요지

관계기업에 속하는 법인으로서「중소기업기본법 시행령」(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제7조의4에 따라 산정한 자본금이 같은 법 시행령 별표1의 금액을 초과하는 경우 해당 법인은「조세특례제한법 시행령」(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)제2조에 따른 중소기업에 해당하지 않는 것임

회신

귀 질의의 경우 관계기업에 속하는 법인으로서「중소기업기본법 시행령」(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제7조의4에 따라 산정한 자본금이 같은 법 시행령 별표1의 금액을 초과하는 경우 해당 법인은「조세특례제한법 시행령」(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)제2조에 따른 중소기업에 해당하지 않는 것이며, 같은법 시행령 제2조제2항 단서에 따라 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하는 것입니다.

1. 사실관계

○○○○○○○㈜(이하 ⁠‘지배기업’)는 ’10년까지 중소기업에 해당하였다가

  - ’11년말 자본금이 舊「중소기업기본법 시행령」(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 별표1의 금액을 초과하여 중소기업 규모 기준 미충족으로 ’11년부터 중소기업에 해당하지 아니하여

  - ’11년∼’14년간 중소기업 유예기간 적용 예정이었음

  - 이후 지배기업은 중소기업 유예기간 중인 ’12.1월에 질의법인의 지분 100%를 취득함

  - 이에 지배기업은 관계기업의 자본금이 규모기준을 초과하여 중소기업 독립성 기준을 충족하지 못함에 따라

  - 舊「조세특례제한법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특령’) 제2조제2항제3호에 따라 중소기업 유예기간 적용을 중단함

○한편, 질의법인은 ’11년까지 중소기업에 해당하였다가 ’12년부터 지배기업의 자회사로 편입되면서

  - 지배기업과 마찬가지로 관계기업의 자본금이 규모기준을 초과하여 중소기업에서 해당하지 않는 것으로 판단하였고

  - 조특령 제2조제2항제3호에 따라 중소기업 유예기간도 적용하지 아니함

○중소기업 유예기간 중 독립성 기준을 미충족한 경우 잔여 유예기간 동안 중소기업을 적용받을 수 있다는 대법원 판례(대법원2016두33902, 2016.8.29.) 등이 생성됨에 따라

  - 지배기업이 유예기간 적용으로 중소기업에 해당하게 될 경우 종속기업의 중소기업 해당 여부에 대해 질의함

2. 질의내용

○ 관계기업 지배회사가 중소기업 유예기간 중 독립성 기준을 미충족한 경우

  - 종속회사의 중소기업 해당여부 판단

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것)

① ⁠「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, …(중략)… 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은
"「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. ⁠「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③～④ ⁠(생략)

○ 중소기업기본법 시행령 제3조【중소기업의 범위】(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항제1호나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

다.관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업
(이하 생략)

○ 중소기업기본법 시행령 제7조의4【관계기업의 평균매출액등의 산정】(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 평균매출액등의 산정은 별표 2에 따른다. 이 경우 평균매출액등은 제7조에 따라 산정한 지배기업과 종속기업 각각의 평균매출액등을 말한다.

② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

4. 관련사례

○ 대법원2016두33902, 2016.08.29.

 개정 조세특례제한법 시행령은 ⁠‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도, 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ⁠‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하다.

 또한 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ⁠‘중소기업’과 ⁠‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ⁠‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ⁠‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ⁠‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, 이러한 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ⁠‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다.

 이러한 사정들에 비추어 앞에서 본 조세특례제한법령의 관련 규정들을 살펴보면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ⁠‘중소기업’에는 이미 ⁠‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다

○ 대법원2016두53920, 2017.1.12.

 舊 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단의 기본적 성격을 ⁠‘제2조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업에게 부여된 유예기간을 실효시키는 규정’으로 해석하기 보다는 ⁠‘제2조 제2항 본문에 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업 중 제2조 제2항 단서 각 호의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업에게는 유예기간을 적용하지 아니함으로써, 유예기간을 부여하는 대상 기업의 범위를 제한하여 이를 축소하는 규정’으로 해석하는 것이 타당하고, 제2조 제2항 단서에서 말하는 중소기업에는 ⁠‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다. 따라서 원고가 이미 2009사업연도부터 2012사업연도까지 중소기업 유예기간의 적용을 받게 된 이상, 그 이후 관계회사 기준을 초과하게 되었다고 하더라도, 기존에 이미 원고에게 부여된 중소기업 유예기간은 실효되지 아니하여 원고는 2012사업연도에도 여전히 중소기업 유예기간의 적용을 받아 ⁠‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에 해당한다.

○ 조심2016중2352, 2017.6.21.

 「중소기업기본법」에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는 지 여부에 관한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ⁠‘중소기업’과 ⁠‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 '중소기업'이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ⁠‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ⁠‘유예기간 중에 있는 기업’ 이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점법인을 중소기업이 아닌 것으로 보아 증여세를 부과한 처분은 잘못이 있음

출처 : 국세청 2018. 05. 24. 서면-2018-법인-0666[법인세과-1242] | 국세법령정보시스템