요지

근로소득 발생 및 범위 관련 당사자 간 다툼에 대한 법률적 판단에 근거하여 근로소득의 지급의무가 확정되거나 이에 준하는 사유가 있는 경우, 소득세법 제127조에 따라 소득의 지급시기에 원천징수시기가 도래하는 것입니다.

답변내용

귀 사전답변에 대하여는 기획재정부의 해석(기획재정부 조세법령운용과-599, 2020.5.13.)을 참고하시기 바랍니다.

근로소득 발생 및 범위 관련 당사자 간 다툼에 대한 법률적 판단에 근거하여 근로소득의 지급의무가 확정되거나 이에 준하는 사유가 있는 경우, 소득세법 제127조에 따라 소득의 지급시기에 원천징수시기가 도래하는 것입니다. 다만, 사용자가 주의를 기울이면 근로소득의 지급의무가 있음을 충분히 알 수 있었음에도 부주의, 오인 등으로 늦게 지급한 경우 원천징수의무자는 소득세법 제135조에 따라 원천징수하여야 하는 것이며, 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○ 질의법인은 소속 근로자에게 사용하지 아니한 연차, 주휴일에 대한 수당을 지급하지 아니하여 왔으나

  - 최근 과거 3년간의 미지급한 연차수당, 주휴수당을 지급하기로 합의하고 미지급된 수당을 지급하면서

  - 원천세이행상황신고서와 근로소득지급명세서를 수정하여 제출하면서 과소납부한 세액을 납부함

2. 질의내용

 ○위 사실관계에서 해당 소득에 대한 원천징수시기

3. 관련법령

○ 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

 ④ 다음 각 호의 국세는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

  2. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

○ 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】

 ③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

   1. 원천징수하는 소득세·법인세: 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

○ 소득세법 제134조 【근로소득에 대한 원천징수시기 및 방법】

 ② 원천징수의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 제137조, 제137조의2 또는 제138조에 따라 소득세를 원천징수하며, 제1호의 경우 다음 연도 2월분의 근로소득에 대해서는 제1항에서 규정하는 바에 따라 소득세를 원천징수한다.

  1. 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때(2월분의 근로소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 근로소득이 없는 경우에는 2월 말일로 한다. 이하 같다)

  2. 퇴직자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때

○ 소득세법 제135조 【근로소득 원천징수시기에 대한 특례】

 ① 근로소득을 지급하여야 할 원천징수의무자가 1월부터 11월까지의 근로소득을 해당 과세기간의 12월 31일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득을 12월 31일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

 ② 원천징수의무자가 12월분의 근로소득을 다음 연도 2월 말일까지 지급하지 아니한 경우에는 그 근로소득을 다음 연도 2월 말일에 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

 ④ 「법인세법」 제67조에 따라 처분되는 상여에 대한 소득세의 원천징수시기에 관하여는 제131조제2항을 준용한다.

○ 소득세법 제131조 【이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례】

 ② 「법인세법」 제67조에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

  1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우: 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날

  2. 법인세 과세표준을 신고하는 경우: 그 신고일 또는 수정신고일

○ 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】

 ① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세(이하 이 조에서 "추가 납부세액"이라 한다)를 원천징수한다.

  1. 근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

  2. 제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

  3. 제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

○ 국세기본법 제47조의5 【원천징수납부 등 불성실가산세】

 ① 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액(제2항제2호의 경우에는 징수한 세액)을 세법에 따른 납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

  1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액

  2. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

 ② 제1항에서 "국세를 징수하여 납부할 의무"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 의무를 말한다.

  1. 「소득세법」 또는 ⁠「법인세법」에 따라 소득세 또는 법인세를 원천징수하여 납부할 의무

  2. 「소득세법」 제149조에 따른 납세조합이 같은 법 제150조부터 제152조까지의 규정에 따라 소득세를 징수하여 납부할 의무

  3. 「부가가치세법」 제52조에 따라 용역등을 공급받는 자가 부가가치세를 징수하여 납부할 의무

○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

  1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

  2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

  3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

  1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

   가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

   나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

   다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액

○ 국세기본법 시행령 제28조 【가산세의 감면 등】

 ① 법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

  2. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, ⁠「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시·군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

  2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

  3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

 ③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 시행령 제25조 【과세표준수정신고】

 ② 법 제45조제1항제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

  1. 원천징수의무자가 정산 과정에서 「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것

  2. 세무조정 과정에서 「법인세법」 제36조제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 것

  3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것

○ 국세기본법 제46조 【추가자진납부】

 ① 세법에 따라 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정된 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미치지 못할 때에는 그 부족한 금액과 이 법 또는 세법에서 정하는 가산세를 추가하여 납부하여야 한다.

○ 소득세법 기본통칙 20-38…3【 부당해고기간의 급여에 대한 소득구분과 귀속연도 】

 ① 근로자가 법원의 판결ㆍ화해 등에 의하여 부당 해고기간의 급여를 일시에 지급받는 경우에는 해고기간에 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로 본다.

 ② 제1항의 근로소득에 대하여 당해 원천징수의무자가 다음 각호의 규정에 따라 원천징수를 하는 경우에는 법 제134조 제2항의 규정에 준하여 기한 내에 원천징수한 것으로 본다.

  1. 법원의 판결․화해 등 당해 과세기간경과 후에 있는 경우에는 그 판결․화해 등이 있는 날의 다음달 말일까지 법 제137조 제1항에 따라 연말정산하는 때

  2. 법원의 판결․화해 등이 당해 근로소득이 귀속하는 과세기간의 종료일 전에 있는 경우에는 법 제134조 제1항 또는 제2항에 따라 원천징수하는 때

출처 : 국세청 2020. 05. 21. 사전-2019-법령해석소득-0510[법령해석과-1501] | 국세법령정보시스템