비영리법인 임대 부동산 처분, 법인세 신고특례 적용 여부

요지

비영리내국법인이 처분일 현재 임대업에 사용하고 있는 부동산의 처분 수입은「법인세법」제4조 제3항 제5호 단서의 수입에 해당되지 않고 같은 법 제62조의2의‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례’가 적용되지 않는 것임

회신

귀 질의의 경우 비영리내국법인이 처분일 현재 임대업에 사용하고 있는 부동산의 처분 수입은「법인세법」제4조 제3항 제5호 단서의 수입에 해당되지 않고 같은 법 제62조의2의‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례’가 적용되지 않는 것이므로 같은 법 제60조에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하여야 하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 비영리법인으로 2010.2.10.에 00동에 오피스텔을 취득하여 고유목적사업을 위한 사무실로 사용

○ 이후 사무실 이전을 위해 00동 오피스텔을 양도하려 하였으나 매수자가 나타나지 않아 매매가 지연되어 2018.2.28. 보증금 280백만원에 임대하였고, 동 임대보증금과 기타 자금을 조달하여 2018.3.14. △△동에 사무실을 취득하여 이전함

○ 2019.12.27. 00동 오피스텔 구매자가 나타나 480백만원에 양도함

2. 질의내용

○ 비영리법인이 사무실 이전 관계로 종전 사무실을 전세로 임대하다가 처분하는 경우 ① 법인세 과세대상 여부, ② 과세대상인 경우 양도소득세 신고특례(법법§62의2)를 적용할 수 있는지

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례】

① 비영리내국법인(제4조제3항제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

○ 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】

① 법 제62조의2제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주식등"이란 「소득세법」 제94조제1항제4호나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조제1항제1호·제5호에 규정된 자산을 말한다.

② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 법 제62조의2제4항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(보건업 외에 제2조제1항에 해당하는 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다.

1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업

2. 행정관청으로부터 허가·인가 등을 받은 경우에는 그 허가·인가 등을 받은 사업

3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업

④ ⁠「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제2조 【수익사업의 범위】

 「법인세법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제3조제1항 각 호 외의 부분에 따른 사업에는 그 사업 활동이 각 사업연도의 전 기간 동안 계속하는 사업 외에 상당 기간 동안 계속하거나 정기적 또는 부정기적으로 수차례에 걸쳐 하는 사업을 포함한다.

4. 관련예규 등

○ 법인세법 기본통칙 4-3…3 【 수익사업과 비수익사업의 구분 】 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다.

1. 수익사업에 속하는 것

라. 주무관청에 등록된 종교단체 등의 임대수입. 다만, 영 제2조 제1항 제7호에 해당되는 경우는 제외한다.

2. 비수익사업에 속하는 것

나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입

○ 법인, 법인세과-357, 2010.04.09

「법인세법」 제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 임대사업에 직접 사용하던 고정자산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 같은 법 제62조의2에 따른 ⁠‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’를 적용하지 아니하고, 같은 법 제60조에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고하여야 하는 것임

○ 사전답변, 법규법인2014-198, 2014.06.25

「법인세법」제3조제3항제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니하고 주차장으로 임대하던 토지를 양도하여 발생한 처분수입(이하 ⁠“자산양도소득”이라 함)은 같은 법 제3조제3항제5호에 따라 수익사업에서 생기는 소득에 해당하는 것으로, 해당 자산양도소득에 대하여는 같은 법 제62조의2의 ⁠‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’를 적용받을 수 없는 것임.

또한, 주차장으로 임대하다 양도한 해당 토지는 같은 법 제55조의2제2항제4호에 따른 비사업용 토지로서, 해당 토지의 양도소득에 대해서는 ⁠‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 추가로 납부하여야 하는 것임

○ 법인, 대법원2003두12455, 2005.09.09

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제1조 제1항은 법인세의 납세의무자에 관하여 규정하면서, 그 단서에서 비영리 내국법인은 그 법인의 정관 또는 목적사업에 불구하고 같은 항 각 호 소정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으므로, 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 1980. 11. 11. 선고 80누278 판결, 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 등 참조

출처 : 국세청 2020. 09. 22. 서면-2020-법인-1484[법인세과-3368] | 국세법령정보시스템