요지

적격분할요건을 갖춘 지주회사의 인적분할은 지주회사 설립을 위한 현물출자로 발생한 주주의 양도차익에 대한 과세이연 중단사유인 지주회사 주식의 처분에 해당하지 않는 것임

회신

내국법인의 내국인 주주가 지주회사 설립을 위해 주식을 현물출자한 후 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여 ｢조세특례제한법｣(2018.10.16. 법률 제15785호로 개정되기 전의 것) 제38조의2제1항에 따라 과세이연을 받은 경우로서, 당해 지주회사가 ｢법인세법｣ 제46조제2항에 따른 적격분할요건을 갖추고 인적분할하는 경우는 과세이연 중단사유인 처분에 해당하지 않는 것임

1. 사실관계

 ○ A법인은 사업부문을 분할하여 분할신설법인 설립

 ○ A법인은 분할신설법인의 주식을 공개매수방식으로 현물출자 받아 지주회사의 법적 요건을 갖추고 지주회사로 전환

 ○ 이 과정에서 내국인 지배주주들은 분할신설법인의 주식을 지주회사 A법인에 현물출자하면서 발생한 주식의 양도차익을 과세이연(조특법§38조의2①)

2. 질의내용

 ○ 지배주주들이 주식의 현물출자를 통하여 취득하였던 지주회사 A법인 주식이 적격인적분할을 원인으로 소멸되고 대신 분할신설법인 주식을 취득하게 되는 경우, 해당 적격인적분할이 주주의 양도소득세 과세이연 중단사유인 ⁠「처분」에 해당하는지

            3. 관련법령

□ 조세특례제한법 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 7. ⁠“과세이연(課稅移延)”이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 ⁠“종전사업용고정자산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 ⁠“신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 ⁠“과세이연금액”이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다.

    종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × ⁠(신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액)

□ 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 ⁠“자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다.

  1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

  2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

  3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

  4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호·제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 조세특례제한법 시행령 제35조의3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】

① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」 제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환(이하 이 조 및 제35조의4에서 ⁠“현물출자등”이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액(「법인세법」 제52조제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가에서 장부가액을 뺀 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 ⁠“주식양도차익”이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다.

③ 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제82조의2제3항제2호의 요건을 충족하는 적격분할(물적분할 및 분할합병을 제외하며, 이하 이 항에서 ⁠“적격분할”이라 한다)로 인하여 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도하는 경우에는 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 익금에 산입하지 아니하며, 적격분할로 신설되는 법인은 해당 주식에 계상된 압축기장충당금을 적격분할로 양수받은 해당 지주회사 또는 전환지주회사 주식의 압축기장충당금으로 승계하고 제2항의 계산방법에 따라 익금에 산입한다.

④ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주주”란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 「법인세법 시행령」 제80조의2제5항에 해당하는 주주등을 말한다.

⑤ 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 따른 자회사의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2제6항 및 제80조의4제8항을 준용한다.

⑬ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제4항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

□ 조세특례제한법 시행령 제35조의 4【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】

① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 ⁠“거주자등”이라 한다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 ⁠“주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

□ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 ⁠“해당 주주등”이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 아니하며, 합병으로 교부받은 주식등과 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 해당 주주등이 주식등을 처분하는 경우에는 합병외의 다른 방법으로 취득한 주식등을 먼저 처분하는 것으로 본다.

   나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우

   다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자(법 제47조의2제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 양도차익에 해당하는 금액을 손금에 산입하는 현물출자를 말한다. 이하 같다)에 따라 주식등을 처분한 경우

   라. 해당 주주등이 「조세특례제한법」 제38조·제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환·이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우

   마. 해당 주주등이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우

   바. 해당 주주등이 「조세특례제한법 시행령」 제34조제6항제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우

   사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우

  2. 법 제44조제2항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   가. 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우

   나. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우

   다. 합병법인이 「조세특례제한법 시행령」 제34조제6항제1호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우

   라. 합병법인이 ⁠「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

  3. 법 제44조제2항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

   가. 합병법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제193조에 따른 회생계획을 이행 중인 경우

   나. 합병법인이 파산함에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우

   다. 합병법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 근로자의 비율을 유지하지 못한 경우

   라. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 ⁠「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자가 5명 미만인 경우

□ 법인세법 제46조 【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 ⁠“분할신설법인등”이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 ⁠“분할법인등”이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

 1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

 2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 ⁠“적격분할”이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격분할로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

  가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

  나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

  다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

 2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식인 경우(분할합병의 경우에는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할신설법인등의 주식인 경우 또는 분할대가의 100분의 80 이상이 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인의 주식인 경우를 말한다)로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

 3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

 4. 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 분할신설법인등이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 제2항에도 불구하고 부동산임대업을 주업으로 하는 사업부문 등 대통령령으로 정하는 사업부문을 분할하는 경우에는 적격분할로 보지 아니한다.

④ 제1항과 제2항에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문 여부에 관한 판정기준, 분할대가의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조 【지주회사의 기준】

 1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 ⁠“분할”이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원 이상인 회사

 2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 5천억원 이상인 회사

□ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령제3조 【지주회사의 기준】

① 법 제2조제7호 전단에서 ⁠“자산총액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 회사”란 다음 각 호의 구분에 따른 회사를 말한다.

 1. 해당 사업연도에 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 ⁠“분할”이라 한다)을 한 경우: 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원(법 제18조제1항제2호에 따른 벤처지주회사의 경우에는 300억원) 이상인 회사

 2. 제1호 외의 경우: 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상 자산총액이 5천억원(법 제18조제1항제2호에 따른 벤처지주회사의 경우에는 300억원) 이상인 회사

② 법 제2조제7호 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호에 따른 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다.

③ 법 제2조제8호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 기준을 말한다.

 1. 지주회사의 계열회사일 것. 다만, ⁠「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 벤처투자회사 또는 ⁠「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자가 창업투자 목적 또는 신기술사업자 지원 목적으로 다른 국내 회사의 주식을 취득하여 계열회사가 된 경우 그 계열회사는 제외한다.

 2. 지주회사가 소유하는 주식수가 제14조제1항제1호 또는 제2호의 자 중 최다출자자가 소유하는 주식수와 같거나 그 보다 많을 것

④ 법 제2조제9호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 기준을 말한다.

 1. 자회사의 계열회사일 것

 2. 자회사가 소유하는 주식수가 제14조제1항제1호 또는 제2호의 자 중 최다출자자가 소유하는 주식수와 같거나 그 보다 많을 것. 다만, 자회사가 소유하는 주식수가 다음 각 목의 자가 소유하는 주식수와 같은 경우는 제외한다.

  가. 자회사의 지주회사

  나. 지주회사의 다른 자회사

출처 : 국세청 2024. 02. 21. 서면-2023-법규재산-3994 | 국세법령정보시스템