요지

공익사업을 위하여 수용되는 경우로서 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 수용재결이 이루어졌으나 조정대상지역의 공고가 있은 날 후에 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 도래하는 주택은 중과배제 대상에 해당하지 않음

회신

귀 과세기준자문 신청의 경우, ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우로서 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 수용재결이 이루어졌으나 조정대상지역의 공고가 있은 날 후에 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 도래하는 주택은 ｢소득세법 시행령｣(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제167의10제1항제11호에 해당하지 않는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ 갑(이하 ⁠“청구인”)은 2020.7.2. ⁠‘□□□시 △△△구 ▽▽동 ***-*’ 소재 건물 및 토지(이하 ⁠“쟁점주택”)를 △△△주택재개발정비사업조합에 수용을 원인으로 양도하고,

  - 양도가액 ***,***천원(이하 ⁠“보상금”), 취득가액 **,***천원, 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준 ***,***천원을 산출하고 일반세율을 적용하여 산출세액 **,***천원, 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면세액 *,***천원을 차감하여 양도소득세를 신고함

 ○ ◎◎세무서장(이하 ⁠“처분청”)은 쟁점주택 양도일 현재 청구인과 동일세대원인 배우자가 각각 1주택을 보유한 1세대2주택자에 해당하고, 쟁점주택 소재지가 2020.6.19. 조정대상지역으로 지정된 사실을 확인하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세 **,***,***원을 결정고지함

 ○ 청구인은 쟁점주택은 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 따라 2020.7.2.을 수용개시일로 하여 양도된 것으로 조정대상지역 공고 이전인 2020.5.8. 수용위원회의 재결이 있은 후 2020.7.7. 보상금 전액을 법 절차에 따라 수령하였으므로

  - ｢소득세법 시행령｣ 제167조의10 제1항 제11호 법취지에 따라 조정대상지역 지정 이전에 매매계약된 것으로 보아 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위에서 제외하는 것이 타당하다고 주장하며 불복을 제기함

2. 질의내용

 ○ 조정대상지역의 지정공고 이전에 주택재개발 사업의 수용재결이 있었던 경우, ｢소득세법 시행령｣ 제167조의10 제1항 제11호 규정을 적용하여 양도소득세가 중과되는 1세대2주택의 범위에서 제외할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제104조(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같음)【양도소득세의 세율】

 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

  1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령으로 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택

  2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

  3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

  4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

○ 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

  1. 수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, ｢지방자치법｣ 제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 ｢세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법｣ 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

  2.～4. ⁠(생략)

  5. ｢조세특례제한법｣ 제77조, 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지, 제99조, 제99조의2 및 제99조의3에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

  6. 제155조제6항제1호에 해당하는 문화재주택

  7. 제155조제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

  8. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택

  8의2. 1세대의 구성원이 ｢영유아보육법｣ 제13조제1항에 따라 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상(이하 이 조에서 "의무사용기간"이라 한다) 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택

  9. 삭제

  10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

  11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

  12. 법 제95조제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택

  13. 제155조 또는 ｢조세특례제한법｣에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택

○ 소득세법 시행령 부칙

 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호에서 정한 날부터 시행한다.

 1. 제159조의2제1항제2호 및 제161조의2제4항의 개정규정: 2021년 4월 1일

 2.～5. ⁠(생략)

제2조(일반적 적용례)

 ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.

 ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

○ 소득세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

  1. ｢수도권정비계획법｣ 제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, ｢지방자치법｣ 제3조제3항·제4항에 따른 읍·면 및 ｢세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법｣ 제6조제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

  2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

  3.～10. ⁠(생략)

  11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

  12. 법 제95조제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택

 ② 제1항을 적용할 때 제167조의3제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.

○ 조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, ｢공공주택 특별법｣ 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  2. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

  3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

○ 국토교통부공고제2020-828호

 ｢주택법｣ 제63조의2 제4항의 규정에 따라 다음과 같이 조정대상지역 지정을 공고합니다.

 2020년 6월 19일

        국토교통부장관

조정대상지역 지정

1. 대상지역 : 경기도 고양시, 남양주시(화도읍, 수동면 및 조안면 제외), 군포시, 안성시(일죽면, 죽산면 죽산리․용설리․장계리․매산리․장릉리․장원리․두현리 및 삼죽면 용월리․덕산리․율곡리․내장리․배태리 제외), 부천시, 안산시, 시흥시, 용인시 처인구(포곡읍, 모현면, 백암면, 양지면 및 원삼면 가재월리․사암리․미평리․좌항리․맹리․두창리 제외), 오산시, 평택시, 광주시(초월읍, 곤지암읍, 도척면, 퇴촌면, 남종면 및 남한산성면 제외), 양주시, 의정부시, 인천광역시 중구, 동구, 미추홀구, 연수구, 남동구, 부평구, 계양구, 서구, 대전광역시 동구, 중구, 서구, 유성구, 대덕구, 충청북도 청주시(낭성면, 미원면, 가덕면, 남일면, 문의면, 남이면, 현도면, 강내면, 옥산면, 내수읍 및 북이면 제외)

2. 지정기간 : 2020.6.19. ～ 지정 해제시까지

3. 지정효력

 ○ ｢주택법｣ 제64조에 따른 분양권 전매 제한

 ○ 기타 조정대상지역 지정에 따라 관련법령 및 규정에서 정하는 사항

4. 효력발생시기 : 이 공고문은 공고한 날부터 효력을 발생한다.

출처 : 국세청 2021. 03. 12. 기준-2021-법령해석재산-0033[법령해석과-848] | 국세법령정보시스템