요지

현물출자 등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 경과하여 지주회사 제외 신고를 함에 따라 지주회사에 해당하지 않는 경우 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날 현재의 시가와 차액은 일시 익금 산입 대상에 해당하지 않는 것임

회신

 ⁠「조세특례제한법」 제38조의2제1항 또는 제2항을 충족한 내국법인의 주주로부터 현물출자 등으로 주식을 취득하여 해당 주식의 가액을 장부가액으로 계상한 지주회사가 현물출자 등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 경과하여 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사 제외 신고를 함에 따라 지주회사에 해당하지 않는 경우 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날 현재의 시가와 차액의 일시 익금 산입 대상에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 인적분할 및 현물출자를 통해 2015.7.1.을 분할기일로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ⁠“공정거래법”)상 지주회사(금융지주회사는 아님)로 전환하였음

  - 질의법인의 대주주는 조세특례제한법 제38조의2【주식의 현물출 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】 규정에 따라 양도소득세를 과세이연 받았음

 ○질의법인이 지주회사로 전환할 당시 공정거래법상 지주회사 자산총액 요건은 자산총액 1천억원 이상이었으나,

  - 이후 공정거래법이 개정되어, 자산총액 요건이 5천억원 이상으로 상향되었고, 자산총액 요건 개정사항은 2017.7.1.부터 시행됨

 - 공정거래법 개정시 관련 부칙에, 종전 규정에 따른 지주회사는 2027.6.30.까지 자산총액 기준을 충족하도록 하고, 2017.7.1.이후 지주회사 제외 신고를 한 경우에는 신고한 날부터 지주회사에서 제외되도록 규정됨

○ 질의법인은 2017.12.31일 경과 후 지주회사 제외신고 여부를 검토 중임

2. 질의내용

 ○지주회사로 전환한 2015.7.1.로부터 2년이 지난 2017.12.31일 경과 후 지주회사 제외신고를 한 경우

  - 지주회사 설립 등에 대한 과세특례 사후관리 요건 위반대상인지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할(「법인세법」 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2018년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다.

 1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

 가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인

 나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인

 2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것

 3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

 1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

 3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

 4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

 ④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 "중간지주회사"라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2018년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.

 ⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

 ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 "주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

　{압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)}

 ③ 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제2호의 요건을 충족하는 적격분할(물적분할 및 분할합병을 제외하며, 이하 이 항에서 "적격분할"이라 한다)로 인하여 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도하는 경우에는 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 익금에 산입하지 아니하며, 적격분할로 신설되는 법인은 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 적격분할로 양수받은 해당 지주회사 또는 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 승계하고 제2항의 계산방법에 따라 익금에 산입한다.

 ④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.

 ⑤ 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 따른 자회사의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제6항 및 제80조의4제8항을 준용한다.

 ⑥ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정의 처리에 관하여는 제35조의2제9항 후단을 준용한다.

 ⑦ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

 ⑧ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 제6항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제6항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

 ⑨ 법 제38조의2제2항제3호의 규정에 의한 자기주식교환사실의 공시는 다음 각호의 사항을 ⁠「신문 등의 진흥에 관한 법률」에 따른 일반일간신문 또는 경제분야의 특수일간신문중 전국을 보급지역으로 하는 신문에 1회 이상 게재하는 방법에 의하여야 한다.

 1. 자기주식교환일 및 교환대상주식의 범위

 2. 주권제출기한 및 제출장소

 3. 교환수량ㆍ교환비율 및 교환방법

 4. 모든 주주가 자기주식교환에 참여할 수 있다는 내용 기타 주식교환에 필요한 사항

 ⑩ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 후단에 따라 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

 1. 법 제38조의2제3항제2호에 해당하는 사유로 제8항에 따라 익금에 산입하는 자산조정계정 잔액을 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하지 아니함에 따라 발생한 법인세액의 차액

 2. 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 제1호에 따른 자산조정계정 잔액을 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

 ⑪ 법 제38조의2제3항제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 법령의 개정으로 인하여 지주회사의 기준이 변경된 날(이하 이 항에서 "기준변경일"이라 한다)이 속하는 사업연도(지주회사의 기준이 변경되어 지주회사에 해당되지 아니하게 된 당해 지주회사의 사업연도를 말하며, 이하 이 항에서 같다)와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 사업연도의 기간(이하 이 항에서 "유예기간"이라 한다)중 각 사업연도 종료일 현재 당해 지주회사의 신설 또는 전환 당시의 법령에 의한 지주회사 기준(신설 또는 전환 이후부터 기준변경일까지의 기간중에 지주회사의 기준이 2회 이상 변경된 경우에는 기준변경일에서 가장 가까운 때의 기준을 말한다)을 충족하고 있는 경우로서 당해 유예기간중에 있는 경우를 말한다.

 ⑫ 법 제38조의2제4항에 따른 법인세의 과세의 이연에 관하여는 제1항 및 제2항을 준용한다. 이 경우 압축기장충당금으로 계상하여야 할 금액은 제1항에 따라 과세를 이연받은 금액과 그 과세의 이연을 받은 중간지주회사의 주식을 해당 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환함으로써 발생한 양도차익의 합계액으로 하고, 그 중간지주회사의 주식과 교환함으로써 취득한 금융지주회사의 주식을 양도하는 사업연도에 해당 압축기장충당금을 익금에 산입한다.

 ⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 ⑭ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 내국법인(이하 이 항 및 제35조의4제5항에서 "자법인"이라 한다)의 주주인 법인이 현물출자등에 따른 주식양도차익을 손금에 산입한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주식을 자법인의 주주인 법인의 장부가액으로 취득한 것으로 한다.

1. 삭제

2. 삭제

⑮ 법 제38조의2제1항, 제2항 및 제4항을 적용받으려는 법인은 해당 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 지주회사 또는 전환지주회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 현물출자등 과세특례신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제14항에 따라 자법인의 주식을 장부가액으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사는 현물출자등을 받은 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 자법인 주식의 장부가액 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

○독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조 【지주회사의 기준】

   (2016.9.29. 대통령령 27529호로 개정된 것)

 ① ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

 1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원 이상인 회사

 2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 5천억원 이상인 회사

(이하생략)

※ 부칙

 제1조(시행일) 이 영은 2016년 9월 30일부터 시행한다. 다만, 제2조제1항의 개정규정은 2017년 7월 1일부터 시행한다.

 제2조(지주회사의 기준에 관한 경과조치) 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 전에 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환하여 제15조제1항에 따라 신고를 한 지주회사로서 같은 시행일 당시 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 기준에 해당하지 아니하게 된 지주회사(이하 "기존 지주회사"라 한다)는 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에도 불구하고 2027년 6월 30일까지 제2조제1항제1호 및 제2호의 개정규정에 따른 지주회사의 자산총액 기준을 충족하여야 한다. 다만, 기존 지주회사가 부칙 제1조 단서에 따른 시행일 이후 제15조제4항에 따라 지주회사 제외 신고를 한 경우에는 신고한 날부터 지주회사에서 제외된다.

○독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조 【지주회사의 기준】

   (2016.9.29. 대통령령 27529호로 개정되기 전의 것)

 ① ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 "법"이라 한다) 제2조(정의)제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다.

 1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사

 2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사

(이하생략)

4. 관련사례

○ 재일01254-3184, 1992.12.15

 조세감면규제법 제45조 제4항 및 같은 법 시행령 제39조 제5항 ⁠“법인전환에 대한 과세 특례”규정에 따른 사후관리 기간은 법인으로 전환하여 설립한 날로부터 2년이 경과한 날까지입니다.

○ 서면-2016-법인-6100, 2017.05.15.

 법인세법」 제46조의3제1항에 따라 분할법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 분할신설법인은 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 같은 조 제3항 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 같은 조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따라 적격분할 과세특례에 대한 사후관리를 하여야 합니다.

 다만,「법인세법 시행령」제82조의4제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니합니다.

출처 : 국세청 2018. 04. 17. 서면-2018-법인-0001[법인세과-914] | 국세법령정보시스템