중소기업 부동산 장기할부양도·매출할인시 손익 귀속 및 과세특례 적용

요지

중소기업이 장기할부 조건 및 선납할인(매출할인) 조건으로 부동산을 양도한 경우 각 사업연도 소득 법인세 신고 시 장기할부 조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있음
동 토지에 대하여 매출 할인액이 발생하는 경우 토지등 양도소득에 관한 특례 신고 시 당초 양도시기가 속하는 사업연도의 양도가액에서 차감하는 것임

회신

내국법인이 토지를 양도하면서 장기할부 조건으로 양도한 경우로서 양도일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 해당 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 수익과 비용으로 계상한 경우(이하 ⁠“회수기일 기준”이라 함)에는 그 장기할부 조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 것이고, 해당 토지를 양도한 내국법인이 중소기업인 경우에는 결산에 반영하지 않았더라도 회수기일 기준으로 신고조정할 수 있는 것입니다.
아울러, 내국법인이 토지를 장기할부 조건으로 양도하고 ｢법인세법｣ 제55조의2에 따라【토지등 양도소득에 대한 과세특례】를 적용하여 법인세를 추가 납부한 후, 당초 매매 계약시 ⁠“각 분할하여 받기로 한 매매 대금을 그 지급 약정일 전에 미리 지급하는 경우 일정 금액을 당초 계약한 매매 대금에서 차감”하기로 사전 약정하고, 실제 조기 상환함에 따라 매매 대금에서 차감되는 할인액은 당초 양도시기가 속하는 사업연도의 토지등 양도소득에 대한 과세특례 과세표준 계산 시의 양도가액에서 차감하는 것입니다.
다만, 귀 질의가 장기할부 조건으로 양도한 경우에 해당하는지, 사전약정에 따른 할인에 해당하는지는 사실판단할 사항입니다.

1. 사실관계

 ○주식회사 AAAA(이하 ⁠“질의법인”이라 함)은 부동산 매매업을 영위하는 법인으로서 중소기업(조특령§2)에 해당함

  -’**. 골프장을 운영하기 위하여 설립하였으며 골프장 예상부지 토지를 취득하였으나, 주무관청으로부터 골프장 허가를 얻지 못함

 ○’**.*. 질의법인은 **** ***파 종중과 아래와 같이 매매계약을 체결하였음

❙매매 계약서 내역❙

 ○잔금의 지급방식에 대해서는 별도의 잔금약정서(계약서와 동일날짜에 작성)를 작성하였음

  -잔금약정서에서 잔금은 대물로 지급하되 지급기일은 3년으로 하고, 필요시 2년내의 범위에서 연장이 가능한 것으로 약정

  -현금 납부시 할인특약을 두어 계약일로부터 2년 이내에 현금으로 회수시 잔금에서 30% 할인을, 3년 이내에 현금으로 회수시 20% 할인조건으로 체결함

 ○’**.*.**. 중도금을 수령하면서 토지의 소유권을 이전하였음

 ○질의법인은 ’**.*월에 인도기준(소유권 이전일)으로 법인세를 신고 하였음(토지 등 양도소득에 대한 과세특례는 미신고)

 ○질의법인은 ’**.*월(계약일로부터 2년 이내)에 매수자로부터 30% 할인된 금액 *,***백만원을 현금으로 수령함

2. 질의내용

 ○ ⁠(질의①)중소기업이 장기할부조건으로 부동산을 양도한 경우 회수기일 도래기준으로 신고조정이 가능한지 여부

 ○ ⁠(질의②)할인 조건을 충족하여 부동산 양도가액을 매출할인한 경우 토지등 양도소득에 대한 과세특례의 손익 귀속시기

3. 관련법령

 ○ 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】

①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

 ①법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

  1.상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날

  2.상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

  3.상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

  4.자산의 위탁매매：수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날

  5.｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장에서 같은 법 제393조제1항에 따른 증권시장업무규정에 따라 보통거래방식으로 한 유가증권의 매매: 매매계약을 체결한 날

 ②법인이 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도한 경우로서 판매 또는 양도한 자산의 인도일(제1항제3호에 해당하는 자산은 같은 호 단서에 규정된 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 해당 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 수익과 비용으로 계상한 경우에는 제1항제1호 및 제3호에도 불구하고 그 장기할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 중소기업인 법인이 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도한 경우에는 그 장기할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

 ③제2항을 적용할 때 인도일 이전에 회수하였거나 회수할 금액은 인도일에 회수한 것으로 보며, 법인이 장기할부기간 중에 폐업한 경우에는 그 폐업일 현재 익금에 산입하지 아니한 금액과 이에 대응하는 비용을 폐업일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

 ④제2항에서 "장기할부조건"이라 함은 자산의 판매 또는 양도(국외거래에 있어서는 소유권이전 조건부 약정에 의한 자산의 임대를 포함한다)로서 판매금액 또는 수입금액을 월부ㆍ연부 기타의 지불방법에 따라 2회 이상으로 분할하여 수입하는 것중 당해 목적물의 인도일의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 말한다.

 ⑤제1항의 규정을 적용함에 있어서 법인이 매출할인을 하는 경우 그 매출할부금액은 상대방과의 약정에 의한 지급기일(그 지급기일이 정하여 있지 아니한 경우에는 지급한 날)이 속하는 사업연도의 매출액에서 차감한다.

 (이하 생략)

 ○ 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

 ①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

  1.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

   가. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

   나. ｢소득세법｣ 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지

   다.그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

  2.대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

  3.비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

  4.주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액

 ②제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

  1.논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

   가.~ 나. ⁠(생략)

  2.임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

   가.~ 다. ⁠(생략)

  3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

   가.~ 나. ⁠(생략)

  4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

   가. ｢지방세법｣이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

   나. ｢지방세법｣ 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

   다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

  5. ~ 7. ⁠(생략)

 ③ ~ ⑥ ⁠(생략)

 ⑦제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ⑧토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의2 【토지등양도소득에 대한 과세특례】

① ~ ⑤ ⁠(생략)

 ⑥제68조는 법 제55조의2제1항에 따른 토지등양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조제4항에 따른 장기할부조건에 의한 토지등의 양도의 경우에는 같은 조 제2항에도 불구하고 같은 조 제1항제3호에 따른다.

 ⑦법 제55조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 예약매출에 의하여 토지 등을 양도하는 경우에는 그 계약일에 토지등이 양도된 것으로 본다.

 ⑧제7항에 따라 계약일에 토지등이 양도되는 것으로 보는 경우의 토지등양도소득은 제69조제2항에 따른 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용중 법 제55조의2제1항제1호가목 및 나목에 해당하는 지정지역에 포함되는 기간에 상응하는 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. 다만, 제69조제2항에 따른 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 계약금액 및 총공사예정비를 그 목적물의 착수일부터 인도일까지의 기간에 균등하게 배분한 금액중 법 제55조의2제1항제1호가목 및 나목에 해당하는 지정지역에 포함되는 기간에 상응하는 금액을 각각 해당사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다

    (이하 생략)

○ 법인세법 기본통칙(2003.5.10. 삭제되기 전의 것) 102-0･･･1【부동산 양도계약의 변경에 따른 특별부가세 취급】

 ① ⁠(생략)

 ② 제1항의 경우 당초 양도일과 변경일이 사업연도를 달리하는 때에는 다음 각호에 의한다.

  1.~2. ⁠(생략)

  3. 양도계약의 변경으로 인하여 양도차익이 소멸되거나 감소됨으로써 소멸 또는 감소된 특별부가세는 당초 양도일이 속하는 사업연도의 신고 또는 결정분을 그 변경된 내용에 따라 경정한다. 다만, 변경일이 속하는 사업연도에 다른 토지 등의 양도차익(제2호의 양도차익을 포함한다)이 있는 경우에는 계약변경으로 인하여 소멸되거나 감소된 양도차익에 대한 특별부가세는 변경일이 속하는 사업연도의 특별부가세에서 차감하여 납부할 수 있다. 이 경우 차감하는 특별부가세는 당초 신고 또는 경정내용을 기준으로 하여 계산한다.

출처 : 국세청 2024. 06. 25. 서면-2023-법인-3057 | 국세법령정보시스템