요지

벤처투자조합으로부터 수취한 이익은 구성원별로 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 지는 것이며, 해당 조합이 벤처기업 등에 출자함으로써 취득한 주식을 양도하여 발생하는 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제14조 제1항에 따라 양도소득에 포함하지 않습니다.

회신

｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조 제11호 규정에 의한 벤처투자조합의 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 경우 또는 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 소득구분에 따라 해당 벤처투자조합의 구성원별로 ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 지는 것이며, 벤처투자조합이 벤처기업 등에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도하여 발생하는 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제14조 제1항에 따라 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호에 따른 양도소득에 포함하지 않습니다. 귀 질의는 기해석사례(사전-2021-법규소득-1472, 2022.5.3. 및 서면인터넷방문상담4팀-2163, 2005.11.14.)를 참고하시기 바랍니다.

【관련 참고자료】

1. 사실관계

 ○신청인은 ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조 제11호에 따른 벤처투자조합인 ⁠“AA벤처투자조합”에 조합 지분율 0.00%에 해당하는 금액을 투자함

 ○AA벤처투자조합은 비상장 벤처기업에 해당하는 ⁠“BB벤처기업”의 주식을 출자 및 무상증자로 취득하였으며,해당 조합은 BB벤처기업 주식을 2024년 하반기에 양도함

 ○AA벤처투자조합은 양도한 BB벤처기업 주식의 양도소득금액을 본인을 포함한 각 조합원에게 전액 배분하고 있음

2. 질의내용

 ○벤처투자조합이 출자 등으로 취득한 벤처기업의 주식을 양도하는 경우 양도로 발생한 양도소득의 납세의무자가 벤처투자조합인지, 벤처투자조합의 조합원인지 질의

 ○벤처투자조합이 벤처기업 등에 출자함으로써 취득한 주식의 양도로 발생한 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제14조 제1항에 따라 양도소득에 포함하지 아니하므로, 해당 조합의 조합원도 양도소득 과세대상에서 제외되는지 질의

3. 관련법령

■｢국세기본법｣

제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9.“납세의무자”란 세법에 따라 국세를 납부할 의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다)가 있는 자를 말한다.

10.“납세자”란 납세의무자(연대납세의무자와 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 경우의 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자를 말한다.

제13조【법인으로 보는 단체 등】

①법인(｢법인세법｣ 제2조제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1.주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2.공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

②제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1.사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2.사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3.사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 ｢소득세법｣에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 ⁠“법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

⑤법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.

⑦법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧세법에서 규정하는 납세의무에도 불구하고 전환 국립대학 법인(｢고등교육법｣ 제3조에 따른 국립대학 법인 중 같은 법 제3조, 제18조 및 제19조에 따른 국립학교 또는 공립학교로 운영되다가 법인별 설립근거가 되는 법률에 따라 국립대학 법인으로 전환된 법인을 말한다. 이하 이 항에서 같다)에 대한 국세의 납세의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 적용할 때에는 전환 국립대학 법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 국립대학 법인으로 전환되기 전의 국립학교 또는 공립학교로 본다. 다만, 전환 국립대학 법인이 해당 법인의 설립근거가 되는 법률에 따른 교육･연구 활동에 지장이 없는 범위 외의 수익사업을 하는 경우의 납세의무에 대해서는 그러하지 아니하다.

■｢소득세법｣

제2조【납세의무】

③｢국세기본법｣ 제13조제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 소득구분에 따라 해당 단체의 각 구성원별로 이 법 또는 ｢법인세법｣에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세[해당 구성원이 ｢법인세법｣에 따른 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)인 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다]를 납부할 의무를 진다.

1.구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 경우

2.구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우

제94조【양도소득의 범위】

①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

가.주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

   1)소유주식의 비율･시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

   2)1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등. 다만, ｢상법｣ 제360조의2 및 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 교환･이전 또는 같은 법 제360조의5 및 제360조의22에 따른 주식의 포괄적 교환･이전에 대한 주식매수청구권 행사로 양도하는 주식등은 제외한다.

나.주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율･시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

다.외국법인이 발행하였거나 외국에 있는 시장에 상장된 주식등으로서 대통령령으로 정하는 것

제105조【양도소득과세표준 예정신고】

①제94조제1항각 호(같은 항 제3호다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

2.제94조제1항제3호 가목 및 나목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월

③제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다.

제110조【양도소득과세표준 확정신고】

①해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

■｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣

제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11.“벤처투자조합”이란 벤처투자회사 등이 벤처투자와 그 성과의 배분을 주된 목적으로 결성하는 조합으로서 제50조 또는 제63조의2에 따라 등록한 조합을 말한다.

제50조【벤처투자조합의 결성과 등록 등】

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 그 외의 자와 상호출자하여 결성하는 조합으로서 이 법의 적용을 받으려는 조합은 중소벤처기업부장관에게 벤처투자조합으로 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 중소벤처기업부령으로 정하는 중요한 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

1.제24조제3항에 따른 요건을 갖춘 창업기획자

2.벤처투자회사

3.제66조에 따른 한국벤처투자

4.｢여신전문금융업법｣ 제2조제14호의3에 따른 신기술사업금융업자 또는 같은 조 제14호의4에 따른 신기술사업금융전문회사(이하 "신기술사업금융업자등"이라 한다)

5.｢상법｣에 따른 유한회사 또는 유한책임회사로서 출자금 총액, 전문인력 등 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 회사

6.벤처투자조합의 결성에 필요한 다음 각 목의 요건을 모두 갖추었다고 중소벤처기업부장관이 인정하는 외국투자회사. 다만, 외국투자회사가 제1호부터 제5호까지의 규정에 해당하는 자와 함께 벤처투자조합을 결성하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 것으로 본다.

가.국내지점과 전문인력 등 벤처투자회사에 준하는 물적ㆍ인적 요건을 갖추고 있을 것

나.국제적 신인도가 높고 사업계획이 타당할 것

7.그 밖에 중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 자

②제1항에 따라 벤처투자조합으로 등록을 하려는 조합은 출자금 총액, 조합원의 수 및 존속기간 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖추어야 한다.

③벤처투자조합은 조합의 업무집행자로서 조합의 채무에 대하여 무한책임을 지는 1인 이상의 업무집행조합원과 출자가액을 한도로 하여 유한책임을 지는 유한책임조합원으로 구성한다. 이 경우 업무집행조합원은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 하되, 중소벤처기업부령으로 정하는 자는 제1항제1호부터 제6호까지의 규정에 해당하는 자와 공동으로 업무집행조합원이 될 수 있다.

④제3항 전단에도 불구하고 제63조에 따른 공모벤처투자조합을 결성하는 경우 업무집행조합원은 1인으로 한다.

⑤벤처투자조합의 업무집행조합원은 벤처투자조합 운영 중에 제1항 각 호의 다른 자로 변경할 수 없다.

⑥벤처투자조합의 조합원은 조합 규약에서 정하는 바에 따라 출자금액의 전액을 한꺼번에 출자하거나 나누어 출자할 수 있다.

⑦제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 벤처투자조합의 등록 절차･법과 그 운영 등에 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다.

■｢조세특례제한법｣

제13조【벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

②제1항제1호부터 제4호까지 및 제7호를 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사･신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등은 직접 또는 벤처투자조합등을 통하여, 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원은 민간재간접벤처투자조합을 통하여 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1.해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2.해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3.해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

4.해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

5.제2호에 따라 유상증자의 증자대금을 납입한 날부터 6개월 이내에 제16조제1항에 따라 거주자가 소득공제를 적용받아 소유하고 있는 해당 유상증자 기업의 주식 또는 출자지분으로서 해당 거주자의 출자일 또는 투자일부터 3년이 지난 것을 매입하는 방법. 다만, 제2호에 따라 납입한 증자대금의 100분의 30을 한도로 한다.

제14조【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호･제2호･제2호의2･제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도로 발생하는 소득은 「소득세법」 제94조제1항제3호에 따른 양도소득에 포함하지 아니한다. 다만, 제1호･2호･제2호의2･제2호의3･제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

2.벤처투자조합이 창업기업, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 관련예규

○사전-2021-법규소득-1472, 2022. 5. 3.

  귀 해석요청의 경우, ｢벤처투자 촉진에 관한 법률｣ 제2조제11호 규정에 의한 벤처투자조합의 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있고 해당 구성원별로 이익의 분배비율이 확인되는 경우 또는 구성원 간 이익의 분배비율이 정하여져 있지 아니하나 사실상 구성원별로 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 소득구분에 따라 해당 벤처투자조합의 구성원별로 ｢소득세법｣ 또는 ｢법인세법｣에 따라 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 지는 것입니다.

○서면인터넷방문상담4팀-2163, 2005.11.14.

  ｢중소기업창업지원법｣에 의한 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자 지분(｢조세특례제한법｣ 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한하며, 이하 주식 등이라 한다)을 양도하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제14조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 과세대상에 포함 되지 않는 것입니다. 다만, 타인소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외되는 것입니다.

  중소기업창업투자조합이 해산하면서 조합원에게 위에 해당하는 주식 등을 출자비율에 따라 현물로 배분하는 경우 및 조합원이 출자비율대로 배분받아 ｢증권거래법｣에 의한 유가증권시장 또는 협회중개시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 경우에도 양도소득세 과세대상에서 제외하는 것입니다.

○사전-2020-법령해석재산-0524, 2020. 7. 31.

  귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제13조에 따른 개인투자조합이 비상장주식을 양도하여 발생한 소득에 대한 양도소득세의 신고 및 납부의무는 각 조합원에게 있는 것이며, 개인투자조합 업무집행조합원의 성과보수는 ｢소득세법 시행령｣ 제163조제5항제1호의 ⁠‘자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용’에 해당하지 않는 것입니다.

  또한, 개인투자조합이 주식을 취득하여 양도하는 경우, ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호 규정에 의한 주식양도차익 과세대상의 대주주 해당여부는 당해 조합의 조합원을 기준으로 판단하는 것입니다.

○대법원-2011-두-22358, 2013. 7. 25.

  ‘벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득하는 주식’이란 ⁠‘출자자의 지위에서 벤처기업으로부터 직접 취득하는 주식’을 의미하므로 벤처기업이 설립되는 때에 자본금을 납입하여 주식을 취득하여 보유하던 중 주식발행초과금의 자본전입에 따라 취득하게 되는 무상주 역시 이에 해당함

출처 : 국세청 2025. 03. 31. 서면-2024-자본거래-4848 | 국세법령정보시스템