요지

농협경제지주회사의 자회사가 산지농협으로부터 농산물을 구매하여 도시농협 등에 판매하는 경우로서 산지농협에 농산물의 창고 입고 및 상ㆍ하차용역 등 물류용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우 부가가치세가 면제되는 것임

회신

농협경제지주회사의 자회사가 산지농협으로부터 농산물을 구매하여 도시농협 등에 판매하는 경우로서 산지농협에 농산물의 창고 입고 및 상․하차용역 등 물류용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우 해당 용역은 ⁠「조세특례제한법」제106조제1항제6호 및 같은 법 시행령 제106조제8항에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.

1. 사실관계

○ 자문대상법인은 산지농협으로부터 농산물을 매입하여 도시농협으로 판매하는 농․축․수산물 도소매업을 주업종으로 하는 농협중앙회 손자회사(농협경제지주 자회사)로서

  - 산지농협으로부터 농산물 매입 시 농산물 매입총액에 대한 계산서를 수취하고 도시농협 등에 농산물 매출 시 농산물 매입가액에 이윤을 포함한 판매가에 대하여 계산서를 발급하고 있으며

  - 별도의 판매부를 두어 농산물의 자금결제 및 가격결정, 재고부담 등을 하고 있음

 ○ 또한, 자문대상법인은 산지농협으로부터 농산물 매입 시 산지농협을 대신하여 농산물의 창고입고 및 상․하차용역 등 물류용역(이하 ⁠“물류대행용역”)을 별도로 제공하고 이에 대한 물류수수료(4%)를 수취하고 있으며 해당 용역에 대하여는 계산서를 발급하고 있음

2. 질의내용

○ 농협경제지주 자회사가 산지농협으로부터 농산물을 구입하여 도시농협에 판매하는 경우로서 산지농협으로부터 농산물 매입 시 산지농협을 대신하여 농산물의 창고입고 및 상․하차용역 등 물류용역을 공급하는 경우 해당 용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  5. ⁠「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다)

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

  1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

  2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항에 규정된 사업

  3. 부동산임대업

  4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

  5. 수상오락서비스업

  6. 유원지ㆍ테마파크운영업

  7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제등】

 ① 영 제106조제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

[별표10] 정부업무대행단체의 면세사업

○ 농업협동조합법 제134조【사업】

 ① 중앙회는 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다. 다만, 제2호 및 제3호의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업은 농협경제지주회사 및 그 자회사가 수행하고, 제4호의2의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 금융사업과 관련된 사업은 농협금융지주회사 및 그 자회사가 수행한다.

  2. 농업경제사업

   가. 회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등의 사업

   나. 회원과 출자법인의 경제사업의 조성, 지원 및 지도

   다. 인삼 경작의 지도, 인삼류 제조 및 검사

   라. 산지 유통의 활성화 및 구조개선 사업

  3. 축산경제사업

   가. 회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등의 사업

   나. 회원과 출자법인의 경제사업의 조성, 지원 및 지도

   다. 가축의 개량·증식·방역 및 진료에 관한 사업

   라. 산지 유통의 활성화 및 구조개선 사업

  5. 국가나 공공단체가 위탁하거나 보조하는 사업

  6. 다른 법령에서 중앙회의 사업으로 정하는 사업

  7. 제1호부터 제6호까지의 사업과 관련되는 대외 무역

  8. 제1호부터 제7호까지의 사업과 관련되는 부대사업

  9. 제1호부터 제8호까지에서 규정한 사항 외에 중앙회의 설립 목적의 달성에 필요한 사업으로서 농림축산식품부장관의 승인을 받은 사업

○ 농업협동조합법 제161조의2【농협경제지주회사】

 ① 중앙회는 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업과 같은 항 제5호부터 제9호까지의 사업 중 농업경제와 축산경제에 관련된 사업 및 그 부대사업을 분리하여 농협경제지주회사를 설립한다. 이 경우 사업의 분리는 「상법」 제530조의12에 따른 회사의 분할로 보고, 사업의 분리 절차는 같은 법 제530조의3제1항, 제2항 및 제4항, 제530조의4부터 제530조의7까지, 제530조의9부터 제530조의11까지의 규정을 준용하되, 같은 법 제530조의3에 따라 준용되는 같은 법 제434조 중 "출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식 총수의 3분의 1 이상의 수"는 "대의원 과반수의 출석과 출석한 대의원 3분의 2 이상의 찬성"으로 본다.

 ② 농협경제지주회사는 농업경제와 축산경제와 관련된 사업 및 그 부대사업을 전문적이고 효율적으로 수행함으로써 시장 경쟁력을 제고하고, 농업인과 조합의 경제활동을 지원함으로써 그 경제적 지위의 향상을 촉진하며, 농업인과 조합원의 이익에 기여하여야 한다.

○ 농업협동조합법 제161조의4 【농협경제지주회사의 사업】

 ① 농협경제지주회사 및 그 자회사는 다음 각 호의 업무를 수행한다.

  1. 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업

  2. 제134조제1항제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업 및 그 부대사업

  3.~8. ⁠(생략)

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것

 ② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제14조【부수 재화 및 부수 용역의 공급】

 ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

  1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

  2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

출처 : 국세청 2019. 05. 05. 기준-2019-법령해석부가-0331[법령해석과-1132] | 국세법령정보시스템