요지

동일한 보세구역 내에서의 선하증권의 매매는 재화의 공급에 해당하며 공통매입세액 안분계산 대상인 ⁠‘면세사업등’에 해당하지 않는 것임

회신

부가가치세 과세대상 물품을 수입․판매하는 법인이 보세구역 내에서 선하증권을 다른 사업자에게 양도하고 이를 양수한 사업자가 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받는 경우로서 선하증권의 양도거래는 과세대상 재화의 공급에 해당하며 ⁠「부가가치세법」제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따른 공통매입세액 안분계산 대상인 ⁠‘면세사업등’에 해당하지 않는 것입니다.

 질의요지

○ 부가가치세 과세대상 재화를 수입․판매하는 법인이 보세구역 내에서 선하증권을 다른 법인에게 양도하고 양수법인이 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받는 경우로서

 - 양도법인이 양수법인에게 ⁠(세금)계산서를 발급하거나 선하증권 공급가액과 수입세금계산서의 공급가액이 동일하여 발급하지 않는 경우에 선하증권 양도거래가 공통매입세액 안분계산대상이 되는지

 사실관계

○ 질의법인(이하‘A법인’)은 일본의 ⁠‘갑’법인으로부터 화학제품(***)을 구매하여 국내 ⁠‘을’법인에게 판매하는 법인임

○ A법인이 갑법인으로부터 구매한 화학제품이 일본에서 운송되어 한국 내 보세구역에 도착하면 A법인은 보세구역 내에서 선하증권을 국내의 ⁠‘을’법인에게 양도하고

 - ⁠‘을’법인은 보세구역으로부터 화학제품을 반입하면서 수입통관절차를 이행하는 과정에서 세관장으로부터 ⁠‘을’법인 명의의 수입세금계산서를 발급받고 있으며

 - A법인은 양도한 선하증권의 공급가액과 ⁠‘을’법인이 발급받은 수입세금계산서의 공급가액이 동일하여 「부가가치세법 시행령」 제61조제2항제5호에 따라 세금계산서를 발급하지 않고 있음

 관련법령

○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】

  ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

  ② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

  ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  ⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】

  사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】

  ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

○ 부가가치세법 제58조 【징수】

  ② 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 ⁠「관세법」에 따라 징수한다.

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

  ② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

   5. 사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고, 그 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우: 그 재화의 공급가액에서 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액. 다만, 세관장이 법 제58조제2항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 선하증권의 양수인으로부터 받은 대가를 공급가액으로 할 수 있다.

○ 부가가치세법 기본통칙 9-18-7 【보세구역에 대한 부가가치세 적용】

  ① 보세구역(「관세법」에 따른 보세구역 및 ⁠「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따른 자유무역지역)에 관련된 ⁠「부가가치세법」적용은 다음과 같이 한다.

   2. 동일한 보세구역 내에서 재화를 공급하거나 용역을 제공하는 것은 재화의 공급 또는 용역의 제공에 해당한다.

   4. 사업자가 보세구역 내에서 보세구역 외의 국내에 재화를 공급하는 경우에 공급가액 중 관세가 과세되는 부분에 대하여는 세관장이 부가가치세를 거래징수하고 수입세금계산서를 발급하며 공급가액 중 관세의 과세가격과 관세ㆍ개별소비세ㆍ주세ㆍ교육세ㆍ교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 농어촌특별세의 합계액을 뺀 잔액에 대하여는 재화를 공급하는 사업자가 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 발급하여야 한다. 다만 영 제61조제1항제5호 단서에 해당하는 때에는 그 선하증권의 공급가액 전체에 대하여 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 발급할 수 있다.

○ 법인세법 제121조【계산서의 작성․발급 등】

  ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

  ⑥ ⁠「부가가치세법」에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출한 분(分)에 대하여는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서등을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별 계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

○ 상법 제129조【화물상환증의 상환증권성】

  화물상환증을 작성한 경우에는 이와 상환하지 아니하면 운송물의 인도를 청구할 수 없다.

○ 상법 제133조【화물상환증 교부의 물권적 효력】

  화물상환증에 의하여 운송물을 받을 수 있는 자에게 화물상환증을 교부한 때에는 운송물 위에 행사하는 권리의 취득에 관하여 운송물을 인도한 것과 동일한 효력이 있다.

출처 : 국세청 2020. 06. 12. 서면-2020-법령해석부가-0642[법령해석과-1813] | 국세법령정보시스템