요지

부동산업과 건설업을 영위하는 이전공공기관이 본사의 수도권 밖 이전에 대한 법인세 감면 요건을 갖추어 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 부동산업 및 건설업과 직접 관련하여 발생하는 토지 및 건물의 양도에 따른 소득금액은 감면대상소득에 포함됨

회신

 ⁠‘공공기관 본사의 수도권 밖 이전에 따른 법인세 감면 여부’에 대해서는 기획재정부 해석(기획재정부 조세특례제도과-306, 2017.3.16.)을 참조하시기 바랍니다.
〇 기획재정부 조세특례제도과-306, 2017.3.16.
｢공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법｣ 제2조제2호의 ⁠“이전공공기관”으로 부동산업과 건설업을 영위하는 법인이 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2제1항 각 호의 요건을 갖추어 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 부동산업 및 건설업과 직접 관련하여 발생하는 토지․건물의 양도에 따른 소득금액은 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2제2항제2호가목의 과세표준에서 차감하는 소득으로 보지 않는 것입니다.

1. 질의내용

 ○부동산업․건설업을 영위하는 공공기관이 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우, 해당 공공기관의 토지 및 건물의 판매에 따른 소득이 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 제2항 제2호 가목에 따라 해당 과세연도의 과세표준에서 차감하는지 여부

2. 사실관계

 ○질의법인은 ｢△△△△공사법｣ 에 따라 토지의 취득·개발·비축·공급, 도시의 개발·정비, 주택의 건설·공급·관리 업무를 수행하게 함으로써 국민주거생활의 향상과 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 설립된 공공기관임

 ○질의법인은 ⁠「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」제2조제2호의 이전공공기관(이하 ⁠“이전공공기관”)으로서 201×년도 중 본사를 경기도 □□시에서 경상남도 ◇◇시로 이전함

 ○질의법인은 토지의 취득․개발․공급 및 주택의 건설․공급 등 건설업을 주된 사업으로 영위함에 따라 2015년 사업연도 토지 및 주택 판매로 인한 매출이 전체 매출의 94.8%를 차지함

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제63조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

 ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

  1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

  2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 ⁠「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

 ② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

  1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

  2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

  가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지・건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

  나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

  다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

  라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

  3. ⁠(생략)

 ③ ∼ ④ ⁠(생략)

 ⑤ 지방이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조제2항・제4항・제6항 또는 제61조제3항・제5항・제6항을 준용한다.

 ⑥ ∼ ⑩ ⁠(생략)

 ⑪ 제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○조세특례제한법 시행령 제60조의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

 ① 법 제63조의2 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업과 소비성서비스업을 말한다. 다만, ⁠「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조제2호의 "이전공공기관"은 예외로 한다.

  1. 부동산임대업

  2. 부동산중개업

  3. 「소득세법 시행령」 제122조제1항에 따른 부동산매매업

  4. 삭제

  5. 건설업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다)을 포함한다]

  6. 「유통산업발전법」 제2조제9호에 따른 무점포판매에 해당하는 사업

  7. 「해운법」 제2조제5호에 따른 해운중개업

 ② 법 제63조의2제1항제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

  1. ⁠(생략)

  2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

 ③ 삭제

 ④ 법 제63조의2제1항제2호에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

  1. ∼ 2.(생략)

  3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

  4. 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2017년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2020년 12월 31일까지 사업을 개시할 것

 ⑥ 법 제63조의2제2항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 고정자산처분익, 유가증권처분익, 수입이자, 수입배당금 및 자산수증익을 합한 금액에서 고정자산처분손, 유가증권처분손 및 지급이자를 합한 금액을 뺀 금액(그 수가 음수이면 영으로 본다)을 말한다.

○공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

  1. "공공기관"이라 함은 「국가균형발전 특별법」 제2조 제9호의 기관을 말한다.

  2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조제1항 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다.

  3. ∼ 5. ⁠(생략)

  6. "종전부동산"이라 함은 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지를 말한다.

  7. ∼ 9. ⁠(생략)

  9. "수도권"이라 함은 「수도권정비계획법」 제2조제1호의 지역을 말한다.

○국가균형발전특별법 제2조 【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  9. "공공기관"이란 중앙행정기관, 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관, 그 밖의 공공단체 중 대통령령으로 정하는 기관을 말한다.

○국가균형발전특별법 시행령 제3조【그 밖의 공공기관】

  법 제2조제9호에서 "대통령령으로 정하는 기관"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 말한다.

  1. 중앙행정기관의 소속 기관

  2. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관이 자본금의 100분의 50 이상을 출자한 법인

  3. ⁠「국유재산법」에 따른 정부출자기업체

  4. 법률에 따른 정부출자대상 법인으로서 정부로부터 출자를 받았거나 받고 있는 법인

  5. 법률에 따른 정부출연대상 법인으로서 정부로부터 출연(출연)을 받았거나 받고 있는 법인

  6. 개별 법률에 따라 설립되는 법인으로서 주무부장관의 인가ㆍ허가를 받을 필요 없이 해당 법률에 따라 직접 설립된 법인

○공공기관의 운영에 관한 법률 제4조【공공기관】

 ① 기획재정부장관은 국가・지방자치단체가 아닌 법인・단체 또는 기관(이하 "기관"이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 공공기관으로 지정할 수 있다.

  1. 다른 법률에 따라 직접 설립되고 정부가 출연한 기관

  2. 정부지원액(법령에 따라 직접 정부의 업무를 위탁받거나 독점적 사업권을 부여받은 기관의 경우에는 그 위탁업무나 독점적 사업으로 인한 수입액을 포함한다. 이하 같다)이 총수입액의 2분의 1을 초과하는 기관

  3. 정부가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

  4. 정부와 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

  5. 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 기관이 단독으로 또는 두개 이상의 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

  6. 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 기관이 설립하고, 정부 또는 설립 기관이 출연한 기관

○한국토지주택공사법 제1조【목적】

  이 법은 한국토지주택공사를 설립하여 토지의 취득·개발·비축·공급, 도시의 개발·정비, 주택의 건설·공급·관리 업무를 수행하게 함으로써 국민주거생활의 향상과 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

○한국토지주택공사법 제2조【법인격】

  한국토지주택공사(이하 "공사"라 한다)는 법인으로 한다.

○조세특례제한법 기본통칙 63의2-0…1 【 수도권생활지역 외의 지역으로 이전시 감면소득의 계산 】

  법 제63조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 수도권 밖으로 이전 후 이전한 기계장치 등의 매각으로 발생한 고정자산처분이익은 당해 공장에서 발생한 소득에는 포함하지 아니하나, 본사를 이전한 경우의 당해 과세연도의 과세표준에는 포함된다.

출처 : 국세청 2017. 03. 21. 서면-2016-법령해석법인-4589[법령해석과-775] | 국세법령정보시스템