요지

부동산임대소득이 있는 비영리내국법인은 ⁠「법인세법」제62조의2의 규정을 적용받을 수 없는 것이므로 법인세를 신고한 적 없는 자문대상종중의 경우 7년의 부과제척기간이 적용되는 것이며 - 자문대상종중이 기납부한 양도소득세는 법인세 결정시 기납부세액으로 공제할 수 없는 것임

회신

부동산 임대업을 영위하면서 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 종중이 부동산 양도소득이 있는 경우「법인세법」제62조의2 규정을 적용할 수 없는 것이므로, 그 양도소득에 대해 거주자로서 양도소득세로 신고․납부하였다고 하더라도 법인세 과세표준으로 신고하지 않으면 7년의 부과제척기간이 적용되며, 법인세의 무신고가산세나 납부불성실가산세를 계산함에 있어 기신고․납부한 양도소득세를 공제할 수 없는 것입니다.

 ○ OO종중(이하 ⁠“자문대상종중”이라 함)은 문화재 보존, 상촌기념사업 및 후손장학사업을 목적으로 하여 처분청으로부터 ’02.12.24. 법인으로 보는 단체(이하 ⁠“의제법인”이라 함) 승인을 받고 법인 고유번호를 부여받았음

  - 자문대상종중은 소유 부동산 양도시마다 1거주자의 지위로 소득세법을 적용하여 부동산등기용 등록번호로 양도소득세를 신고하여 왔고

  - ’08년 이후 부동산 임대사업에 대한 개인 사업자 등록번호를 부여 받아 부가가치세를 신고하였으며 임대소득에 대해서도 1거주자의 지위로 종합소득세를 신고함

 ○ 처분청은 세무조사를 통해 자문대상종중이 ’08～’12년에 신고누락한 부동산 양도소득이 있음을 확인하고 자문대상종중을 1거주자로 보아 양도소득세를 과세하였으나

  - 자문대상종중은 법인으로 보는 단체로 승인 받은 이후에는 법인으로 보아야 하기 때문에 과세관청이 1거주자의 지위로 과세한 양도소득세는 부당하다며 심판청구를 하였음

 ○ 이에 조세심판원은 법인으로 보는 단체를 1거주자로 보아 과세한 양도소득세는 부당하므로 양도소득세를 취소하라는 결정을 하였고

  - 처분청은 조세심판원의 결정에 따라 양도소득세를 취소하고 당초 신고 누락한 부동산 양도소득에 대해 법인세로 결정함

  - 자문대상종중은 수익사업인 부동산임대업을 영위하면서 법인사업자등록을 신청한 사실이 없고, 부동산임대소득이나 청구종중 소유의 토지의 양도에 따른 소득에 대해 법인세를 신고․납부한 사실도 없음

2. 질의내용

○ ⁠(질의 1) 부동산 임대업을 영위하면서 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 종중이 부동산 양도소득이 있는 경우「법인세법」제62조의2를 적용하여 법인세에 대해 5년의 부과제척기간을 적용할 수 있는지 여부

  - ⁠(질의 2) 기존 양도소득세로 납부한 세액은 기납부세액에 해당하여 가산세를 부과하지 아니하여야 하는 것인지 여부

3. 관련법령

○ 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】

  ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 중략

   1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(포탈)하거나 환급・공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

   1의2. 생략

   2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

   3. 제1호・제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간. 이하 생략

○ 국세기본법 제47조의2 【무신고가산세】

  ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.이하 생략

○ 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 【무신고가산세】

  ⑤ 제1항을 적용할 때 중간예납세액, 원천징수세액, 수시부과세액 등 해당 국세를 납부할 때 공제하여 납부하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 세액(이하 "기납부세액"이라 한다)이 있는 경우에는 산출세액 등에서 기납부세액을 빼고, 수입금액에서 기납부세액에 관련된 수입금액을 뺀다.

○ 국세기본법 제47조의3 【과소신고·초과환급신고가산세】

  ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

   1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액. 중략

   2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

○ 국세기본법 제47조4 【납부불성실·환급불성실가산세】

  ① 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 이하 생략

○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

  ① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

   1. 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

   2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

   3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

  ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

   1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것. 이하 생략

○ 법인세법 제64조【납부】

  ① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

   1. 해당 사업연도의 감면세액

   2. 제63조에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액

   3. 제69조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

   4. 제73조에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액

출처 : 국세청 2017. 08. 14. 기준-2017-법령해석기본-0146[법령해석과-2309] | 국세법령정보시스템