요지

1) 이 사건에서 원고가 주택 수에서 제외되어야 한다고 주장하는 쟁점1주택은 원고가 현재까지 보유하고 있는 장기임대주택으로서 양도대상이 아니므로, 양도대상인 쟁점2주택에 대한 양도소득세를 산정할 때 주택 수에서 제외할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다
2) 쟁점2주택에 대하여는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에 정한 중과세율 적용배제사유가 없을 뿐 아니라, 제167조의3 제1항 제10호에 정한 ⁠‘장기임대주택 외의 1주택’에 준하여 중과세율 적용이 배제된다고 볼 수 있는 특별한 경우에도 해당하지 아니하므로, 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 중과세율이 적용된다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

1. 피고가 2019. 12. 1. 원고에게 한 양도소득세 110,622,590원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 11. 23. 서울 xx구 xx동 xxx-xx 3층 주택(이하 ⁠‘쟁점1주택’이라 한다)을, 2007. 9. 12. 서울 xx문구 xx동 xxx xx2차xxxx x0x동 x0x호(이하‘기양도주택’이라 한다)를, 2011. 12. 19. 서울 xx구 xx동 xxx-xx 2층 주택(이하 ⁠‘쟁점2주택’이라 한다)을, 2016. 9. 26. 서울 xx구 xx동 xxx-xxx 5층 주택의 1/2지분(이하 ⁠‘쟁점3주택‘이라 한다)을 각 매매를 원인으로 하여 각 취득하였다.

나. 원고는 2017. 1. 10. 기양도주택을 bbb에게 양도하고 2019. 1. 21. 쟁점2주택을 ccc, ddd에게 양도하였으며, 쟁점1주택, 쟁점3주택은 현재까지 소유하고 있다. 원고는 2012. 9. 27. 쟁점1주택에 대하여 장기임대주택으로 임대사업자등록을 하였다. 원고가 쟁점1 내지 3주택 및 기양도주택을 취득․양도한 날 및 해당 주택에 전입․전출한 날은 다음과 같다.

다. 원고는 2019. 3. 26. 쟁점2주택에 대한 양도소득세를 신고하면서, 쟁점1주택은 장기임대주택으로서 1세대 1주택을 판단함에 있어 주택 수에 산입되지 아니하고, 쟁점2주택은 쟁점3주택 취득일로부터 3년 이내에 양도하였으므로 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항에따라 1세대 1주택의 특례규정을 적용하면 납부할 세액이 없다고 신고하였다.

라. 피고는 2019. 12. 1. 원고에게 1세대 1주택의 특례규정을 적용할 수 없고, 오히려 원고는 조정대상지역에 있는 쟁점2주택 양도 당시 1세대 3주택자에 해당하였다는 이유로 장기보유특별공제를 배제하고 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정고지하였다.

마. 원고는 BB지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2020. 4. 10. 이의신청이 기각되고, 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2020. 12. 24. 심판청구가 기각되었다.

바. 피고는 이 사건 소송계속 중 원고가 제출한 필요경비 증빙내역 중 법무사비용x,xxx,xxx원, 중개수수료 x,xxx,xxx원 합계 x,xxx,xxx원을 필요경비로 인정하여 당초처분 중 x,xxx,xxx원(가산세 포함)을 감액경정하였다[이하 당초 처분 중 감액되고 남은부분인 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 ’이 사건 처분‘이라 한다].

[인정근거] 갑 제1호증 내지 제12호증, 제13호증의 1, 4, 제15호증, 을 제1호증 내지제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 원고의 쟁점2주택의 양도에 관하여 일시적 1세대 2주택자에 대한 특례를 적용하지 아니하고 오히려 1세대 3주택자로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용한 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

1) 원고는 쟁점1주택에 대해 임대주택사업자등록을 하였으므로 쟁점2주택에 대한양도소득세 산정을 할 때 쟁점1주택은 주택 수에 포함하여서는 안 된다.

2) 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결에 의하면, 임대주택 외의 주택이 일시적으로 2주택이 된 경우라 하더라도 주거를 이전하기 위한 것으로서 투기목적이 없는 특별한 경우에는 1세대 3주택자로 양도소득세를 중과하지 아니하는바, 원고의 경우도 이에 해당한다.

3) 피고가 주장하는 실거주 요건은 2017년 시행된 8.2부동산 대책에 의하여 부활하였으므로 그 이전에 취득한 쟁점2주택의 양도에는 적용될 수 없다. 설령 거주 요건이 요구된다고 하더라도, 쟁점2주택의 세입자가 퇴거요청에 불응하여 원고는 어쩔 수 없이 2017. 1. 12.경 인근의 주택을 임차하여 약 8개월간 거주하다가 2017. 9. 12.에는 쟁점3주택에 전입하여 1년 2개월 이상 거주하였고, 2018. 11. 27. 쟁점2주택에 전입하여 2개월 가까이 거주하였는바, 위 3개의 주택에 거주한 기간을 합산하면 2년 이상이므로, 원고가 쟁점2주택에 대해 실거주 2년 요건을 충족한 것으로 인정하여 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세, 장기보유특별공제의 특례가 적용되어야 한다.

4) 피고가 이 사건 소송계속 중 필요경비로 인정한 법무사비용 x,xxx,xxx원, 중개수수료 x,xxx,xxx원 합계 x,xxx,xxx원 외에 원고가 납부한 취득세 xx,xxx,xxx원 및 자본적지출(수리비) xxx,xxx원도 필요경비로 반영되어야 한다.

5) 설령 이 사건 처분 중 본세 부분이 적법하다고 하더라도, 원고는 세법지식이 없는 일반국민으로서 전문가인 세무사의 조력을 받아 양도소득세를 신고한 것이므로 원고에게 신고납세 의무를 이행하지 못한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정된다고 보아야 하고 가산세를 부과하여서는 아니 된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 장기임대주택인 쟁점1주택의 주택 수 포함 여부

가) 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제104조 제1항 제1호에 의하면 토지 또는 건물에 대한 양도소득은 원칙적으로 같은법 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산하게 되는데, 같은 법 제104조 제7항은 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다(제3호)고 규정하고 있다.

  그리고 구 소득세법 시행령 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)제1항은, 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다.

또한 구 소득세법 시행령 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항은, 법 제104조 제7항 제1호에서 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택을, 제8호에서 일시적 1세대 2주택의 경우 종전 주택 등을 들고 있다.

나) 위와 같은 관련 규정의 문언 및 체계에 의하면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 및 제167조의10 제1항에서 명확히 규정하고 있는 것과 같이 위 각 규정의 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)은 해당 주택을 양도하는 경우가 아니더라도 주택 수 산정에서 제외된다고 할 것이나, 나머지 각 호에 규정된 장기임대주택, 일반 주택, 종전 주택 등에 관한 중과세율 배제의 특례는 해당 장기임대주택, 일반 주택, 종전 주택 등이 양도대상이 되는 경우에만 적용된다고 보아야 한다.

그런데 이 사건에서 원고가 주택 수에서 제외되어야 한다고 주장하는 쟁점1주택은 원고가 현재까지 보유하고 있는 장기임대주택으로서 양도대상이 아니므로, 양도대상인 쟁점2주택에 대한 양도소득세를 산정할 때 주택 수에서 제외할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 장기임대주택을 제외한 일시적 2주택자로서 1세대 3주택 중과세율 적용을 배제할 특별한 사정이 있는지 여부

가) 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은 일시적 1세대 2주택의 경우 ⁠‘종전주택’을 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있으나(제8호), 제167조의3제1항에는 그와 같은 내용의 규정을 두고 있지 않다. 따라서 원고의 주장과 같이 장기임대주택인 쟁점1주택을 제외한 나머지 2개의 일반주택들(쟁점2주택, 쟁점3주택) 사이의 관계만 놓고 보면, 쟁점2주택이 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호의 ⁠‘종전주택’과 유사한 지위에 있지만, 위 1)항에서 살핀 것과 같이 쟁점1주택을 주택 수에서 배제할 수 없는 이상 1세대 2주택자에 대한 중과세율 적용배제규정인 위 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호를 1세대 3주택자인 원고의 쟁점2주택 양도에적용할 수는 없다.

나) 한편 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 ⁠‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)’을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 원고는 쟁점2주택 양도 당시 장기임대주택인 쟁점1주택(제2호) 외에도 이미 쟁점3주택을 취득하여 보유하고 있었으므로, 쟁점2주택은 위 제10호 소정의 일반주택에도 해당하지 아니한다.

다만, 대법원은 ⁠“관련 규정들의 입법 취지 취지와 체계 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(대체주택)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다”고 판시하였는바(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조), 위 대법원 판결은 종전주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득하였더라도 주거이전 목적, 단기간 내 종전주택의 처분 예정 등 특별한 사정이 있는 경우 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에 정한 ⁠‘장기임대주택 외의 1주택’에 준하여 중과세율 적용이 배제된다는 취지이므로, 원고에게 그와 같은 특별한 사정이 인정되는지 본다.

다) 원고가 2006. 11. 23. 쟁점1주택을, 2011. 12. 19. 쟁점2주택을 각 취득하여 보유하고 있던 중 2016. 9. 26. 쟁점3주택을 취득하였고, 2019. 1. 21. 쟁점2주택을 양도한 사실은 앞서 인정한 것과 같은바, 원고가 쟁점3주택을 취득한 날은 쟁점2주택을 양도한 날보다 2년 4개월 가까이 앞선 때였고, 원고가 쟁점3주택을 취득할 무렵 쟁점2주택을 즉시 매도하려고 노력하였다고 볼 만한 사정도 없는바, 원고가 대체주택으로 쟁점3주택을 취득하고 종전주택인 쟁점2주택을 양도하기까지 소요된 2년 4개월의 기간을 두고 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 쟁점2주택을 처분하는데 필요한 일시적이라고 인정되는 기간으로 보기 어렵다. 또한 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2004. 5. 28. 선고2003두7392 판결 등 참조), 앞서 본 특별한 요건 하에서 1세대 3주택자의 종전주택에대하여 예외적으로 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에 정한 ⁠‘장기임대주택 외의 1주택’에 준하여 중과세율 적용을 배제하는 경우라고 하더라도, 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 사회통념상 일시적이라고 인정되는 기간을 소득세법시행령 제167조의10 제1항 제8호에서 일시적 1세대 2주택자에게 인정되는 기간과 동일하게 3년으로 보아야 하는 것도 아니다.

오히려 원고의 주장에 의하더라도 원고는 공인중개사가 쟁점3주택 취득일로부터 3년이내에 쟁점2주택을 매도하면 아무런 문제가 없다고 하면서 쟁점3주택 매수를 권유하기에 딸 eee의 장래에 도움이 될 것 같아서 대출을 받아 eee과 각 1/2지분씩 쟁점3주택을 취득하였다는 것이고, 쟁점3주택을 취득한 후 2년 4개월만에 쟁점2주택을 양도한 것도 쟁점3주택 취득 후 3년 이내에만 쟁점2주택을 양도하면 된다고 생각하여 최대한의 시세차익을 얻을 목적으로 쟁점3주택 취득일로부터 3년이 가까워져 오는 시점에 쟁점2주택을 매도한 것으로 보이는바, 원고에게 투기의 목적이 없었다고 보기도 어렵다.

그렇다면 쟁점2주택에 대하여는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에 정한 중과세율 적용배제사유가 없을 뿐 아니라, 제167조의3 제1항 제10호에 정한 ⁠‘장기임대주택 외의 1주택’에 준하여 중과세율 적용이 배제된다고 볼 수 있는 특별한 경우에도해당하지 아니하므로, 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 중과세율이 적용된다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 2년의 거주요건 관련 주장에 대한 판단

구 소득세법 시행령 제155조 제20항 전문은 장기임대주택과 그 밖의 1주택(거주주택)을 국내에 소유하고 있는 1세대가 제1호(거주주택: 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것), 제2호(장기임대주택: 양도일 현재 사업자등록을 하고 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지않을 것)의 요건을 충족하고 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다고 규정하고 있고, 위와 같은 구 소득세법 시행령 제155조 제20항의 규정내용은 2011. 10. 14. 대통령령 제23218호로 개정된 소득세법 시행령에 처음 도입되었는데, 도입 이후 현재까지 거주주택에 대한 ⁠‘2년의 거주요건’은 변경된 바가 없다.

원고의 주장은 2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 개정된 구 소득세법 시행령 제154조 제1항에서 양도소득세 비과세 특례가 적용되는 1세대 1주택의 범위에 관하여 ⁠‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것(조정대상지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다’고 규정하여 ⁠‘2년 이상의 거주요건’을 추가적으로 요하게 된 부분에 관한 것이나, 위 개정내용은 1세대 1주택자혹은 일시적 1세대 2주택자에게 적용되는 규정에 관한 것일 뿐, 원고와 같은 1세대 3주택자에게는 종전부터 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 전문에 따라 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 1세대가 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우1세대 1주택에 관한 특례를 적용받기 위해서는 2년의 거주요건이 요구되어 왔으므로, 거주요건이 새롭게 추가된 것이 아니다. 또한 원고의 주장과 같이 원고가 쟁점2주택에2년간 거주하고자 하였으나 세입자의 거부로 인하여 쟁점2주택에 거주하지 못하고 그인근에 전세로 거주하는 등의 사정이 있었다고 하더라도, 세입자의 인도거부는 원고와세입자 사이의 민사상 문제일 뿐 그와 같은 사정이 양도소득세 비과세 요건 등 충족여부를 판단하는 데 영향을 미칠 수 없으며 쟁점2주택의 인근에 거주하였다는 이유만으로 해당 거주기간을 쟁점2주택에서의 거주기간과 동일하게 보아 합산할 수도 없다. 따라서 2년의 거주요건 관련 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

4) 양도소득의 필요경비 공제 누락 여부

  을 제1호증의 기재에 의하면, 피고는 이 사건 처분을 하면서 쟁점2주택의 취득가액을 원고가 쟁점2주택을 매수한 금액인 xxx,xxx,xxx원에 취득세 합계 xx,xxx,xxx원(본세 x,xxx,xxx원, 지방교육세 xxx,xxx원)을 합산하여 xxx,xxx,xxx원으로 계산함으로써 이미 취득세를 필요경비로 인정한 사실이 인정되고, 피고는 이 사건 소송계속 중 추가로 법무사비용 x,xxx,xxx원, 중개수수료 x,xxx,xxx원을 필요경비로 인정하였는바, 결국 원고가 이 사건 소제기 당시 주장하였던 필요경비 중 인정되지 않은 금액은 자본적 지출액(입주 위한 수리비) xxx,xxx원 상당만 남게 된다.

위 xxx,xxx원은 갑 제13호증의 2, 3으로 제출된 간이영수증 3매(xxx,xxx원+xx,xxx원+xxx,xxx원)의 합계금액인 것으로 보이는데, 그 영수증만으로는 해당 공사가 쟁점2주택의 어떤 부분에 관한 공사인지, 공사의 내용이 무엇이고 해당 공사를 자본적 지출로평가할 수 있는지 여부를 알기 어려우며, 간이영수증은 구 소득세법 시행령 제163조제3항, 구 소득세법 제160조의2 제2항에서 규정하고 있는 증명서류(세금계산서 등)나실제 지출사실이 확인되는 금융거래 증명서류에 해당한다고도 볼 수 없다. 따라서 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 주장하는 수리비 등을 자본적 지출액으로 인정하여 양도가액에서 공제할 수 없으므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5) 가산세를 부과할 수 없는 정당한 이유의 존부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 이와 같은 경우 설령 과세관청이 세법에 위반된 신고를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 정당한 사유가 있다고 할 수는 없다(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누773판결 등 참조).

원고가 주장하는 사정, 즉 원고가 세법지식이 없는 일반국민이라거나 전문가인 세무사의 조력을 받아 양도소득세를 신고하였다는 이유만으로는 원고가 쟁점2주택의 양도와 관련하여 정당한 세액에 관한 양도소득세 신고ㆍ납부의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지ㆍ착오에 불과하다고 할 것이고, 관계 법령의 해석에 관하여 해석상견해 대립이 있다고 볼 만한 부분도 없으므로, 원고에게 가산세 부과를 면제할 정당한사유가 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라. 소결론

  이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)

제55조(세율)

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(표 생략)

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그세액으로 한다.1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산　제55조제1항에 따른 세율2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상2년 미만인 것　 양도소득 과세표준의 100분의 403. 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것　 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관)

② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서

■ 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 및 각호 생략)

⑪ 법 제89조제1항제3호나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

제155조(1세대1주택의 특례)

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득 {조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다 }하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

⑳ 제167조의3제1항제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 ⁠「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

제159조의3(장기보유특별공제)

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

제163조(양도자산의 필요경비)

③ 법 제97조 제1항제2호에서 ⁠“자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. ⁠「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

3의2. ⁠「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3. ⁠「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조제7항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.[각 목 생략]

3. 「조세특례제한법」 제97조ㆍ제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다)

4. 종업원(사용자의 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항에 따른 특수관계인을 제외한다)에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 당해 무상제공기간이 10년 이상(이하 이 조에서 "의무무상기간"이라 한다)인 주택(이하 이 조에서 "장기사원용주택"이라 한다)

5. 「조세특례제한법」 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

6. 제155조제6항제1호에 해당하는 문화재주택

7. 제155조제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

8. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이경과하지 아니한 주택

8의 2. 1세대의 구성원이 「영유아보육법」 제13조제1항에 따라 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상(이하이 조에서 "의무사용기간"이라 한다) 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택

9. 삭제

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조제7항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 제167조의3제1항제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

3. 1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시·광역시·특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)·군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료·요양하는 장소와 같은 시·군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택(취득 후 1년이상 거주하고 해당 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

4. 제155조제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택

5. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 사람이 1주택을 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함한다)을 동거봉양하기위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(세대를 합친 날부터10년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

6. 1주택을 소유하는 사람이 1주택을 소유하는 다른 사람과 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게되는 경우의 해당 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

7. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 해당 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는경우를 포함한다)에 한정한다]

9. 주택의 양도 당시 법 제99조에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택. 다만, ⁠「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(종전의 ⁠「주택건설촉진법」에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를포함한다)으로 지정·고시된 지역 또는 ⁠「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업시행구역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은제외한다.

10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는경우 그 해당 주택

11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택. 끝.

출처 : 서울행정법원 2022. 04. 27. 선고 서울행정법원 2021구단5102 판결 | 국세법령정보시스템