요지

필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다.

피고가 2019. 1. 16. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 253,257,027원, 2014 사업연도 법인세 313,944,844원, 2015 사업연도 법인세 749,047,935원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 회사는 건축 및 토목업을 영위하는 회사로 CC시 DD지구 E아파트(이하 ⁠‘E아파트’라고 한다) 1, 2단지 신축·분양사업의 시행자였고, 주식회사 F주택(이하 ⁠‘F주택’이라고 한다)은 원고 회사가 100% 출자하여 설립한 회사로 E아파트 3단지 신축·분양사업의 시행자였으며, 주식회사 E엔지니어링(이하 ⁠‘E엔지니어링’이라고 한다)은 원고 회사 및 F주택으로부터 E아파트 1, 2, 3단지 신축공사를 도급받아 시공하던 회사이다.

나. E아파트 1, 2, 3단지의 각 세대 수 및 연면적, 공사기간 등은 아래와 같다.

다. 한편, 원고 회사와 F주택은 E아파트 1, 2, 3단지 관련 도시계획시설사업(즉,E아파트 1, 2, 3단지 내에 도로, 주차장, 공원, 녹지, 학교를 설치하여 CC시에 기부채납하기로 하는 사업)의 공동시행자로 지정되었는 바, 위 도시계획시설사업의 주요내용은 아래 표 기재와 같다.

라. 원고 회사와 F주택은 위 도시계획시설사업을 원고 회사가 주관·실시하기로 하면서 그 비용 분담과 관련하여 2012. 11. 9. 아래와 같은 내용의 업무협약을 체결하였다.

마. 원고 회사는 2013. 7. 25. F주택의 주식 전부를 제3자에게 매도하였고, 그에 따라 F주택은 원고 회사와 무관한 별개의 회사로 되었다.

바. 원고 회사는 2013. 9.경에 이르러 계속되는 자금부족으로 인하여 E아파트 1,2단지 신축·분양사업 및 도시계획시설사업을 진행하기 어렵게 되자, 같은 해 9. 16. GGGG법원 2013회합00호로 회생신청을 하였다.

원고 회사는 같은 해 10. 11. E엔지니어링으로부터 부족한 자금을 지원받기로 함에 따라, 같은 해 10. 14. 회생신청을 취하한 후 E아파트 1, 2단지 신축·분양사업을 관리형토지신탁 체제로 변경(즉, OOOO신탁과 사이에 관리형 토지신탁계약을 체결)하였다.

사. 그후 원고 회사와 F주택 및 E엔지니어링은 2014. 8. 8. 다음과 같은 내용이 포함된 합의 즉, E엔지니어링이 E아파트 1, 2단지 신축·분양사업 및 도시계획시설사업의 시행과 시공 일체를 도맡아 처리하되, E아파트 1, 2단지 신축·분양사업의 시행자 명의(즉, 주택건설사업의 시행자 명의)는 원고 회사 명의로 그대로 유지하고, 도시계획시설사업의 시행자 명의는 원고 회사 및 F주택에서 E엔지니어링으로 변경하기로 하는 내용이 포함된 합의를 하였다.

그에 따라, E엔지니어링은 2014. 8. 28. CC시장으로부터 도시계획시설사업의 시행자를 원고 회사 및 F주택에서 E엔지니어링으로 변경하고, 공사기간을 일부 변경(즉, 앞서 본 도시계획시설공사 중 2차 공사의 공사기간을 2015. 2. 28.까지로 연장)하는 내용의 ⁠‘도시계획시설사업 시행자 변경 및 실시계획 변경 인가’를 받았고(그 상세 내용은 아래 제3항에서 보는 바와 같음), 2015.경에 E아파트 1, 2, 3단지 신축공사 및 도시계획시설공사를 모두 완료하였다.

아. 한편, 원고 회사는 위 도시계획시설사업의 사업비로 2012년부터 2014년까지 합계 29,985,383,091원(= 용지비 18,355,437,190원 + 공사비 11,629,945,901원)을 투입하였는데, 위와 같이 투입한 사업비 중 공사비 5,106,905,080원(= 2012년 3,669,645,463원 + 2013년 1,437,259,617원)을 F주택의 경비로 배분하여 법인세 신고를 하였다.

자. GGGG국세청장은 2017. 12.부터 2018. 3.까지 원고의 2013 내지 2015 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고, 2018. 3. 29. 피고에게 ⁠‘위 업무협약에 따라 도시계획시설사업의 사업비 중 33.97%인 10,186,034,636원(= 29,985,383,091원 × 33.97%)을 F주택의 경비로 배분하여야 함에도 불구하고, 그보다 적은 5,106,905,080원만을 F주택의 경비로 배분함으로써 그 차액에 해당하는 5,079,129,556원을 원고의 2013 내지 2015 사업연도 손금으로 과다 산입하였다는 취지로 통보하였는 바, 원고 회사가 법인세 신고 당시 F주택에 배분한 도시계획시설사업의 사업비와 GGGG국세청장이 계산한 F주택 경비의 차액 내역은 아래 표 기재와 같다(단위 : 원).

차. 피고는 위 5,079,129,556원을 원고의 분양원가 과다계상분으로 보아 손금불산입하고 기타 분양수입금액 신고 누락액 2,522,703,935원을 익금산입하여 2019. 1. 16. 원고에게 2013 내지 2015 각 사업연도 법인세를 아래 표 기재와 같이 부과하는 처분을 하였다.

카. 원고는 위와 같은 부과처분에 대하여 2019. 3. 20.자 이의신청을 거쳐, 2019. 5.29. 조세심판원에 조세심판을 청구하였고, 이에 조세심판원은 2020. 5. 6. ⁠‘F주택이 E아파트 3단지 학교용지 취득에 지출한 5,730,000,000원 중 위 업무협약에서 정한 66.03% 상당액은 원고 회사의 경비로 인정하여 원고에 대한 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 취지의 결정을 하였다.

타. 피고는 위와 같은 조세심판원의 결정에 따라 2020. 5. 29. 원고의 2013 내지2015 각 사업연도 법인세를 아래 표 기재와 같이 감액 경정하였다(피고의 2019. 1. 16.자 법인세 부과처분 중 위와 같이 감액 경정되고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 7호증, 갑 제9호증의 1, 2, 을 제1, 2,3호증, 을 제4호증의 1, 2, 3, 을 제5, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지 2. 원고 주장의 요지

가. 앞서 본 원고와 F주택 및 E엔지니어링 사이의 2014. 8. 8.자 합의(이하 이 사건 합의’라 한다)에 따르면, E엔지니어링이 시행·시공하는 도시계획시설공사의 공사비용은 E아파트 1, 2단지 분양수익금으로 충당하기로 하였는데, E엔지니어링은 위 도시계획시설공사 중 2차 공사 및 3차 공사를 시공하면서 그 공사비용으로 합계 117억 6,000만 원(= 2차공사비용 37억 4,000만 원 + 3차 공사비용 80억 3,000만 원, 부가가치세 포함)을 지출하고 이를 E아파트 1, 2단지의 분양수익금으로 충당하였음에도 불구하고, 원고 회사에 위 공사비 상당액의 세금계산서를 발급해주지 아니하여 원고가 위 공사비용 상당액을 손금에 산입하지 못하였다. 따라서 위 공사비용 117억 6,000만 원 중 원고 회사가 F주택과 분담하기로 한 배분비율 66.03%에 해당하는 금액이 원고 회사의 손금에 산입되어야 한다(제1주장).

나. 이 사건 합의에 의하면, E아파트 1단지 공사비 유동화대출(170억 원) 관련 대출이자 774,568,215원과 E아파트 2단지 공사비 유동화대출(230억 원) 관련 대출이자 1,131,285,958원은 E엔지니어링이 E아파트 1, 2단지의 분양수익금으로 이를 지출하기로 하였다. 따라서 E아파트 1, 2단지 유동화자금 대출과 관련하여 발생한 위 대출이자 상당액 전부가 원고 회사의 손금에 산입되어야 한다(제2주장).

[원고는 당심에 이르러 제1심에서의 주장 중 다음과 같은 주장 즉, ① F주택이 지출한 E아파트 3단지의 학교용지 취득비용(57억 3,000만 원)은 원고 회사와 F주택의 ⁠‘매출액 비율’로 안분하여 손금에 산입하여야 한다는 취지의 주장과 ② 원고 회사의 F주택에 대여금채무(7,240,335,806원)에 대한 이자 상당액을 원고 회사의 2015사업연도 손금에 산입하여야 한다는 취지의 주장을 각 철회하였다.]

3. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심판결의 이유 중 해당 부분(별지 부분)의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

4. 원고의 주장에 대한 판단

가. 관련 법리

법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다(대법원 2004. 9. 23.선고 2002두1588 판결 참조).

나. 제1주장에 관하여

1) 살피건대, 갑 제2, 4, 6호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제12, 27, 28호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) 원고 회사와 F주택 및 E엔지니어링 사이에 이루어진 이 사건 합의의 내용들 중 이 부분 판단과 관련된 부분을 발췌하면 아래 표 기재와 같다.

나) 그리고, E엔지니어링이 이 사건 합의에 따른 도시계획시설공사의 시행·시공을 위하여 2014. 8. 28. CC시장으로부터 인가받은 사업시행자 변경 및 실시계획 변경 구체적인 내용은 아래 표 기재와 같다.

[그후 E엔지니어링은 2015. 2.경 CC시장에게 ⁠‘차선 변경, 교통안전시설물 변경,차폭 변경으로 인한 일부구조물 변경’을 이유로 한 실시계획 변경을 신청하여 같은 해 3. 12. CC시장으로부터 신청내용과 같은 실시계획변경인가를 받았다(갑 제6호증 참조).]

다) E엔지니어링은 2015. 1. 28. 위 2차 공사를, 2015. 3. 30. 위 3차 공사를 각 완료하고, 각 공사완료 무렵 CC시장으로부터 준공검사를 받았다.

라) 한편, E엔지니어링이 2015. 2.경 CC시장에게 실시계획 변경을 신청하면서 제출한 실시계획변경인가 신청서(갑 제6호증)에 위 2차 공사의 공사금액이 ⁠‘37억4,000만 원’으로, 위 3차 공사의 공사금액이 ⁠‘80억 3,000만 원’으로 각 기재되어 있다.

그리고, 위 실시계획변경인가 신청서에는 E엔지니어링 명의로 된 ⁠‘2015. 2. 준공내역서와 ’2015. 3. 준공내역서‘가 각 첨부되어 있고, 위 각 준공내역서 뒤에는 ’도시계획시설사업 설계(2차) 내역‘ 및 ’도시계획시설사업 설계(3차) 내역‘이 각 첨부되어 있는데, 위 ’설계(2차) 내역‘에는 위 2차 공사의 총공사비가 37억 4,000만 원(= 공급가액 34억원 + 부가가치세 3억 4,000만 원)으로 기재되어 있고(그 상세 내역은 첨부된 원가계산서에 기재되어 있음), 위 ’설계(3차) 내역‘에는 위 3차 공사의 총공사비가 80억 3,000만원(= 공급가액 73억 원 + 부가가치세 7억 3,000만 원)으로 기재되어 있다(그 상세 내역은 첨부된 원가계산서에 기재되어 있음).

마) 아울러, CC시장이 E엔지니어링에 발급해 준 준공검사필증(갑 제27호증, 갑 제28호증)에 위 2차 공사의 소요사업비로 37억 4,000만 원, 위 3차 공사의 소요사업비로 80억 3,000만 원이 각 기재되어 있다.

2) 위 인정사실에 의하면, E엔지니어링이 원고의 주장처럼 이 사건 합의에 따른 도시계획시설공사(즉, 2차 공사 및 3차 공사)를 도맡아 시행·시공하면서 그 공사비용으로 37억 4,000만 원(2차 공사비용) 및 80억 3,000만 원(3차 공사비용)을 각 지출하였을 가능성을 전적으로 배제할 수는 없다 할 것이다.

그러나, 위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 일련 사정들 즉, ❶ 위 실시계획인가신청서, 준공내역서 및 준공검사필증에 각 기재되어 있는 2차 공사 및 3차 공사의 공사비용(소요사업비)은 위 ’설계(2차) 내역‘에 기재되어 있는 총공사비 37억 4,000만 원과 위 ’설계(3차) 내역‘에 기재되어 있는 총공사비 80억 3,000만 원을 그대로 옮겨 놓은 것으로 보이는 점, ❷ 위 ’설계(2차) 내역‘에 기재되어 있는 총공사비 37억 4,000만 원과 위 ’설계(3차) 내역‘에 기재되어 있는 총공사비 80억 3,000만 원의 구체적인 내역은 위 ’설계(2차) 내역‘ 및 ’설계(3차) 내역‘에 각 첨부된 원가계산서에 상세히 기재되어 있는데, 그와 같은 원가계산서의 기재 내용에 비추어 위 37억 4,000만 원과 80억 3,000만 원은 예상공사비(또는 공사비 예정액)에 불과한 것으로 보여지고 이를 실제 지출된 공사비용으로 보기는 어렵다 할 것인 점 더군다나, 위 원가계산서의 ’공급가액‘란에 기재된 금액(34억 원 및 73억 원)이 모두 억 단위의 금액으로만 표시되어 있는 점과 위 원가계산서 상에 ’상대방으로부터 지급받아야 할 부가가치세액‘도 포함되어 있는 점(E엔지니어링이 시행자변경을 거쳐 위 2차 공사 및 3차 공사의 시행자로서 직접 시행·시공하였음에도 불구하고 마치 시행자로부터 도급받아 시공하는 경우에나 볼 수 있는 ’상대방으로부터 지급받아야 할 부가가치세액‘이 기재되어 있다는 것은 선뜻 납득하기 어려움) 등에 비추어 더더욱 그러하다 할 것임 , ❸ 아울러, 위 37억 4,000만 원과 80억 3,000만 원이 예상공사비(또는 공사비 예정액)에 불과한 것이 아니라 실제 지출된 공사비용임을 뒷받침할 수 있는 회계자료 등 객관적인 증거도 없는 점, ❹ 앞서 본 이 사건 합의서 제3조의 3)에 의하면, E엔지니어링은 원고 회사에 대한 미지급 잔여금 1,808,572,890원을 도시계획시설공사비용으로 사용하도록 되어 있어 위 미지급 잔여금과 실제 공사비 사이의 정산도 필요한 것으로 보이는 점, ❺ 한편, 앞서 본 ’도시계획시설공사의 사업시행자 변경 및 실시계획 변경 인가 내역‘과 ’준공검사필증‘에 위 도시계획시설공사 기간(즉, 사업기간)이 1차 공사의 경우 2021. 2. 21.부터 2013. 10. 30.까지이고, 2차 공사는 2012. 2. 21.부터 2014. 10. 30.까지였다가 2015. 2. 28.까지로 연장되었으며, 3차 공사는 2012. 2. 21.부터 2015. 3. 30.까지로 되어 있어, 1차 공사, 2차 공사 및 3차 공사의 각 개시 시점이 모두 2021. 2. 21.로 동일한 바, 그에 비추어 위 도시계획시설공사는 원고의 주장처럼 1차, 2차, 3차의 순서로(즉, 순차적으로) 시작된 것이 아니라 동시에(또는 비슷한 시기에) 시작된 것으로 보여, 원고 회사가 1차 공사 뿐만 아니라 2차 공사 및 3차 공사 중 초반부 공사(즉, 도로, 학교, 공원, 녹지 부분의 부지 조성을 포함하여 공사 초반부에 이루어지는 각종 공사)도 직접 시행·시공하였을 가능성을 배제할 수 없는 점(원고 회사가 2012년부터 2015년까지 위 도시계획시설공사에 투입한 공사비용이 원고 회사의 법인세 신고 및 피고의 이 사건 처분 과정에서 경비로 반영되었음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 위 주장에 의할 경우 2차 공사비 및 3차 공사비의 일부가 경비 내지 손금으로 중복 산입될 우려도 배제할 수 없음), ❻ 실제로, 원고가 당심에 제출한 ’2014.4.경 촬영된 항공사진(갑 제37호증의 1, 2)‘에 의하더라도 위 2차 공사 및 3차 공사 중 초반부 공사(즉, 도로, 학교, 공원, 녹지 부분의 부지 조성을 포함하여 공사 초반부에 이루어지는 각종 공사)는 이미 진행중이었던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위 인정사실만으로는(아울러, 원고가 제1심 및 당심에 제출한 증거들만으로는) E엔지니어링이 원고의 주장처럼 이 사건 합의에 따른 도시계획시설공사(즉, 2차 공사 및 3차 공사)를 처음부터 도맡아 시행·시공하면서 그 공사비용으로 37억 4,000만 원(2차 공사비용) 및 80억 3,000만 원(3차 공사비용) 전액을 실제로 지출하였다고 단정하기에 부족하고 달리 이를 인정하기에 족한 증거가 없다.

[아울러, E엔지니어링이 원고의 주장처럼 위 37억 4,000만 원(2차 공사비용) 및 80

억 3,000만 원(3차 공사비용) 전액을 분양수익금(즉, 원고 회사에 귀속되어야 할 분양수익금)으로 충당하였다는 점을 인정하기에 족한 증거도 없다.]

따라서, 원고의 위 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

나. 제2주장에 관하여

1) 살피건대, 갑 제4호증의 기재에 의하면, 이 사건 합의서 제2조 제2의 13)항에

아래 표 기재와 같은 내용이 기재된 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

2) 그러나, ❶ 위 합의서의 기재 내용 자체 의하더라도 ’유동화대출 관련 금융비용

‘이 구체적으로 무엇을 가리키는 것인지(즉, 구체적으로 ’누구에게 지급되었거나 지급되어야 할 어떠한 명목의 돈‘인지 여부)가 명확하지 아니한 점, ❷ 원고는 ’유동화대출 관련 금융비용‘이 ’유동화대출금의 대출이자‘라는 취지로 주장하고 있으나, ’2단지 공사비 유동화대출 관련 금융비용‘의 경우 ’대출이자 부분은 실비정산‘한다고 되어 있어 위 ’유동화대출 관련 금융비용‘이 ’유동화대출금의 대출이자‘에 한정되는 것이라고는 보기 어려운 점, ❸ 따라서, 위 ’유동화대출 관련 금융비용‘의 구체적인 내역이 확인되어야만 비로소 위 ’유동화대출 관련 금융비용‘이 법인세법 시행령 제19조에 따른 ’손비의 범위‘에 포함되는지 여부를(즉, 법인세법 시행령 제19조 제7호 소정의 ’차입금이자‘ 등에 해당되는지 여부를) 따져 볼 수 있다 할 것인데, 위 ’유동화대출 관련 금융비용‘의 구체적인 내역에 관하여는 원고 측의 아무런 주장·입증이 없는 점, ❹ 아울러, 위 합의서에 기재된 ’유동화대출 관련 금융비용‘ 전액이 원고 주장과 같은 경위로 E아파트 1, 2 단지 분양수익금으로 충당되었다는 점을 확인할 수 있는 만한 객관적인 자료도 부족한 점(원고가 당심에 제출한 금융 관련 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족함) 등에 비추어, 위 인정사실만으로는(아울러, 원고가 제1심 및 당심에 제출한 증거들만으로는) 위 ’유동화대출 관련 금융비용‘이 법인세법 시행령 제19조에 따른 ’손금의 범위‘에 포함된다는 점 및 위 ’유동화대출 관련 금융비용‘ 전액이 E아파트 1, 2단지 분양수익금으로 충당되었다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정하기에 족한 증거가 없다.

따라서, 원고의 위 주장도 더 살필 필요없이 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2022. 10. 21. 선고 부산고등법원 2021누23350 판결 | 국세법령정보시스템