요지

사회기반시설 운영기간 중 부대시설을 추가로 건설하여 기부채납하고 그 대가를 받는 경우 해당 시설의 공급이 본건사업에 포함되는 경우에는 영세율 대상이나, 해당 시설이 본건사업에 포함되는지 여부 등은 소관부처에서 판단할 사항이며, 국가로부터 재정상 원조목적으로 받는 지원금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니함

답변내용

귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하“민투법”)제2조제7호에 따른 사업시행자가 국가(환경부)와 수도권매립지 매립가스 자원화 민간투자 시설사업(이하“본건사업”) 실시협약을 체결하여 매립가스를 이용한 50MW급 스팀터빈 발전시설 및 송전시설을 민투법 제4조제1호의 규정에 따른 방식으로 국가에 기부채납하고 그 반대급부로 일정기간 무상사용권을 취득한 후, 기존 무상사용 운영기간 중 황화수소(H2S) 농도 증가 및 ⁠「수도권 대기환경 개선에 관한 특별법」제정 등으로 주무관청(환경부)의 승인을 얻어 부대시설인 황산화물 전처리시설(이하“쟁점 추가시설”)을 추가로 건설하여 기부채납하고 그 대가(총사업비)를 받는 경우 쟁점 추가시설의 공급이 본건사업에 포함하여 공급되는 경우에는「조세특례제한법」제105조제1항제3호의2에 따른 부가가치세 영세율 대상에 해당하는 것입니다. 다만, 민투법에 따른 사업시행자인지 여부와 쟁점 추가시설의 공급이 본건사업에 포함되는지 여부 등은 관련 소관부처에서 판단할 사항입니다. 또한, 쟁점 추가시설 설치 및 관리 운영에 따라 국가가 지원하는 재정지원금(총사업비, 운영비, 기타비용) 중 재화 또는 용역의 공급에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 지원하는 운영비 및 기타 비용 재정지원금은「부가가치세법」제29조제5항제4호에 따라 공급가액에 포함하지 아니하는 국고보조금에 해당하는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ★★(주)(이하 ⁠“신청법인”)는 2003.3.21. 환경부(이하 ⁠“주무관청”)와 수도권매립지 매립가스 자원화 민간투자 시설사업(이하 ⁠“본건사업”) 실시협약을 체결하여

  - 수도권매립지(제1, 2매립장) 폐기물 매립과정 중 발생되는 매립가스 이용, 악취저감 및 발전시설을 설치/운영하는 민간투자사업자임

 ○ 본건사업 개요

  ① 사업규모 : 매립가스를 이용한 50MW급 스팀터빈 발전시설 및 송전시설

  ② 관련근거 : ⁠「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 ⁠“민투법”) 및 민간투자시설사업 기본계획 고시(환경부 공고 제2000-000호, 2000.10.2.)

  ③ 사업방식 : 수익형민간투자사업(BTO방식)

  ④ 총투자비 : 000백만원(2001.5. 불변기준, 100% 민간투자)

  ⑤ 관리운영권 기간 : 2007.3.7.〜2018.3.6.

  ⑥ 주무관청 : 환경부

  ⑦ 사업시행자 : ★★(주)

 ○ 신청법인은 본건사업에 대한 실시협약 기간 중 황화수소(H₂S) 농도증가 및 주무관청의 특별법 시행 등으로 주무관청의 승인을 얻어 부대시설인 황산화물 전처리시설(이하 ⁠“쟁점 추가시설”)을 건설 및 준공하였음(사업자 선투자 후 환경부와 정산 및 총사업비 변경 등 추진 협의 사항)

  * 기존 실시협약에 따른 운영개시 이후 ⁠「수도권 대기환경 개선에 관한 특별법」제정과 「대기환경보전법 시행규칙」의 강화에 따라 변경된 법정 황산화물 배출기준을 준수하기 위하여 부대설비로 추가 설치한 환경오염 방지시설(1차 전처리시설 및 2차 전처리시설)을 말함

  - 1차 전처리시설 설치 : 2011.2.〜2012.12.

  - 2차 전처리시설 설치 : 2015.4.〜2016.8.

  - 폐수처리시설 설치 : 2016.9.〜2017.10.

 ○ 주무관청과 신청법인 간의 쟁점 추가시설에 대한 투자비 및 운영비의 협상, 재정지원 절차, 쟁점 추가시설 기부채납 등 조건에 대한 민간투자사업 실시협약 변경절차 진행과정 중

  - 본건사업 실시협약상 운영기간이 종료됨(2018.3.6.)에 따라 민투법에 따른 사업시행자의 지위가 종료됨

 ○ 주무관청과 신청법인은 기존 민간투자사업 실시협약 기간 중에 발생된 쟁점 추가시설에 대해 기부채납 및 재정지원 등 기존 민간투자 사업의 정산을 위한 부속협약서를 체결하고

  - 2018.6월에 쟁점 추가시설 기부채납을 추진할 예정임

 ○ 쟁점 추가시설 추진경과

  ① 2016.2. 황산화물전처리시설 추가비용 산정용역 완료

  ② 2017.6. 민간투자사업 PIMAC(공공투자관리센터)^* 적격성 재조사 완료

    * 사회기반시설에 대한 투자의 검토, 사업타당성의 분석, 사업계획의 평가 등의 지원업무를 종합적으로 수행하기 위하여 설립된 국무조정실 산하 경제인문사회연구회 한국개발연구원 부설기관

    * 총사업비 : 조사비, 공사비, 부대비(감리, 용역) 등으로 구성

    ** 운영비 : 인건비, 제경비, 유형자산 대체비, 유지관리비 등으로 구성

  ③ 2017.12. 환경부-사업자간 재정지원 및 실시협약 변경(안) 협상 완료

    * 기타 : 실시협약 제40조에 따른 전력판매수입정산(MRG) 재정지원금 등

  ④ 2018.2. 민간투자심의 PIMAC 검토 및 기획재정부 협의 실시

  ⑤ 2018.3.6. 민간투자사업 실시협약 운영기간 만료

  ⑥ 2018.5.8. 환경부-사업자간 민간투자사업 정산 위한 부속협약서 체결

 ○ 쟁점 추가시설 설치․운영에 따른 재정지원 협의 내용

  - 부속협약서 체결 이후 신청법인은 주무관청에 추가시설에 대한 기부채납 시행, 주무관청은 추가시설 설치비 및 운영비 등에 대한 재정지원 실시

  - 재정지원금액(총사업비 + 운영비 + 기타비용) : 38,607백만원(2001.5. 불변가격 기준)

  - 재정지원 예상시기 : 2020.1월 말

 ○ 주무관청인 환경부는 수도권매립지 매립가스자원화 시설은 민투법 제15조에 따라 민간투자 사업의 실시계획 승인 및 고시를 거쳐 건설된 시설이며

  - 사업진행 중 법령의 제․개정 등의 사유로 추가된 황산화물 전처리시설은 환경부와 사업시행자 간 민간투자사업으로 추진하기 위하여 관련규정에 따라 적격성 재조사, 실시협상 등을 추진한 사항으로서 민간투자사업의 범위에 포함된다는 의견임(환경부 폐자원에너지과-1046, 2018.5.28. 공문내용)

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의1) 민투법에 따른 사업시행자가 국가에 사회기반시설을 기부채납완료한 후, 민간투자사업 실시협약 운영기간 중에 특별법 시행 등으로 주무관청의 승인을 받아 부대시설인 추가시설을 건설 및 준공하여 기부채납하는 경우

  - 쟁점 추가시설물의 공급에 대하여 영의 세율을 적용할 수 있는지 여부

 ○ ⁠(질의2) 쟁점 추가시설 건설 및 운영에 따라 국가가 사업시행자에게 지급하는 재정지원금(총사업비, 운영비, 기타비용) 중 운영비와 기타비용 지원금을 공급가액에 포함하지 아니하는 국고보조금으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

  3의2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제7호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. "사회기반시설"이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 해당 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

   카. 「폐기물관리법」 제2조제8호에 따른 폐기물처리시설

  2. "사회기반시설사업"이란 사회기반시설의 신설ㆍ증설ㆍ개량 또는 운영에 관한 사업을 말한다.

  5. "민간투자사업"이란 제9조에 따라 민간부문이 제안하는 사업 또는 제10조에 따른 민간투자시설사업기본계획에 따라 제7호에 따른 사업시행자가 시행하는 사회기반시설사업을 말한다. 다만, 「국가재정법」 제23조에 따른 계속비에 의한 정부발주사업 중 초과시공(국가와 계약상대자가 미리 협의한 한도액 범위에서 해당 연도 사업비를 초과하여 시공하는 것을 말한다. 이하 같다)되는 부분은 민간투자사업으로 본다.

  7. "사업시행자"란 공공부문 외의 자로서 이 법에 따라 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조【민간투자사업의 추진방식】

   민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

  1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제5조【민간투자사업심의위원회의 설치】

   민간투자사업에 관한 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 민간투자사업심의위원회(이하 "심의위원회"라 한다)를 둔다.

  1. 사회기반시설에 대한 민간투자와 관련된 주요 정책의 수립에 관한 사항

  2. 제7조에 따른 민간투자사업기본계획의 수립 및 변경에 관한 사항

  3. 제8조의2에 따른 민간투자대상사업의 지정에 관한 사항

  4. 제10조제2항 본문에 따른 시설사업기본계획의 수립 및 변경에 관한 사항

  10. 그 밖에 민간투자사업을 원활하게 추진하기 위하여 기획재정부장관이 심의위원회의 회의에 부치는 사항

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제7조【민간투자사업기본계획의 수립ㆍ공고 등】

 ① 정부는 국토의 균형개발과 산업의 경쟁력 강화 및 국민생활의 편익 증진을 도모할 수 있도록 사회기반시설에 대한 민간투자사업기본계획을 수립하고, 이를 공고(인터넷에 게재하는 방식에 의하는 경우를 포함한다)하여야 한다. 공고한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

 ③ 민간투자사업기본계획의 수립ㆍ변경 및 확정 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제5조【민간투자사업기본계획의 수립절차】

 ① 법 제7조제1항에 따른 민간투자사업기본계획(이하 "민간투자사업기본계획"이라 한다)은 기획재정부장관이 관계 중앙행정기관의 장과 협의하고 심의위원회의 심의를 거쳐 수립한다. 수립한 민간투자사업기본계획을 변경(심의위원회가 정한 경미한 사항의 변경은 제외한다)하려는 경우에도 또한 같다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제10조【민간투자시설사업기본계획의 수립 및 고시 등】

 ① 주무관청은 사회기반시설사업의 추진을 위하여 민간부문의 투자가 필요하다고 인정할 때에는 해당 연도 대상사업으로 지정된 후 1년 이내에 민간투자사업기본계획에 따라 민간투자시설사업기본계획(이하 "시설사업기본계획"이라 한다)을 수립하여야 한다. 다만, 불가피한 사유가 있는 경우에는 1년의 범위에서 이를 연장할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 시설사업기본계획을 수립할 때 대통령령으로 정하는 일정요건에 해당하는 시설사업기본계획은 미리 심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. 이를 변경할 필요가 있는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ③ 주무관청은 제1항 및 제2항에 따라 시설사업기본계획을 수립 또는 변경하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 고시하여야 한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제8조【심의위원회의 심의를 거쳐야 하는 민간투자시설사업기본계획의 범위】

   법 제10조제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 일정요건에 해당하는 시설사업기본계획"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업의 민간투자시설사업기본계획(이하 "시설사업기본계획"이라 한다)을 말한다.

  3. 그 밖에 주무관청 또는 심의위원장이 심의위원회의 심의가 필요하다고 인정하는 사업

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제15조【실시계획의 승인 또는 변경승인 등】

 ① 사업시행자는 민간투자사업을 시행하기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업의 실시계획을 작성하여 주무관청의 승인을 받아야 한다. 승인받은 내용을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ② 주무관청은 제1항에 따라 실시계획을 승인하거나 변경하였을 때에는 이를 고시하여야 한다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제16조【실시계획의 승인】

 ① 사업시행자는 법 제15조제1항 본문에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받으려면 다음 각 호의 사항을 적은 실시계획 승인신청서를 주무관청에 제출하여야 한다.

  1. 사업을 시행하려는 위치 및 면적

  2. 공사의 시행방법 및 기술 관련 사항

  3. 공정별 공사시행계획(공구별·단계별로 분할시공하려는 경우에는 분할실시계획을 말한다)

  4. 필요토지의 확보 및 이용 계획

  5. 부대사업이 수반되는 경우 그 사업내용 및 실시계획

  6. 그 밖에 주무관청이 필요하다고 인정하는 사항

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가.

 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

  4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 제53조【재정지원】

   국가 또는 지방자치단체는 귀속시설사업을 원활하게 시행하기 위하여 필요하면 대통령령으로 정하는 경우에 한정하여 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다.

○ 사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령 제37조【재정지원】

 ① 국가나 지방자치단체는 법 제53조에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 심의위원회의 심의를 거쳐 시설의 건설 또는 운영기간 중 예산의 범위에서 사업시행자에게 보조금을 지급하거나 장기대부를 할 수 있다. 다만, 지방자치단체의 예산으로 보조금을 지급하거나 장기대부를 하는 경우 또는 국가의 보조금이 300억원 미만인 지방자치단체의 사업인 경우에는 심의위원회의 심의를 거치지 아니한다.

  2. 사용료를 적정 수준으로 유지하기 위하여 불가피한 경우

  4. 실제 운영수입(해당 시설의 수요량에 사용료를 곱한 금액을 말한다)이 실시협약에서 정한 추정 운영수입에 훨씬 못 미쳐 해당 시설의 운영이 어려운 경우

  5. 민간투자사업에 포함된 시설사업 중 그 자체만으로는 민간투자사업으로서의 수익성이 적으나 전체 사업과 함께 시행되면 공사기간이나 경비가 크게 줄어드는 등 사업의 효율성을 높일 수 있는 시설사업에 대하여 사전에 보조금의 지급 또는 장기대부가 이루어지지 아니하면 그 민간투자사업을 원활하게 시행하기가 어렵다고 판단되는 경우

○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. 보조금 이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여국가(「국가재정법」별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

출처 : 국세청 2018. 06. 28. 사전-2018-법령해석부가-0322[법령해석과-1812] | 국세법령정보시스템