요지

출자법인이 보유중인 비상장주식을 현물출자하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식만을 취득하는 경우 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식의 취득가액은 ｢법인세법 시행령｣ 제72조 제2항 제4호 가목에 따라 현물출자한 비상장주식의 시가로 산정하는 것입니다.

회신

출자법인이 보유중인 비상장주식을 현물출자하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식만을 취득하는 경우 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식의 취득가액은 ｢법인세법 시행령｣ 제72조 제2항 제4호 가목에 따라 현물출자한 비상장주식의 시가로 산정하는 것입니다.
현물출자한 비상장주식의 시가의 산정은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항에 따른 가격(이하 ⁠“시가”라 한다)으로 산정하되, 시가가 불분명한 경우에는 같은 조 제2항 제2호에 따라 산정하는 것이며, 귀 질의의 현물출자 시점 이전에 해당 비상장주식을 발행한 법인이 제3자 배정방식의 유상증자를 실시하면서 적용한 1주당 발행가액이 같은 조 제1항에 따른 시가에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항입니다.

1. 사실관계

○ 주식회사 ***(이하 ⁠“A법인”)는 바이오 의약품 연구개발업무를 영위할 목적으로 ’19.2월 설립된 비상장법인임

 - A법인의 법인주주인 질의법인은 다른 주주와 현물출자를 통하여 미국에 법인(이하 ⁠“B법인”, ⁠“피출자법인”)을 설립하고자 함

     * ’21년 말 기준 질의법인은 A법인 주식 중 10.36%보유

 - B법인은 A법인 주식의 현물출자에 의한 유상증자 방식으로 설립하고 A법인은 B법인의 완전자회사가 될 예정

                             ❚ 쟁점 현물출자 사실관계 ❚

○ A법인의 주식은 설립시점(’19.2월)부터 현재(’23.3월)까지 제3자간 또는 특수관계인간에 매매된 거래내역은 존재하지 않으나

  - ’19.6월 및 ’21.4월에 급성출혈치료용 약품 및 사업관련 비용에 소요되는 투자재원을 마련하기 위하여 제3자 배정방식의 유상증자(이하 ⁠“쟁점 유상증자”)로 다음과 같이 신주를 발행하였음

2. 질의내용

○ 질의법인(출자법인)이 B법인(피출자법인)에 현물출자 시 A법인 주식(비상장주식)의 시가 산정

  - ⁠(갑설) 가장 최근(’21.4월)의 유상증자가액

  - ⁠(을설) 두 차례 유상증자가액의 평균액

  - ⁠(병설) ｢상속세 및 증여세법｣에 따라 평가한 보충적 평가액

3. 관련법령

○ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

 1의2. 내국법인이 외국자회사를 인수하여 취득한 주식등으로서 대통령령으로 정하는 주식등: 제18조의4에 따라 익금불산입된 수입배당금액, 인수 시점의 외국자회사의 이익잉여금 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액

 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

 3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  가. 출자법인(법 제47조의2제1항제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자를 포함하며, 이하 "출자법인등"이라 한다)이 현물출자로 인하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식등만 취득하는 현물출자의 경우 : 현물출자한 순자산의 시가

  나. 그 밖의 경우: 해당 주식등의 시가

 7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」 제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

 1. ⁠「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

○ 법인세법 기본통칙 2-2…3 【 현물출자법인과의 특수관계 해당여부 】

 법인이 현물출자를 통해 새로운 법인을 설립하는 경우 해당 법인과 신설법인간에는 영 제2조 제5항에서 규정하는 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자에 해당된다.

○ 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

 1. 주식등의 평가

  가. ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

  나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식등의 평가】

① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조제1항제1호나목의 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호 마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

 1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

 2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 「법인세법」 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.

 3. 법인의 자산총액 중 「소득세법」 제94조제1항제4호다목1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

 4. 삭제

 5. 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

 6. 법인의 설립 시 정관에 존속기한이 확정된 법인으로서 평가기준일 현재 잔여 존속기한이 3년 이내인 법인의 주식등

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)에 해당 주식등

   1) 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액

   2) 해당 법인이 직접 또는 간접으로 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.

○ 상법 제330조 【액면미달발행의 제한】

 주식은 액면미달의 가액으로 발행하지 못한다. 그러나 제417조의 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 상법 제416조 【발행사항의 결정】

 회사가 그 성립 후에 주식을 발행하는 경우에는 다음의 사항으로서 정관에 규정이 없는 것은 이사회가 결정한다. 다만, 이 법에 다른 규정이 있거나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 상법 제418조 【신주인수권의 내용 및 배정일의 지정ㆍ공고】

① 주주는 그가 가진 주식 수에 따라서 신주의 배정을 받을 권리가 있다.

② 회사는 제1항의 규정에 불구하고 정관에 정하는 바에 따라 주주 외의 자에게 신주를 배정할 수 있다. 다만, 이 경우에는 신기술의 도입, 재무구조의 개선 등 회사의 경영상 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우에 한한다.

③ 회사는 일정한 날을 정하여 그 날에 주주명부에 기재된 주주가 제1항의 권리를 가진다는 뜻과 신주인수권을 양도할 수 있을 경우에는 그 뜻을 그 날의 2주간전에 공고하여야 한다. 그러나 그 날이 제354조제1항의 기간 중인 때에는 그 기간의 초일의 2주간전에 이를 공고하여야 한다.

④ 제2항에 따라 주주 외의 자에게 신주를 배정하는 경우 회사는 제416조제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호 및 제4호에서 정하는 사항을 그 납입기일의 2주 전까지 주주에게 통지하거나 공고하여야 한다.

○ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "특수관계"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계를 말하며, 그 세부 기준은 대통령령으로 정한다.

가. 거래 당사자 중 어느 한쪽이 다른 쪽의 의결권 있는 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)의 50퍼센트 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 경우 그 거래 당사자 간의 관계

나. 제3자와 그 친족 등 대통령령으로 정하는 자가 거래 당사자 양쪽의 의결권 있는 주식의 50퍼센트 이상을 직접 또는 간접으로 각각 소유하고 있는 경우 그 거래 당사자 간의 관계

다. 거래 당사자 간에 자본의 출자관계, 재화ㆍ용역의 거래관계, 금전의 대차관계 등에 따라 소득을 조정할 만한 공통의 이해관계가 있고, 거래 당사자 중 어느 한쪽이 다른 쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 거래 당사자 간의 관계

라. 거래 당사자 간에 자본의 출자관계, 재화ㆍ용역의 거래관계, 금전의 대차관계 등에 따라 소득을 조정할 만한 공통의 이해관계가 있고, 제3자가 거래 당사자 양쪽의 사업 방침을 실질적으로 결정할 수 있는 경우 그 거래 당사자 간의 관계

○ 국제조세조정에 관한 법률 제4조 【다른 법률과의 관계】

① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.

② 국제거래에 대해서는 「소득세법」 제41조와 「법인세법」 제52조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.

○ 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조 【부당행위계산 부인의 적용 범위】

 법 제4조제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산의 증여 등"이란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 1. 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우

 2. 수익이 없는 자산을 매입하거나 현물출자를 받는 경우 또는 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

 3. 출연금을 대신 부담하는 경우

 4. 그 밖의 자본거래로서 「법인세법 시행령」 제88조제1항제8호 각 목의 어느 하나 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 경우

출처 : 국세청 2023. 04. 07. 서면-2023-법인-0565[법인세과-546] | 국세법령정보시스템