요지

매입임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우 조세특례제한법 제97조의4에 따른 임대기간은 매입임대주택의 임대개시일이며, 다가구주택의 임대호수, 임대기간, 국민주택 규모 및 기준시가 요건은 독립하여 거주할 수 있도록 구획도니 부분을 기준으로 판단하는 것임

회신

「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 舊「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 같은 법 제2조제3호에 따른 매입임대주택으로 등록한 경우로서 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제5호의 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 경우 ⁠「조세특례제한법」제97의4에 따른 임대기간은 ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 舊「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자등록을 하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보아 계산하는 것이며,이 경우 다가구주택의 임대호수, 임대기간, 국민주택 규모 및 기준시가 요건을 적용할 때에는 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 장기임대주택 해당 여부를 판단하는 것입니다.

1. 사실관계

    ⁠[A주택은 소득령§167의3①(2)에 따른 요건은 모두 충족한 것으로 전제]

2. 질의요지

  -조특법 §97의4 특례* 적용과 관련하여, 다가구주택을 하나의 매매단위로 양도하는 경우 주택 규모 및 기준시가의 소득령 §167조의3① 충족 여부 및 중간에 임대 유형을 전환한 경우 임대기간 요건 충족 여부

   * 장기임대주택에 대한 양도세 과세특례를 적용받기 위해서는 ⁠“소득령 §167조의3①에 따른 임대주택을 6년 이상 임대”한 후 양도하여야 함

3. 관련 조세 법령 ⁠(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 거주자 또는 비거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택, 「공공주택 특별법」 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ② 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례의 적용신청을 하여야 한다.

 ③ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제97조의4【장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례】

 ① 법 제97조의4제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「소득세법 시행령」 제167조의3제1항제2호가목 및 다목에 따른 장기임대주택(「소득세법」 제1조의2제1항제2호에 따른 비거주자가 소유한 주택을 포함하며, 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 말한다.

 ② 법 제97조의4제1항을 적용할 때 장기임대주택의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하거나, 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로 지정되어 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

 ③ 법 제97조의4제2항에 따라 과세특례의 적용신청을 하려는 자는 해당 장기임대주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항, 제4항 및 제6항을 준용한다.

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

 ⑮ 제154조제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

 ① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

  2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

   가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

   다. ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한정한다.

민간임대주택에 관한 특별법>

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】

 2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

  가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

  나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

 3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

○ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조【임대사업자의 등록】

 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

  1. 삭제

  2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

  3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

 ③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

 ④ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제3항에 따른 신고를 받은 날부터 7일 이내에 신고수리 여부를 신고인에게 통지하여야 한다.

 ⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제4항에서 정한 기간 내에 신고수리 여부 또는 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간의 연장을 신고인에게 통지하지 아니하면 그 기간(민원 처리 관련 법령에 따라 처리기간이 연장 또는 재연장된 경우에는 해당 처리기간을 말한다)이 끝난 날의 다음 날에 신고를 수리한 것으로 본다.

 ⑥ 제1항부터 제5항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑦ 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 제1항에 따라 등록신청을 받은 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 해당 등록신청을 거부할 수 있다.

  1. 해당 신청인의 신용도, 신청 임대주택의 부채비율(등록 시 존속 중인 임대차계약이 없는 경우에는 등록을 신청하려는 자로부터 등록 이후 책정하려는 임대차계약의 임대보증금의 상한을 제출받아 산정한다) 등을 고려하여 제49조에 따른 임대보증금 보증 가입이 현저히 곤란하다고 판단되는 경우

  2. 해당 주택이 「도시 및 주거환경정비법」 제2조제2호에 따른 정비사업 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조제1항제3호에 따른 소규모주택정비사업으로 인하여 제43조의 임대의무기간 내 멸실 우려가 있다고 판단되는 경우

  3. 해당 신청인의 국세 또는 지방세 체납 기간, 금액 등을 고려할 때 임차인에 대한 보증금반환채무의 이행이 현저히 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ ⁠(舊) 임대주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

 ① 대통령령으로 정하는 호수(戶數) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.

 ③ 제1항과 제2항에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

공공주택 특별법>

○ 공공주택 특별법 제2조 【정의】

 1의2. "공공건설임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하여 공급하는 공공임대주택을 말한다.

 1의3. "공공매입임대주택"이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다.

4. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

□ 부동산거래관리과-49, 2012.1.25.

 다가구주택(「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에 해당하는 것)은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 주택 규모 및 기준시가 요건 등을 적용하여 장기임대주택 해당 여부를 판단하는 것입니다.

□ 부동산거래관리과-1011, 2010.8.2.

 귀 질의의 경우,「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호 가목을 적용함에 있어서 다가구주택(「건축법 시행령」별표1 제1호 다목에 해당하는 것)은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 임대호수, 국민주택 규모, 임대기간 및 기준시가 3억원 이하에 해당하는지를 판단하는 것입니다.

□ 사전-2025-법규재산-0065, 2025.2.26.

 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 거주자가 주택을 ⁠「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 舊「임대주택법」(1997.03.01. 법률 제5228호로 개정된 것, 이하 같음) 제6조에 따른 임대사업자등록을 하고 같은 법 제2조제3호에 따른 매입임대주택으로 등록한 경우로서 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」(2017.01.17. 법률 제14542호로 개정된 것) 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제5호의 준공공임대주택으로 변경신고한 경우 ⁠「조세특례제한법」제97의4에 따른 임대기간은「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 舊「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자등록을 하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보아 계산하는 것입니다.

출처 : 국세청 2025. 04. 24. 서면-2024-부동산-0180 | 국세법령정보시스템