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비영리내국법인 고정자산 처분, 3년 직접사용 인정범위

서면-2022-법인-2591[법인세과-320] · 2023. 03. 02.

질의 및 요약

Q질의내용

비영리내국법인이 보유한 고정자산을 처분할 때 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유가 있으면 법인세 과세여부에 영향을 미치는지 궁금합니다.

S요약

비영리내국법인이 고정자산을 처분할 때 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부가 법인세 과세 대상 판단의 핵심입니다. 이때 보유기간 중 부득이한 사유로 고유목적사업 사용이 중단된 사실은 법령 적용 시 고려되지 않음에 유의해야 합니다.

#비영리내국법인 #고정자산 #처분 #3년 직접사용 #고유목적사업 #법인세

핵심 정리

R회신 내용 서면-2022-법인-2591[법인세과-320] · 2023. 03. 02.

국세청 서면-2022-법인-2591[법인세과-320](2023-03-02) 회신에 따름
비영리내국법인이 고정자산을 처분 시 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용해야 하고, 처분일까지 중단 없이 계속 사용해야 합니다.
보유기간 중 부득이한 사유로 사용하지 못한 기간이 있더라도, 법령상 3년 연속 직접 사용 요건에 미치는 영향은 없음을 명확히 하였습니다.
따라서, 고유목적사업에 직접 사용하는 데 중대한 장애가 있었더라도 그 사실은 법인세법상 수익사업 제외 요건에는 고려되지 않음을 유념해야 합니다.
관련된 회신 사례(법인세과-50, 2010.1.15.) 역시 동일한 취지로, '부득이한 사유'는 고려대상이 아니라고 설명하였습니다.

L관련 법령 해석

법인세법 제4조(과세소득의 범위): 비영리내국법인은 원칙적으로 고정자산 처분수입이 수익사업에 해당. 단, 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분은 대통령령에서 정한 경우 과세 제외
법인세법 시행령 제3조 제2항: 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우 해당 처분수입은 수익사업 제외. 단, 일시적 수익 발생(관람료 등)은 부수수익으로 간주
3년 이상 계속하여 직접 사용 규정은 '중단 없이'라는 해석이 적용되며, 사용 중단 사유와 무관

사례 Q&A

1. 비영리법인이 고정자산 처분 시 3년 이상 직접 사용하지 못한 일이 있으면 법인세가 과세되나요?

답변

네, 3년 이상 연속하여 고유목적사업에 직접 사용해야만 과세 제외 혜택이 인정됩니다.

근거

국세청 회신에 따르면 중단 없이 3년 직접 사용이 요건이므로, 일시적인 미사용은 고려되지 않습니다.

2. 교회가 사택으로 쓰던 아파트를 2개월간 빈집으로 뒀다 처분하면 세금이 부과될까요?

답변

네, 부득이한 사유로 사용하지 못한 기간이 있으면 고유목적사업 3년 지속사용 요건을 충족하지 못한 것으로 판단될 수 있습니다.

근거

법인세법 시행령 및 국세청 유권해석에 따르면, 부득이한 사유는 고려되지 않음이 명시되어 있습니다.

3. 비영리내국법인 부동산의 3년 이상 직접사용 인정 여부 판단 기준은?

답변

핵심은 처분일로부터 과거 3년간 단절 없이 직접 고유목적사업에 자산을 사용했는지 여부입니다.

근거

국세청의 유권해석은 사용 중단 사유와 관계없이 중단 없는 사용여부만 판단 기준임을 명확히 하고 있습니다.

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

비영리내국법인의 고정자산이 처분일 현재 3년이상 계속 고유목적사업에 직접 사용여부를 판단함에 있어 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유발생은 동 규정 적용의 고려요소가 아님

회신

해당 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.
○법인세과-50, 2010.1.15.
비영리내국법인이 고정자산을 처분하여 생기는 수입은 수익사업에 해당하는 것이나, 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 것은 수익사업에 해당되지 않는 것임
위에서“3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용”이라 함은 처분일로부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우를 말하는 것이므로, 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유발생은 동 규정 적용의 고려요소가 아님

1. 사실관계

○ 대한예수교 장로회 AA교회(이하 ⁠“질의법인”)는 ｢국세기본법｣상 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 법인세법상 비영리내국법인임

- ’11.11월 질의법인은 서울특별시 OO구 소재 아파트(이하 ⁠“쟁점부동산”)를 취득하여 사택(담임목사 거주)으로 사용함

○ ’22.5월 담임목사의 건강상의 이유로 전세계약을 통해 사택 이전

- ’22.5월 담임목사는 주민등록 주소지를 쟁점부동산에서 전세계약을 체결한 부동산 소재지로 이전

- ’22.7월 질의법인은 양도가액 1,335백만원(잔금수령일 ’22.10.11)에 쟁점부동산을 양도하는 매매계약을 체결

2. 질의내용

○ 쟁점 부동산의 양도차익이 법인세 과세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

1. ~ 16. ⁠(생략)

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

출처 : 국세청 2023. 03. 02. 서면-2022-법인-2591[법인세과-320] | 국세법령정보시스템

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