급하는 경우

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

가. 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역

나. 삭도, 유람선 등 관광 또는 유흥 목적의 운송수단에 의한 여객운송 용역

4. 관련예규 등

○ 법규부가2012-105, 2012.03.21.

귀 질의의 경우 사업시행자가 주무관청과 경량전철 민간투자시설사업 실시협약을 체결하고 부가가치세법제12조제1항제7호에 따른 면세사업인 여객운송용역에 사용하기 위한 시설물인 경량전철시스템을 건설하던 중 실시협약의 해지로 사업시행자가 건설 중인 시설물을 주무관청에 이전하고 그 대가를 받는 경우에는 같은 법 제12조제3항에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.

○ 부가가치세과-313, 2012.03.22.

귀 질의의 경우「하수도 민간투자사업 실시협약」에 따라 사업시행자로부터 하수도시설물을 기부채납 받고 시설물관리운영권을 부여한 주무관청이 사업시행자에게 해당 시설물 관리운영에 대한 대가를 지급하던 중 해당 실시협약 해지로 시설물관리운영권을 회수하고 그 대가로 사업시행자에게 해지시지급금을 지급하는 경우에는「부가가치세법」제6조제1항에 따른 부가가치세 과세대상에 해당되는 것임.

○ 서면인터넷방문상담3팀-2100, 2006.09.11.

외상매출금은 매매 등을 원인으로 채무자에 대하여 발생하는 금전채권에 불과하여 동법 제1조 제2항 및 동법시행령 제1조 제2항에서 규정하는 재산적 가치가 있는 권리에 해당하지 아니하므로 당해 외상매출금의 양도는 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당되지 아니하는 것임

출처 : 국세청 2022. 01. 21. 서면-2021-법인-5556[법인세과-145] | 국세법령정보시스템