요지

일반주택(B)과 조세특례제한법§98의2에 따른 특례주택(A)을 보유하다 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 후 남은 조세특례제한법§98의2 특례주택(A)을 양도 시 비과세 보유기간은 특례주택(A) 취득일부터 기산하는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 일반주택(B)과 ｢조세특례제한법｣ 제98조의2에 따른 특례주택(A)을 보유하다 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 후 남은 ｢조세특례제한법｣ 제98조의2 특례주택(A)을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 보유기간은 해당 특례주택(A)의 취득일부터 기산하는 것입니다.

1. 사실관계

2. 질의내용

 -B주택을 양도(비과세)하고, 그 다음날 바로 A주택을 양도해도 1세대1주택 비과세 되는지 아니면 추가로 2년을 더 보유해야 비과세 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

①다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

 1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

 2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

①법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

○ 조세특례제한법 제98조의2 【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례】

① 거주자가 2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(2010년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 수도권 밖에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "지방 미분양주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 각 표 외의 부분 본문과 같은 법 제104조제1항제3호에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

 1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

 2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

④ 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 지방 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 과세표준확정신고와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제98조의2 【지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례】

① 법 제98조의2제1항 각 호 외의 부분 중 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다.

 1. 「주택법」 제54조에 따른 사업주체(이하 이 조에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 11월 2일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2008년 11월 3일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

 2. 2008년 11월 3일까지 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(건축법 제11조에 따른 건축허가를 포함하며, 이하 이 조에서 같다)을 얻었거나 사업계획승인신청을 한 사업주체가 해당 사업계획승인과 「주택법」 제54조에 따라 공급하는 주택(2008년 11월 3일 현재 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지나지 아니한 주택에 한정한다)으로서 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택

② 법 제98조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고(법인세 과세표준신고를 포함한다) 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수ㆍ구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 서류를 제출하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 제1항제1호의 주택 : 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 확인한 미분양주택 확인서 및 매매계약서 사본

 2. 제1항제2호의 주택 : 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 확인한 사업계획승인 사실ㆍ사업계획승인신청 사실을 확인할 수 있는 서류 및 매매계약서 사본

③ 주택 소재지 관할세무서장이 제6항에 따라 해당주택이 미분양주택임을 확인할 수 있는 경우에는 제2항에 따른 부속 서류의 제출을 생략할 수 있다.

④ 사업주체는 제1항에 따른 미분양주택의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다.

⑤ 제6항에 따라 매매계약서에 미분양주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 미분양주택확인서와 사업계획승인신청서류 등에 따라 미분양주택임을 확인하고, 매매계약서에 그 사실을 증명하는 날인을 하여야 하며, 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장에 그 내용을 작성하여 보관하여야 한다.

⑥ 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 사업주체는 각각 기획재정부령으로 정하는 미분양주택확인대장을 매매계약일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말까지 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓ㆍ디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 제출하지 아니할 수 있다.

4. 유사사례

○ 기획재정부 재산세제과-236(2023.02.10.)

[답변내용]

 일반주택(B)과 조특법§99의2에 따른 특례주택(A)을 보유하다 일반주택(B)을 먼저 비과세 양도한 후 남은 조특법§99의2 특례주택(A)을 양도 시 비과세 보유기간은 특례주택(A) 취득일부터 기산하는 것임

○ 기획재정부 재산세제과-1049(2022.08.25)

[답변내용]

 일반주택을 보유한 1세대가 「조세특례제한법」 제99조의4에 따른 농어촌주택등의 취득 후 일반주택과 농어촌주택등을 양도하는 경우, 일반주택과 농어촌주택등의 보유기간 기산일은 해당 주택의 취득일입니다.

출처 : 국세청 2023. 05. 08. 서면-2023-부동산-1229[부동산납세과-1260] | 국세법령정보시스템