요지

수익사업을 영위하는 비영리법인은 수익사업에 속하는 손익과 기타의 사업에 속하는 손익을「법인세법」제113조 제1항 및 같은 법 시행령 제156조 제1항에 따라 각각 다른 회계로 구분하여 경리하여야 하는 것이므로 특정 지출액이 기타의 사업의 개별손금인 경우에는 수익사업 손금에 산입할 수 없는 것임

회신

수익사업(임대사업)을 영위하는 비영리법인은 수익사업에 속하는 손익과 기타의 사업(수익사업이 아닌 고유목적사업)에 속하는 손익을「법인세법」제113조 제1항 및 같은 법 시행령 제156조 제1항에 따라 각각 다른 회계로 구분하여 경리하여야 하는 것이므로 특정 지출액이 기타의 사업(수익사업이 아닌 고유목적사업)의 개별손금인 경우에는 수익사업 손금에 산입할 수 없는 것입니다.
또한, 예금이자수입이 있는 비영리법인이「법인세법」제60조에서 정한 절차에 따라 예금이자에 대한 법인세를 신고하는 경우에는 해당 사업연도 납부할 세액에서 기 원천징수된 세액을 공제하고 그 차액만을 납부하는 것입니다.

1. 사실관계

○ 질의법인은 선조에 대한 공경사상을 고취하고 종원간의 친목도모 등을 통해 우리나라의 고유의 전통을 계승하고자 하는 목적으로 설립된 비영리법인으로

- 중종재산(부동산 및 예금)에서 생기는 수익금으로 목적사업을 하고 있으며 더 원활한 목적사업 지원을 위하여 2017년 2월 주택임대사업을 개시하였음

○ 이에 따라 질의법인은 주택임대사업을 개시하기 전 고유목적사업에서 발생한 경비를 주택임대사업부문에서 손금산입할 수 있는지와

- 해당 법인세 과세표준 신고 시 예금이자수입에 대해 기 원천징수로 납부한 세액의 공제(환급) 여부를 질의함

2. 질의내용

○ 비영리내국법인이 고유목적사업에서 지출한 비용을 수익사업의 손금으로 처리할 수 있는지 여부와 예금이자수입에 대해 기 원천징수한 납부한 세액의 법인세 신고 시 공제(환급)가능 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

② ⁠(생략)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득

3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6.「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】

①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업

2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

(이하생략)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 대통령령으로 정하는 것이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 법인세법 제113조【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

②∼⑤ ⁠(생략)

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제156조【구분경리】

① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(이하생략)

○ 법인세법 시행규칙 제75조【구분경리의 범위】

①영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

(이하생략)

○ 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

②∼⑤ ⁠(생략)

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3.수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

○법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(이하 생략)

○ 법인세법 제62조【비영리내국법인의 과세표준 신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조제3항제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제64조【납부】

① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 해당 사업연도의 감면세액

2. 제63조에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액

3. 제69조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

4. 제73조에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액

(이하 생략)

○ 법인세법 제73조【원천징수】

① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 하는 법인의 수입금액을 포함하되, 대통령령으로 정하는 금융회사 등에 지급되는 소득으로서 대통령령으로 정하는 것과 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 경우에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」제16조 제1항제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1.「소득세법」제127조 제1항 제1호의 이자소득금액

2.「소득세법」제127조 제1항 제2호의 배당소득금액[같은 법 제17조제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁(이하 제8항에서 "투자신탁"이라 한다)의 이익만 해당한다]

○ 소득세법 제127조【원천징수의무】

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

1. 이자소득

2. 배당소득

(이하 생략)

4. 관련사례

○ 사전-2015-법령해석법인-0389, 2016.3.15.

수익사업(주차장사업)을 영위하는 비영리법인은 손익을 수익사업에 속하는 것과 기타의 사업(단지관리사업)에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 익금과 손금은「법인세법 시행규칙」제76조 제6항 각 호에 따라 구분계산하여야 하는 것임

다만, 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산하는 것임(이하 생략)

○ 서면-2015-법인-730, 2015.5.8.

귀 질의의 경우 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금은「법인세법」제3조 제3항에서 열거하는 수익사업에 해당하며 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는「법인세법」제113조 제1항 및 같은 법 시행령 제156조 제1항의 규정에 의하여 자산·부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분경리 하여야 하는 것임

○ 법인, 법인세과-592, 2011.8.19.

귀 질의의 경우 수익사업과 비수익사업의 구분이 불분명하여 정확한 회신이 어려우나, 수익사업 및 비수익사업을 겸영하는 비영리내국법인은「법인세법」제113조 제1항에 따라 수익사업과 비수익사업 회계로 구분경리 하여야 하는 것으로,

특정 지출액이 비수익사업의 개별손금인 경우에는 수익사업 손금에 산입할 수 없는 것임

○ 법인, 서면-2016-법인-4595, 2016.11.22.

예금이자수입이 있는 비영리법인이「법인세법」에서 정한 절차에 따라 예금이자를 다른 과세소득에 합산하여 법인세를 신고하는 경우에는 당해 사업연도에 납부할 세액에서 기 원천징수 당한 세액을 공제하고 그 차액만을 납부하는 것이며, 원천징수 납부한 세액이 납부할 세액보다 많은 경우에는 이를 납세지관할 세무서장이 환급 결정하는 것임

○ 법인, 법인세과-637, 2010.7.8.

비영리내국법인이「법인세법」제62조 제1항 규정에 따라 원천징수된 이자소득에 대해 같은 법 제60조 제1항에 따른 법인세 과세표준의 신고를 이행하지 아니한 경우에는 추후 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 당해 이자소득을 과세표준에 포함시킬 수 없는 것임

○ 법인, 서면인터넷방문상담2팀-1018, 2006.6.5.         

귀 질의의 경우와 같이 비영리법인의 경우「법인세법」제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 대하여「법인세법」제60조의 규정에 따라 과세표준을 신고하여 법인세를 납부하거나 환급받을 수 있는 것이며, 다만, 이자소득만 있는 비영리법인의 경우「법인세법」제62조【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】규정에 의하여 과세표준 신고를 하지 않을 수 있는 것임

○ 법인46012-2114, 1999.6.4.

1.「민법」제32조의 규정에 의해 설립된 장학단체 등 비영리법인은 ⁠「법인세법」제3조 제2항 각호에서 규정하고 있는 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세 납세의무가 있으며, 예금이자도 과세대상소득으로 규정하고 있음. 이 경우 예금이자에 대하여는 비영리법인의 편의를 위하여 비영리법인의 선택에 따라 이자소득 수령 시 원천징수 납부한 것으로 납세의무를 종결하게 하거나 다른 과세소득에 합산하여 법인세를 신고·납부하도록 하고 있음

2. 예금이자수입이 있는 비영리법인이「법인세법」에서 정한 절차에 따라 예금이자를 다른 과세소득에 합산하여 법인세를 신고하는 경우에는 당해 사업연도에 납부할 세액에서 기 원천징수 당한 세액을 공제하고 그 차액만을 납부하는 것이며, 원천징수 납부한 세액이 납부할 세액보다 많은 경우에는 이를 납세지관할 세무서장이 환급 결정하는 것임

(이하 생략)

출처 : 국세청 2018. 06. 29. 서면-2018-법인-1907[법인세과-1653] | 국세법령정보시스템