요지

1세대가 일반주택(A), ⁠「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택(B), 신규주택(C)을 순차적으로 취득하여 농어촌주택(B)을 3년 이상 보유하고 농어촌주택(B) 취득 전에 보유하던 일반주택(A)을 양도하는 경우에는, 농어촌주택(B)을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 1세대가 일반주택(A), ⁠「조세특례제한법」제99조의4에 따른 농어촌주택(B), 신규주택(C)을 순차적으로 취득하여 농어촌주택(B)을 3년 이상 보유하고 농어촌주택(B) 취득 전에 보유하던 일반주택(A)을 양도하는 경우에는, 농어촌주택(B)을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용하는 것입니다.
아울러 일반주택(A) 취득일부터 1년 이상이 지난 후 신규주택(C)을 취득하고, 신규주택(C)을 취득한 날부터 3년 이내에 일반주택(A)을 양도하는 경우 이를 1세대1주택으로 보아「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것으로, 기존해석(기획재정부 재산세제과-512, 2021.5.25.)의 별첨 ⁠「세부 집행원칙」을 참고하시기 바랍니다.

1. 사실관계

○ ’11. 김해시 북부동 소재 A아파트 취득

○ ’17. 3월 김해시 한림면 소재 B주택 취득

  * 조특법§99의4①(1)의 요건은 충족한 것으로 전제함

○ ’19. 5월 김해시 내동 소재 C아파트 분양권 매입(비조정대상지역)

○ ’22. 3월 C아파트 취득 및 입주예정

○ C아파트 입주 후 A아파트 양도 예정

김해시는 조세특례제한법 시행령 별표12에 따른 시 지역에 해당하지 않음

2. 질의내용

○ 같은 시에 속한 농어촌주택이 소재한 읍·면과 일반주택이 소재한 시의 동지역이 연접한 경우 조특법§99의4 농어촌주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용여부 등

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제89조(2021.05.04., 법률 제31659호로 개정된 것) 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 시행령(2021.05.04., 법률 제31659호로 개정된 것) 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

□ 조세특례제한법 제99조의4【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "농어촌주택"이라 한다)

가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것

1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역

3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역

5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 "고향주택"이라 한다)

가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것

나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 ⁠(다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것

1) 수도권지역

2) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역

3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

② 삭제

③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

④ ∼⑦ ⁠(생략)

⑧ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제99조의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동을 말한다.

③ 법 제99조의4제1항제1호가목(1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다.

④ 법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다.

⑤ 삭제

⑥ 법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다.

1. ⁠「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 ⁠「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)

 2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역

⑦ 법 제99조의4제1항제2호나목 ⁠(1)에서 ⁠(3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다.

 (이하 생략)

□ 지방자치법 제3조【지방자치단체의 법인격과 관할】

③ 특별시ㆍ광역시 및 특별자치시가 아닌 인구 50만 이상의 시에는 자치구가 아닌 구를 둘 수 있고, 군에는 읍ㆍ면을 두며, 시와 구(자치구를 포함한다)에는 동을, 읍ㆍ면에는 리를 둔다.

④ 제7조제2항에 따라 설치된 시에는 도시의 형태를 갖춘 지역에는 동을, 그 밖의 지역에는 읍ㆍ면을 두되, 자치구가 아닌 구를 둘 경우에는 그 구에 읍ㆍ면ㆍ동을 둘 수 있다.

□ 지방자치법 제7조 【시ㆍ읍의 설치기준 등】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역은 도농(都農) 복합형태의 시로 할 수 있다.

□ 조세특례제한법 시행령 별표 12

출처 : 국세청 2021. 08. 18. 서면-2021-법령해석재산-4142[법령해석과-2832] | 국세법령정보시스템