[주 문]

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

[이 유]

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2005. 10. 18. 서울 ○○구 ○○동 ○29 ○○아파트 1○○○동 1○○호(이하‘이 사건 주택’이라 한다)를 각 2분의 1 공유지분으로 취득하여 보유하다가, 2019. 10. 28. 이 사건 주택 전부를 1,550,000,000원에 양도하였다(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다).

나. 원고들은 이 사건 주택이 1세대 1주택 고가주택에 해당한다고 보아 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항에 따라 계산한 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용하여 산출한 양도소득금액에 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하여 2019. 11. 19. 각 양도소득세 3,560,588원을 신고․납부하였다.

다. 원고 장□□은 2017. 6. 5. 서울 □□구 □□동 1□□-□□ 다가구주택(이하 ⁠‘이 사건 임대주택’이라 한다)을 취득하였는데, 취득 전인 2017. 4. 13. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호에 따른 임대사업자등록을 하고, 2017. 4. 20. 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 마치고 현재 임대하고 있다. 또한 원고들은 2018. 5. 30. 서울 ★★★구 ★★동★가 ★★ ★★★★★★★아파트 ★★★동 ★★★★호(이하 ⁠‘이 사건 신규주택’이라 한다)를 각 2분의 1 공유지분으로 취득하여 보유하고 있다.

라. 피고는 이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 조정대상지역내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(위 일반세율에 20%를 가산)을 적용하여, 2020. 6. 10. 원고들에 대하여 2019년 귀속 양도소득세 각 82,751,790원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2020. 9. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 2. 5. 원고들의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1 내지 4호증의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들 주장의 요지

1) 이 사건 임대주택은 장기임대주택으로 주택수 판정에서 제외되어야 하고, 이 사건 신규주택은 대체주택으로 일시적 2주택에 해당하여, 고가주택인 이 사건 주택의 양도는 1세대 1주택으로 의제되므로, 구 소득세법 제95조 제3항, 제2항 단서, 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라 장기보유특별공제를 적용하고 일반세율을 적용하여야 함에도, 피고는 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원에 상당하는 부분의 양도차익에 대하여는 1세대 1주택으로 보아 비과세하고, 9억 원 초과분에 대하여는 1세대 3주택자로 해석하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 취지로 이 사건 처분을 하였는바, 이는 1개의 이 사건 주택을 9억 원이라는 기준금액으로 나눠 판단한 것으로 그 자체로 모순이고 세법을 자의적으로 해석한 잘못이 있다.

2) 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 ⁠‘장기임대주택’을 주택수 계산에서 제외하는 규정을 두지 않은 것은 입법의 흠결로 보이고, 2021. 2. 17. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3에서 ⁠‘장기임대주택’을 추가하는 규정을 새롭게 마련하였으므로, 이 사건 양도에 대해서도 개정된 소득세법 시행령이 마땅히 적용되어야 한다.

3) 설령 이 사건 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도라 하더라도, 이 사건임대주택은 장기임대주택이고, 원고들은 이 사건 주택을 취득한 후 10년 이상 거주하였고, 주거를 이전하기 위하여 이 사건 신규주택을 취득한 것이며, 이 사건 신규주택취득 후 구 소득세법 시행령 제155조 제1항이 정한 3년 이내에 이 사건 주택을 양도하였는바, 원고들은 투기 목적이 없고 거주 이전의 목적으로 사회통념상 일시적으로 장기임대주택 외에 2주택을 보유하게 된 특별한 사정이 있으므로, 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세율을 적용함은 부당하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 주택 중 9억 원 이하 부분이 구 소득세법 제155조에서 정한 1세대 1주택 비과세 특례의 적용을 받는 이상, 9억 원 초과 부분을 1세대 3주택으로 보는 것은 모순된다는 취지의 주장에 관한 판단

가) 살피건대, 소득세법상 양도소득세의 세율은 원칙적으로 일반세율이고, 예외적으로 1세대 1주택 중 일정한 경우는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 비과세이고, 1세대 2주택 또는 3주택 이상의 경우는 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항, 제167조의3 제1항의 각 중과세 규정에 따라 중과세율인바, 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정 상호간에는 그 적용 대상 및 주택수 계산에 관한 규정을 별개 독립적으로 두고 있으므로, 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 하는 것이다.

나) 앞서 인정한 사실에 의하면, 조정대상지역 내에 있는 이 사건 주택 양도 당시 원고들은 이 사건 주택과 장기임대주택인 이 사건 임대주택을 보유한 상황에서, 2018. 5. 30. 이 사건 신규주택을 취득함으로써 일시적 2주택을 보유하였던 것이므로, 그로부터 3년 이내에 이루어진 이 사건 양도는 일응 비과세대상인 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항에 따라 1세대 1주택으로 의제되는 경우에 해당하기는 하나, 이 사건 주택은 양도가액이 15억 5천만 원으로서 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조에서 정한 ⁠‘고가주택’에 해당하므로, 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외된다.

다만, 9억 원 이하 주택의 경우에는 양도소득세가 비과세인 점과의 형평을 고려하여 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에서는 고가주택의 경우에도 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 상응하는 양도차익에 대해서만 소득세가 부과되도록 규정하고 있을 뿐이다.

다) 따라서 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 양도가액이 9억 원을 초과하여 비과세특례가 적용되지 않는 이상 양도소득세 세율에 관하여는 관련 소득세법령에서 정한 바에 따라 중과세율이 적용되는지 여부를 검토하여야 하고, 중과세율 적용이 배제되는 경우 비로소 일반세율이 적용된다고 보아야 하므로, 이와 다른 전제의 원고들의 주장은 이유 없다.

2) 1세대 3주택 중과세율 적용 여부

가) 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 제104조 제7항 제3호의 1세대 3주택 이상의 중과세율이 적용되는지 여부에 관하여 살펴본다.

나) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다.

이러한 소득세 관련 법령의 문언 및 체계를 살펴보면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하는 점, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택수 산정에서 제외될 뿐 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항의 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 점, 일시적 2주택의 경우, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고들이 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 신규주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다.

3) 1세대 3주택 관련 소득세 법령이 입법의 흠결에 해당하는지, 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항을 이 사건 양도에 적용할 수 있는지 여부

가) 원고들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 ⁠‘장기임대주택’을 주택수 산정에서 제외하는 규정을 두지 않은 것은 입법의 흠결에 해당하고, 이후 그 반성적 고려로 2021. 2. 17 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 ⁠‘장기임대주택’을 추가하는 규정을 새롭게 마련하였으므로 이 사건 양도에 적용하여야 한다고 주장하나, ⁠‘장기임대주택’은 이미 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 1세대 3주택 이상에 해당하지 아니하는 주택으로 규정하고 있으므로, 원고들의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

나) 설령 원고들의 위 주장을 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자의 경우, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하는 규정을 두지 아니한 것이 입법의 흠결에 해당한다는 취지로 선해한다 하더라도, 이는 다음과 같은 이유로 이유 없다.

⑴ 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조절 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정ㆍ경제ㆍ사회정책 등 국정 전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하는 것이어서, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지는 입법자의 입법 형성적 재량에 기초한 정책적ㆍ기술적 판단에 맡겨져 있다(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 전원재판부 결정 참조).

앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외되는 항목과 1세대 2주택에 해당하는 주택에서 제외되는 항목을 분리하여 별도로 규정하고 있는 점, 1세대 3주택 이상 중과세 규정의 취지는 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함이므로, 이러한 취지 및 조세정책의 합리적 운용을 위하여 1세대 2주택자와 1세대 3주택 이상의 경우 중과대상에서 제외되는 항목을 달리 규정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 일시적 2주택의 경우 중과되는 1세대 2주택에서 배제하면서도 1세대 3주택에서 배제하지 않은 것이 입법의 흠결에 해당한다고 보기는 어렵다.

⑵ 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는 ⁠‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

그런데 위 개정 규정은 이를 소급 적용하는 규정을 마련하지 않았는바, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외한 것은, 그 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보인다. 따라서 개정 시행령을 이 사건 양도에 소급하여 적용하여야 한다고 볼 수는 없다.

4) 1세대 3주택의 중과세 규정을 투기 목적이 없는 원고들에게까지 적용하는 것이 부당한지 여부

가) 1세대 3주택 이상 중과세 규정의 취지는 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함이고, 장기임대주택에 대하여 1세대 3주택 중과세 대상에서 배제하고 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민․중산층의 주거안정을 지원하기 위한 것으로 이러한 장기임대주택의 소유는 부동산 투기로 보기 어렵고 오히려 국민주거생활의 안정에 기여한다고 볼 수 있기 때문이며, 일시적 2주택에 대하여 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 대체주택의 취득 목적이 부동산의 투기가 아닌 거주를 위한 것이므로 거주이전의 자유를 실질적으로 보장하려는 데에 있다.

나) 이러한 입법 취지에 비추어 보면, 원고들의 주장과 같이 장기임대주택인 이 사건 임대주택과 이 사건 주택을 보유하고 있던 원고들 세대가 대체주택인 이 사건 신규주택을 취득한 후 종전주택인 이 사건 주택을 양도하는 경우와 같이 부동산 투기로 보기 어려운 양도에 대해서 다주택자로서 중과세율을 적용하는 것이 타당한지 의문이 없는 것은 아니나, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 일괄적으로 중과세 대상이 된다고 할 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초 입법의도로 보이는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 해석하기는 어렵다.

다) 따라서 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.

5) 이 사건 양도에 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부

가) 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호, 제10호 등의 입법취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대 앞서 거시한 증거들 및 갑 제6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래의 각 사정에 비추어보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고들이 이 사건 신규주택을 취득하고 이 사건 주택을 매도할 때까지 소요된 기간(원고가 3주택을 보유한 기간)이 사회통념상 일시적이라고 보기는 어려우므로, 원고에게 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수는 없다. 따라서 이 부분 원고들의 주장은 이유 없다.

① 원고들은 2018. 1. 16. 이 사건 신규주택에 관한 매매계약을 체결하고, 2018. 5. 30. 이를 취득하였음에도 그로부터 1년 8개월이 지난 2019. 9. 18.에야 이 사건 주택에 관한 매매계약을 체결하고, 2019. 10. 28. 이를 양도하였다.

② 원고들은 2018. 5. 30. 이 사건 신규주택을 주거이전을 위한 목적으로 취득하였다고 하면서도 이 사건 주택을 양도한 후 8개월이 지난 2020. 7. 2.에서야 이 사건 신규주택에 전입하였다.

③ 원고들은 2018. 2. 20.경 이 사건 주택을 약 14억 원 정도에 부동산중개업소에 매도중개를 의뢰한 것으로 보이기는 하나, 이 사건 신규주택 매매계약 체결 이후 매도중개를 의뢰한 점, 매도중개 과정에 적극적으로 응하였다고 볼 만한 사정도 없는 점, 중개의뢰 당시 제안한 가격보다 높은 15억 5천만 원에 이 사건 주택을 매도한 것으로 보아 원고들은 이 사건 신규주택을 취득할 무렵 곧바로 이 사건 주택을 양도하였을 때보다 약 1년 8개월 이후 이 사건 주택에 관한 매도계약을 체결함으로써 1억 5천만 원 정도의 추가적인 시세차익을 얻은 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 이 사건 신규주택 취득 무렵 아파트 재건축과 관련하여 안전진단 기준이 대폭 강화되어 매수자를 찾기 어려워 이 사건 주택을 매도할 수 없었던 상황이었다고 보기 어렵다.

④ 구 소득세법 시행령 제155조 제1항이 신규주택을 취득한 후 3년(종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득한 경우에는 2년)내에 종전주택을 양도할 경우 1세대 1주택의 특례를 적용하는 규정하고 있다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 일시적 2주택의 경우 1세대 3주택 이상의 주택에서 제외하는 규정을 두지 않은 입법자의 의사를 살펴볼 때 위 기간이 1세대 3주택의 경우 ⁠‘사회통념상 부득이하게 일시적으로 3주택을 소유한 기간’임을 판단할 때에 그대로 적용될 수는 없다.

⑤ 대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13788 판결은 1세대 3주택자가 된 사유가 매도인의 급전 요청에 따라 선의로 정해진 잔금 지급일보다 미리 잔금을 지급하여 11일간 1세대 3주택자가 된 사안이고, 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 사안은 신규주택을 취득한 때로부터 4개월도 채 지나지 않아 종전주택을 처분한 사안으로, 이 사건 신규주택 취득 후 종전주택인 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 약 1년 8개월에 이르러 그 기간이 일시적이라고 보기 어려운 이 사건에 바로 적용하기는 어려워 보인다.

다) 따라서 이 부분 원고들의 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

원고들의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.