요지

원고가 2000 사업연도에 이 사건 출연금을 전액 감액하면서 법인세 신고과정에서 손금불산입(유보)하는 세무조정을 하지 아니하였다가, 그 후 다시 2013 사업연도에 재차 손금산입 하여 줄 것을 주장한다고 하더라도 이를 신의성실의 원칙에 위반될 정도의 심한 배신행위라거나, 피고가 원고의 법인세 신고·납부에 관하여 보호받을 가치 있는 신뢰를 가지게 되었다고 단정하기 어려움

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 5. 24. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 513,521,790원의 부과처분, 2019. 5. 27. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 500,424,266원의 경정청구거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 지위 및 부실채권정리기금 출연

1) 원고¹⁾는 1981. 9. 19. 은행법에 의한 은행업무, 외국환 업무, 신탁업무 등을 목적으로 설립된 법인으로서 은행법에 따라 은행업 인가를 받은 금융기관이다.

2) 구 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률(1997. 8. 22. 법률 제5371호로 제정된 것, 이하 ⁠‘구 자산관리공사법’이라 한다) 제38조는 금융기관이 보유하고 있는 부실채권 등의 효율적인 정리를 위하여 공사에 부실채권정리기금을 둔다고 규정하였다. 원고는 1997. 11. 24.경 위 규정에 따라 설치된 부실채권정리기금에 36억 9,000만 원(이하 ⁠‘이 사건 출연금’이라 한다)을 출연하였다.

나. 부실채권정리기금의 청산 및 잔여재산 분배

1) 구 자산관리공사법 부칙(법률 제5371호, 1997. 8. 22.) 제2조는, 제1항에서 부실채권정리기금의 재원조성 및 부실채권, 자구계획대책자산의 인수는 위 법 시행일부터 5년간에 한하여 할 수 있다고 규정하고, 제3항에서 제1항의 규정에 의한 기금의 운용기간이 종료된 후 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수자산의 정리 등이 완료된 때에는 기금의 잔여재산을 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 당해 기관에 반환하여야 한다고 규정하였는데, 위 부칙 제2조 제1항이 2002. 12. 5. 개정되어 부실채권정리기금의 운용기간이 2007. 11. 22.까지로 연장되었다. 한편, 2006. 12. 30. 위 부칙 제2조가 다시 개정되어 부실채권정리기금의 운용기간이 2012. 11. 22.까지로 연장되었으며(제2조 제4항), 운용기간 종료 후 3개월 이내에 잔여재산을 출연비율 등을 감안하여 출연자인금융기관에 반환하되, 금융위원회가 부실채권정리기금의 자산과 부채를 실사한 결과 운용기간 종료일에 잔여재산이 있을 것이 확실하고 그 금액을 추정할 수 있는 경우에는 추정된 잔여재산의 일부를 운용기간 종료 전에 반환할 수 있다고 규정하였다(제2조 제5항).

2) 이에 따라 원고는 부실채권정리기금의 운용기한 종료 전인 2008년부터 2012년까지 이 사건 출연금에 대한 분배금을 지급받았으며, 일부는 배당금 수익으로, 일부는 출연금의 반환으로 보아 회계처리 하였다.

3) 부실채권정리기금의 운용기간이 2012. 11. 22. 종료됨에 따라, 원고는 2013. 2. 22. 한국자산관리공사와 ⁠‘잔여재산 반환을 위한 약정’을 체결하여 아래 ⁠[표1]과 같이 잔여재산으로 분배받은 BBBBBB, CCCCCCCC, DDD, EEEE 발행의 각 주식 합계 1,044,843,862원과 에스크로 계좌에 예치된 370,500,570원 합계 1,415,344,432원(이하 ⁠‘이 사건 주식 및 예치금’이라 한다)을 자산으로 계상하는 한편, 이 사건 출연금의 회계상 잔여액을 2013 사업연도에 전액 감액하였다.

4) OO지방국세청은 2015. 2. 23.부터 2015. 5. 24.까지 원고에 대하여 조사대상 기간 2011~2013 사업연도로 하는 법인제세 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세, 주식변동조사 포함)를 실시하였는데(이하 ⁠‘1차 세무조사’라 한다), 조사청은 위 세무조사 당시 원고가 이 사건 주식 및 예치금을 익금에 포함하지 아니하고 이 사건 출연금을 손금에 반영하지 아니한 부분에 대하여는 문제 삼지 아니하였다.

[표1] ⁠(단위: 주, 원)

다. 2013 사업연도 법인세 부과처분 및 경정거부처분

1) 원고는 2019. 3. 25. 피고에게 2013 사업연도에 잔여재산가액의 확정 및 분배가 완료됨에 따라 위 ⁠[표1]과 같이 이 사건 출연금에서 이 사건 주식 및 예치금을 공제한 금액인 2,274,655,568원을 손금산입하여 법인세 500,424,226원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

2) 이에 대하여 피고는 2019. 5. 24. 이 사건 주식 및 예치금이 2013 사업연도 익금에 포함되어야 한다는 전제에서, 원고에게 2013 사업연도 법인세 513,521,790원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다).

3) 그러나 피고는 2019. 5. 27. 원고와 같이 이 사건 출연금을 2000 사업연도 손실발생시 전액 감액손실(비용) 처리하고 손금불산입 세무조정을 누락한 경우에는 2013 사업연도에 중복하여 손금산입 할 수 없다고 보아, 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 하고, 이 사건 부과처분과 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 전심절차

원고는 이에 불복하여 2019. 8. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 4. 23. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 10호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고

가) 피고도 이 사건 출연금이 부실채권정리기금의 운용기간이 종료되어 잔여재산가액이 확정되고 분배가 완료된 2013 사업연도의 손금산입 대상이라는 점은 인정하고 있다. 비록 이 사건 출연금과 연관된 세무상 오류가 있는 과거 사업연도의 부과제척기간이 경과되었다 하더라도, 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도의 오류는 그와 무관하게 과세표준과 세액을 재계산하여 바로잡아야 하는 것이므로, 2000 사업연도의 손금불산입 세무조정 누락을 이유로 2013년 사업연도의 손금산입을 부인하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나) 설령 그렇지 않더라도, OO지방국세청은 2019. 1. 29. 원고에게 ⁠‘법인세 신고관련 해명자료 제출 안내’라는 공문을 보내어 재차 2013 사업연도의 법인세 신고 서류와 관련하여 확인할 사항이 있다며 잔여재산 유보금 익금산입의 적정여부 검토를 위한 제반서류를 요구하면서, 위 공문에서 ⁠‘법인세법 제60조 제6항, 제122조 또는 상속세 및 증여세법 제84조’를 적시하여 세무공무원의 질문·조사권에 근거한 조사임을 명시하였는바, 이 사건 부과처분은 중복조사로서 위법한 재조사에 기초한 처분이라는 점에서도 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고

원고는 이 사건 출연금의 감액손실에 대하여 2000 사업연도 법인세 신고 시 손금불산입 하는 세무조정을 누락하여 2002 사업연도의 과세표준과 세액이 감소된 결과 9억 9,630만 원의 세제상 혜택이라는 경제적 이득을 이미 취하였다. 그럼에도 2000 사업연도 법인세에 대한 부과제척기간이 경과한 후 이 사건 출연금을 2013 사업연도 손금으로 재차 산입해줄 것을 요구하는 것은 국세기본법 제15조의 ⁠‘신의성실의 원칙’(권리남용금지의 원칙)은 물론 ⁠‘실질과세의 원칙’에도 위배되고, 대법원 2007. 11. 29. 선고 2005두9552 판결의 ⁠‘이중으로 손금산입을 부인하는 것은 과세형평상 허용할 수 없다’는 논리에 따라 위와 같이 이중으로 손금으로 산입하는 것 또한 과세형평상 허용될 수 없다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 증거들과 갑 제4 내지 6, 12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

1) 원고는 부실채권정리기금의 부실채권 정리 과정에서 2000 사업연도 당시 이 사건 출연금을 초과하는 거액의 손실이 발생될 것이 예상되자, 금융감독원의 권고에 따라 이 사건 출연금 36억 9,000만 원 전액을 감액손실로 보고 기타 영업외비용으로 회계처리 하였으나, 손금불산입(유보)의 세무조정을 하지는 아니하였다.

2) 법인세법 제22조(자산의 평가손실의 손금불산입)에 의하면 법인이 자산을 임의로 평가하여 이루어진 감액손실은 손금에 산입하지 않게 되어 있으므로 손금불산입의 세무조정을 해야 하는데, 원고는 감액손실에 대한 손금불산입(유보) 세무조정을 하지 않고 법인세 과세표준을 신고함에 따라 이 사건 출연금이 2000 사업연도의 손금으로 반영되었다.

3) 이후 2007 사업연도 중 부실채권정리기금의 순자산가액 회복으로 출연금의 감액손실 사유가 해소되자, 원고는 기존에 인식했던 감액손실을 기타 영업외수익(감액손실 환입)으로 전액 환입처리하면서, 법인세법 제18조 제1호(법인이 자산을 임의로 평가하여 이루어진 증액이익은 익금에 산입하지 않는다)에 따라 익금불산입 세무조정을 하였다[원고는 당초 2007 사업연도 법인세 신고 시에는 위 환입액을 익금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였으나, 국세청의 유권해석을 거쳐 2011. 3. 30. 피고에게 위와 같이 익금불산입 경정청구를 하여 인용되었고, 이에 따라 2011. 6. 20. 피고로부터 과오납된 법인세 9억 9,000만 원을 환급받았다].

라. 판단

1) 위 인정사실에 따르면, 부실채권정리기금에 대한 출연금은 신의칙과 조세공평의 원칙 위배 등 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 부실채권정리기금의 운용기간 종료 후 청산하여 그 잔여재산의 가액이 확정된 날(2013. 2. 22.)이 속한 2013 사업연도에 손금으로 최종 귀속된다고 보는 것이 타당하므로, 손금불산입(유보)으로 세무조정하여 두었다가, 부실채권정리기금의 운용기간 종료․청산 시 잔여재산의 가액이 최종 확정되어 그 잔여재산이 익금에 산입되는 사업연도의 손금에 산입하여야 한다. 다만, 이 사건의 경우 원고가 2000 사업연도에 손금불산입(유보) 세무조정 하는 것을 누락한 채 부실채권정리기금의 운용기간이 종료되고 청산이 이루어져 확정된 잔여재산의 가액에 따른 분배가 이루어진바, 이러한 경우에도 원고가 그 잔여재산이 확정된 2013 사업연도에 익금산입을 전제로 이 사건 출연금의 손금산입을 주장한다면 신의칙에 위배되거나 세제상 이중 혜택을 입는 것으로서 실질과세의 원칙에 위배되어 허용될 수 없는지 여부가 문제된다.

2) 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 조세소송 절차법과 관련한 적용 및 실체법과 관련한 적용으로 나누어 볼 수 있고 조세소송의 절차법과 관련한 적용은 민사소송에서의 그것과 특별히 구분된다 할 수 없을 것이지만, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세 실체법과 관련한 적용은 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다는 제약을 받으며 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이다. 더구나 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 등 혜택의 박탈, 신고불성실・기장불성실・자료불제출가산세 등 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익처분을 받게 될 것이며, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있는 등 세법상 우월한 지위에서 조세과징권을 행사하고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다(대법원 1997. 3. 20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 참조).

납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두6300 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 조세법률주의에 의하여 합법성이 강하게 작용하는 조세 실체법에 대한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 허용되는 점에다가, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 증명책임도 부담하고 있는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자가 자산을 과대계상하거나 부채를 과소계상하는 등의 방법으로 분식결산을 하고 이에 따라 과다하게 법인세를 신고, 납부하였다가 그 과다납부한 세액에 대하여 취소소송을 제기하여 다툰다는 사정만으로 신의성실의 원칙에 위반될 정도로 심한 배신행위를 하였다고 볼 수는 없는 것이고, 과세관청이 분식결산에 따른 법인세 신고를 그대로 믿고 과세하였다고 하더라도 이를 보호받을 가치가 있는 신뢰라고 할 수도 없다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두6300 판결 등 참조).

3) 이러한 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 본 사실 및 증거들에 더하여 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 2000 사업연도에 이 사건 출연금을 전액 감액하면서 법인세 신고과정에서 손금불산입(유보)하는 세무조정을 하지 아니하였다가, 그 후 다시 2013 사업연도에 재차 손금산입 하여 줄 것을 주장한다고 하더라도 이를 신의성실의 원칙에 위반될 정도의 심한 배신행위라거나, 피고가 원고의 법인세 신고․납부에 관하여 보호받을 가치 있는 신뢰를 가지게 되었다고 단정하기 어려울 뿐 아니라, 앞서 본 바와 같은 이 사건 출연금의 손금산입시기에 관한 원칙을 그대로 적용할 경우 나타나는 결과가 합법성을 희생하여서라도 인정할 수 없을 만큼 현저히 부당하다고 평가되지도 아니한다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

① 원고는 1997.경 이 사건 출연금을 납입한 다음 국세청의 유권해석에 따라 자산(유가증권)으로 회계처리 하였고, 2000.경 부실채권정리기금에 출연금을 초과하는 손실이 발생하자 금융감독원의 권고에 따라 이 사건 출연금을 전액 감액하는 것으로 회계처리 하였는데, 당시 금융감독원은 금융기관에 출연금 감액권고만을 하였을 뿐, 당초부터 출연금의 손금산입 여부 및 시기에 대하여는 명확한 지침이나 입장이 있었던 것은 아니었고, 세무조정에 관하여 별다른 기준을 제시하지 아니한 것으로 보인다.

② 당시 부실채권정리기금에 대한 출연 및 관련된 분배금의 지급은 정부의 정책 및 구 자산관리공사법령에 따라 이루어졌고, 회계·세무처리를 포함한 관련 사항은 모두 동종업계의 공통된 사항으로서 정부의 권고 내지 지침에 따라 이루어지고 있었으므로, 원고로서는 이 사건 출연금의 손금불산입(유보) 세무조정만을 고의로 누락할 이유는 없었을 것으로 보인다. 또한, 관련 법률의 개정에 따라 잔여재산의 중간 정산·분배 가능성 여부가 달라졌다는 점과 손금산입여부에 대한 엇갈린 유권해석, 구 자산관리공사법 부칙의 개정 경위, 당시로서는 출연금 상당의 손금산입 여부가 확정적인 것이라고 평가하기 어려웠고, 은행마다 세무조정 실무가 상이했던 점 등에 비추어, 앞서 본바와 같이 금융당국 및 과세관청의 지도·지침에 따른 회계처리 후 법인세법상 자산의 평가손실 감액 또는 환입에 따른 세무조정이 필요하게 되었음에도 이를 누락하였다는 사정만으로는 원고의 심각한 배신행위에 기인한 모순된 행태라거나, 이에 대한 원고의 귀책사유가 있다고 단정할 수 없다.

③ 원고가 2011.경 피고에게 2007 사업연도의 법인세 경정청구를 하여 감액손실 환입에 대해 익금불산입 하는 과정에서 피고로서는 이미 2000 사업연도 당시 손금불산입 누락과 관련된 세무조정의 오류가 있었음을 충분히 인지할 수 있었을 것으로 보이고, 원고가 고의적으로 과세관청을 기망하려 하였다거나 분식결산을 하였다는 사정 등은 발견되지 아니한다. 그럼에도 피고가 정당한 과세조사 및 경정·부과권을 행사하지 아니한 채 2000 사업연도 이후 감액손실분이 손금에 반영된 상태를 전제로 2007 사업연도 환입액을 익금불산입하여 법인세 경정청구를 인용한 후, 2013 사업연도에 이르러서야 2000 사업연도 귀속 법인세에 대한 부과제척기간이 경과하였다는 사정을 근거로 들어 손금산입을 부인하겠다는 것은 납세의무자의 배신행위로 야기된 과세관청의 신뢰도 아니거니와 어떠한 보호가치 있는 신뢰가 있는 것이라고 보기도 어렵다.

④ 피고는, 이 사건 출연금 36억 9,000만 원이 2000 사업연도의 손금에 산입되어 그 상당액만큼 증가된 이월결손금 1,456억 원(2000 사업연도 결손금 632억 원 + 2001 사업연도 결손금 824억 원) 전액이 2002 사업연도 과세표준 계산 시 전액 공제됨에 따라 결과적으로 2002 사업연도의 ⁠‘과세표준과 세액’에 직접 영향을 미치게 되었으므로, 결국 36억 9,000만 원 상당의 과세표준 및 9억 9,630만 원 상당의 법인세를 절감하는 세제상의 혜택을 이미 누렸음에도 원고가 또다시 2013 사업연도에 손금산입을 주장하는 것이 현저히 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 위와 같은 주장은 결국 2000 사업연도 법인세 과세표준과 세액을 다투는 취지의 주장으로, 각 사업연도에 대한 법인세 부과는 모두 독립적으로 이루어지고, 부과제척기간과 각 사업연도의 정당한 세액산정 역시 별개의 문제이므로, 설령 특정 사업연도의 과세표준에 오류가 존재하였고 위 사업연도에 대하여 부과제척기간이 도과하였다고 하더라도, 이와 같은 사정만으로 조세법이 요구하는 합법성의 원칙을 희생하면서까지 후행 사업연도의 법인세 과세표준에 대한 경정청구를 거부하는 것이 조세정의의 관념에 부합한다고 보기도 어려우며, 과세관청의 신뢰를 보호할 필요성이 인정된다고 할 수도 없다.

⑤ 원고가 632억 원 상당의 결손금이 발생한 2000 사업연도 당시 손금불산입의 세무조정 누락을 통해 고의적으로 회피한 과세표준 또는 세액이 있다고 보이지 아니하는점,²⁾ 2013 사업연도에 이 사건 출연금의 손금귀속시기가 확정된 것은 결과적으로 구 자산관리공사법 부칙의 개정에 따른 것으로 볼 수 있는 점, 손금귀속시기에 관한 오류는 결과적으로 조세의 회피나 경감의 여지보다는 오히려 가산세의 부담이 더해질 위험성도 있는 점 등에 비추어, 이를 세무조정사항의 단순한 누락 이상으로는 단정하기는 어려워 보이므로, 이러한 신고를 원고의 조세회피를 위한 심한 배신행위라고 보기는 어렵다.

마. 소결론

결국 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 원고의 주장은 이유 있고, 피고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 한편, 2010. 6. 1. 금융지주회사법에 따라 AAAAAA지주 주식회사가 설립되어 원고를 그 자회사로 두었으나, 2014. 11. 5. 원고에 합병되어 해산하였다.

2) 구 법인세법(2000. 2. 3. 법률 제6259호로 개정된 것) 제60조 제1항에 따르면, 법인세 납세의무자가 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것은 ⁠‘과세표준과 세액’일 뿐 과세표준에 영향을 미치는 개별적인 각 항목 자체라고 할 수 없으므로, 과세표준에 영향을 미치는 개별항목에 변동이 발생하더라도 최종적으로 산출된 과세표준이나 세액에 영향이 없다면 위 개별항목의 조정은 단순한 세무조정사항의 변경에 불과하여 납세의무자의 법인세 납세의무에는 영향을 주지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 법인세 납세의무자가 세무조정사항을 누락하였으나 결과적으로 과세표준과 세액에 영향이 없었던 경우에는 그와 같은 신고를 납세의무자의 심한 배신행위라고 보기는 어렵다.

출처 : 서울행정법원 2022. 06. 23. 선고 서울행정법원 2020구합71116 판결 | 국세법령정보시스템